83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1068 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1068  hypothetical protein  100 
 
 		 293 aa  597  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0618  hypothetical protein  42.65 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.922972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0660  hypothetical protein  38.99 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.125463 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0531  hypothetical protein  34.34 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0593  hypothetical protein  35.94 
 
 		 266 aa  116  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0484  ribosomal protein S7  36.73 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0479  hypothetical protein  36.22 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.384164  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0752  hypothetical protein  28.57 
 
 		 267 aa  90.1  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.912911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1256  hypothetical protein  27.43 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.41 
 
 		 700 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3082  hypothetical protein  31.85 
 
 		 269 aa  81.6  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0669434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  23.85 
 
 		 683 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  31.29 
 
 		 709 aa  79.3  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  31.29 
 
 		 709 aa  79.3  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  32.09 
 
 		 738 aa  79.3  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2660  hypothetical protein  33.61 
 
 		 265 aa  79  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.857145  normal  0.753629 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  33.33 
 
 		 703 aa  78.2  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1000  hypothetical protein  33.61 
 
 		 265 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  36.84 
 
 		 715 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6267  hypothetical protein  35.71 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38552  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.34 
 
 		 709 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  35.4 
 
 		 692 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6934  hypothetical protein  37.5 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0225  hypothetical protein  31.93 
 
 		 265 aa  74.3  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  27.93 
 
 		 710 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0982  hypothetical protein  24.62 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.809906  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2595  hypothetical protein  34.29 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  30.25 
 
 		 724 aa  72.4  0.000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22.22 
 
 		 685 aa  72  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.82 
 
 		 715 aa  71.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.37 
 
 		 717 aa  71.6  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0408  hypothetical protein  25.32 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.62 
 
 		 738 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  28.26 
 
 		 748 aa  70.1  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0682  hypothetical protein  36.54 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0787  hypothetical protein  28.82 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3068  hypothetical protein  28.99 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.893095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  32.04 
 
 		 702 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0437  hypothetical protein  31.13 
 
 		 260 aa  69.3  0.00000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  23.08 
 
 		 715 aa  69.3  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3897  hypothetical protein  31.88 
 
 		 269 aa  68.6  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.222076 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.62 
 
 		 738 aa  68.2  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6967  hypothetical protein  27.95 
 
 		 279 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22.57 
 
 		 703 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2753  hypothetical protein  29.51 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.152909  normal  0.694513 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3551  hypothetical protein  31.07 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.957801  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  26.74 
 
 		 702 aa  65.1  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.51 
 
 		 734 aa  65.1  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.92 
 
 		 755 aa  65.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4349  hypothetical protein  24 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.75 
 
 		 798 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.75 
 
 		 678 aa  63.9  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  22.22 
 
 		 703 aa  63.2  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22.91 
 
 		 703 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  34.29 
 
 		 724 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  26.54 
 
 		 703 aa  60.8  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  23.47 
 
 		 703 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  27.81 
 
 		 713 aa  61.6  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4503  hypothetical protein  25 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.217777 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  31.53 
 
 		 725 aa  60.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0717  hypothetical protein  27.74 
 
 		 293 aa  58.9  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.365683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  27.06 
 
 		 628 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.06 
 
 		 628 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.33 
 
 		 628 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.06 
 
 		 628 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.33 
 
 		 628 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  31.78 
 
 		 708 aa  58.2  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.62 
 
 		 686 aa  57.4  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.3 
 
 		 704 aa  56.6  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  25.64 
 
 		 701 aa  54.3  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.43 
 
 		 686 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.95 
 
 		 725 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  25.49 
 
 		 703 aa  53.1  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  28.22 
 
 		 696 aa  52.8  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  26.98 
 
 		 726 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  27.56 
 
 		 689 aa  51.6  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.03 
 
 		 686 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.88 
 
 		 675 aa  49.7  0.00006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.66 
 
 		 738 aa  48.5  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.79 
 
 		 734 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  24.65 
 
 		 686 aa  45.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0846  hypothetical protein  25.76 
 
 		 171 aa  44.7  0.002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.244689  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  23.42 
 
 		 698 aa  43.1  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>