More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2441 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2441  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  613  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.96584 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6638  transcriptional regulator, LysR family  82.33 
 
 		 301 aa  526  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863309  normal  0.341434 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 303 aa  169  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.58 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  27.66 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4460  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031991 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  31.56 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 295 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  26.56 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3779  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00152286 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.18 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0148  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 309 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0716986  decreased coverage  0.0000000188935 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7396  Transcriptional regulator  25.96 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.709918  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1838  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 318 aa  108  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.44 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.44 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0014  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.12063  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4770  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  30 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.332953  normal  0.0310844 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  24.08 
 
 		 310 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.18 
 
 		 309 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0014  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0838  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.05 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.101081 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1142  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0571  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  28.42 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5404  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.6 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.42 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.42 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4882  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.6 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  28.42 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1439  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3484  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.6 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.657517  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0050  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4348  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 308 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.286195 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 311 aa  102  6e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3726  DNA-binding transcriptional regulator LysR  29.6 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.161263 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1819  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 309 aa  102  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.321718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 323 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 344 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2620  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0513234  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.08 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4387  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.58 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.08 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.08 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.85 
 
 		 309 aa  99  8e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2001  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 308 aa  99  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.59 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.74 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4369  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.536466  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 307 aa  96.3  6e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3487  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.33 
 
 		 307 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.711753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1023  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.41 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1221  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 313 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4993  LysR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0133249  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0970  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.41 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3251  DNA-binding transcriptional regulator LysR  25.41 
 
 		 313 aa  95.5  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000182985 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  24.56 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 312 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>