More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0032 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011204  SeD_B0032  putative cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  100 
 
 
237 aa  478  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0333  LuxR-family transcriptional regulator  30.8 
 
 
362 aa  122  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0375  LuxR-family transcriptional regulator  30.8 
 
 
362 aa  121  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.479547  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0346  LuxR-family transcriptional regulator  30.8 
 
 
362 aa  121  9e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00271  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.8 
 
 
362 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.809643  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3308  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
362 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3291  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
362 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00274  hypothetical protein  30.8 
 
 
362 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0378  LuxR-family transcriptional regulator/cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  30.8 
 
 
362 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.200626 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  31.93 
 
 
500 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.39 
 
 
665 aa  115  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.43 
 
 
774 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.449187  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  32.42 
 
 
521 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  30.8 
 
 
512 aa  112  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1847  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.6 
 
 
648 aa  111  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34 
 
 
766 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  33.61 
 
 
689 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  32.5 
 
 
523 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 
743 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.766687  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2566  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233571 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2455  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2364  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000406164  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2409  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.948391  hitchhiker  0.000104823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2452  hypothetical protein  29.03 
 
 
518 aa  108  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000990794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2223  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.2 
 
 
725 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.847933  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  27.69 
 
 
501 aa  108  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1007  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.16 
 
 
853 aa  108  1e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0066  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 
743 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.928161  normal  0.0154172 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  31.45 
 
 
518 aa  106  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1080  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.68 
 
 
636 aa  106  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.46 
 
 
913 aa  105  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3395  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.69 
 
 
834 aa  105  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2933  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
547 aa  105  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.88 
 
 
521 aa  104  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  30.13 
 
 
528 aa  104  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03720  sensory box GGDEF domain-containing protein  32.53 
 
 
760 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164821 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  29.88 
 
 
521 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  29.46 
 
 
521 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1286  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.42 
 
 
706 aa  103  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.780244 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1983  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.46 
 
 
486 aa  103  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.123377  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
536 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155784  normal  0.372054 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  29.46 
 
 
507 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.05 
 
 
763 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0447  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
549 aa  103  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3022  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
566 aa  103  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  29.46 
 
 
507 aa  103  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  29.88 
 
 
521 aa  102  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00583  cyclic diguanylate phosphodiesterase  29.61 
 
 
848 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2322  GGDEF family protein  29.75 
 
 
849 aa  102  5e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.2 
 
 
1275 aa  102  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0518  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.65 
 
 
516 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00021587  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.74 
 
 
677 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.2 
 
 
593 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.2 
 
 
593 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4398  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
514 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0423114  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0572  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.47 
 
 
824 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.272236 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5214  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.32 
 
 
1039 aa  101  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4861  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
514 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0517929  normal  0.0862593 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4373  GGDEF/EAL domain-containing protein  29.1 
 
 
672 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0161  EAL domain-containing protein Urf2  32.94 
 
 
329 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.127293  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.71 
 
 
947 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0386  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.76 
 
 
498 aa  100  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.56 
 
 
1037 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.160814  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0975  EAL domain protein  28.74 
 
 
538 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.08 
 
 
739 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.498595 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.06 
 
 
855 aa  100  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  30.28 
 
 
1278 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4265  PAS:GGDEF  30.68 
 
 
1278 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0917  GGDEF domain-containing protein  31.95 
 
 
765 aa  100  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.394246  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  32 
 
 
326 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.82 
 
 
862 aa  99.8  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  32.92 
 
 
687 aa  99.4  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0547  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.76 
 
 
516 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.29688  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.74 
 
 
946 aa  99.8  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0492  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.76 
 
 
518 aa  99.4  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0630  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.99 
 
 
699 aa  99.4  5e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0107  Urf2  33.33 
 
 
333 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6177  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
333 aa  99.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000183664  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6186  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
329 aa  99.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0493195  hitchhiker  0.0000013471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15435  hypothetical protein  33.33 
 
 
329 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000348381  unclonable  1.07175e-21 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  32.67 
 
 
1428 aa  99.4  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.1 
 
 
1101 aa  99  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  32.37 
 
 
685 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3281  diguanylate cyclase  33.47 
 
 
585 aa  98.6  7e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.28 
 
 
1282 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0369  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.87 
 
 
600 aa  99  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.136895  normal  0.849318 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1570  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.78 
 
 
604 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5218  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.83 
 
 
580 aa  98.6  7e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0126538 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.87 
 
 
693 aa  98.6  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.86 
 
 
818 aa  98.6  8e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0038  hypothetical protein  34.44 
 
 
518 aa  98.6  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3153  EAL domain protein  31.76 
 
 
516 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.516748  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0979  GGDEF domain-containing protein  31.54 
 
 
765 aa  98.2  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.09 
 
 
925 aa  98.2  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3159  EAL domain-containing protein  31.76 
 
 
516 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0500  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  31.33 
 
 
516 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0528  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  31.36 
 
 
516 aa  97.4  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.000439808  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.89 
 
 
892 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0050  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.34 
 
 
742 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2913  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.64 
 
 
604 aa  97.4  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.834266 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>