85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0531 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0531  hypothetical protein  100 
 
 		 282 aa  562  1.0000000000000001e-159  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0618  hypothetical protein  37.74 
 
 		 283 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0660  hypothetical protein  35.27 
 
 		 287 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.125463 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1068  hypothetical protein  34.11 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0593  hypothetical protein  34.58 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0479  hypothetical protein  30.66 
 
 		 266 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384164  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1256  hypothetical protein  32.01 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0484  ribosomal protein S7  30.29 
 
 		 266 aa  106  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0752  hypothetical protein  31.09 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.912911  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3897  hypothetical protein  36.72 
 
 		 269 aa  89.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.222076 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4503  hypothetical protein  33.33 
 
 		 275 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.217777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4349  hypothetical protein  32.43 
 
 		 277 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3082  hypothetical protein  34.06 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0669434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2595  hypothetical protein  31.76 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0982  hypothetical protein  33.11 
 
 		 277 aa  85.9  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809906  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0787  hypothetical protein  34.09 
 
 		 277 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6967  hypothetical protein  39.6 
 
 		 279 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.19 
 
 		 703 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0437  hypothetical protein  38.1 
 
 		 260 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3551  hypothetical protein  36.63 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.957801  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.19 
 
 		 703 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2753  hypothetical protein  31.54 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152909  normal  0.694513 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.88 
 
 		 703 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2660  hypothetical protein  34.13 
 
 		 265 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.857145  normal  0.753629 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.84 
 
 		 703 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  30.11 
 
 		 703 aa  79.3  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  28.51 
 
 		 715 aa  79  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1000  hypothetical protein  38.54 
 
 		 265 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3068  hypothetical protein  35.58 
 
 		 261 aa  78.2  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.893095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0408  hypothetical protein  30.08 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6267  hypothetical protein  34.56 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38552  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  28.7 
 
 		 709 aa  76.6  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  28.7 
 
 		 709 aa  76.6  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6934  hypothetical protein  33.33 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0225  hypothetical protein  33.98 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  26.74 
 
 		 710 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0682  hypothetical protein  36.67 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  26.01 
 
 		 702 aa  73.9  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.89 
 
 		 683 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.55 
 
 		 709 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0717  hypothetical protein  23.63 
 
 		 293 aa  72  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.365683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  27.15 
 
 		 702 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  37.96 
 
 		 708 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.26 
 
 		 685 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  25.53 
 
 		 703 aa  70.5  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  33.01 
 
 		 738 aa  69.7  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.07 
 
 		 700 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  29.1 
 
 		 628 aa  69.3  0.00000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  30.87 
 
 		 703 aa  68.9  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  29.1 
 
 		 628 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  29.1 
 
 		 628 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  34.65 
 
 		 724 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  28.57 
 
 		 715 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.76 
 
 		 692 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.73 
 
 		 628 aa  65.9  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.73 
 
 		 734 aa  65.5  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  32.69 
 
 		 725 aa  64.3  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.6 
 
 		 628 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.27 
 
 		 738 aa  63.9  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  27.15 
 
 		 748 aa  63.2  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.11 
 
 		 715 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.71 
 
 		 717 aa  62  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.31 
 
 		 725 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.55 
 
 		 704 aa  60.1  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.78 
 
 		 798 aa  59.7  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.21 
 
 		 738 aa  59.3  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.21 
 
 		 738 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.98 
 
 		 734 aa  56.6  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  25.29 
 
 		 724 aa  55.8  0.0000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.14 
 
 		 755 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3523  hypothetical protein  32.43 
 
 		 342 aa  54.7  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.705099  normal  0.300645 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0846  hypothetical protein  24.38 
 
 		 171 aa  53.5  0.000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.244689  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  25.35 
 
 		 713 aa  53.1  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.23 
 
 		 675 aa  52  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  28.37 
 
 		 745 aa  50.8  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.33 
 
 		 678 aa  51.2  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  27.27 
 
 		 692 aa  50.8  0.00002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  29.31 
 
 		 696 aa  51.2  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  26.72 
 
 		 726 aa  50.8  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  25.64 
 
 		 701 aa  49.3  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.78 
 
 		 686 aa  49.3  0.00008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.13 
 
 		 686 aa  48.5  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0242  hypothetical protein  24.05 
 
 		 169 aa  46.6  0.0004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  24.87 
 
 		 689 aa  46.6  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  26.54 
 
 		 698 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>