More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2343 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2343  response regulator receiver  100 
 
 		 440 aa  899    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0985  response regulator receiver protein  25.06 
 
 		 402 aa  100  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.758318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1038  response regulator receiver protein  22.81 
 
 		 380 aa  95.5  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0905  response regulator receiver protein  22.97 
 
 		 394 aa  90.5  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1695  GacS/BarA family sensor protein  35.04 
 
 		 125 aa  80.5  0.00000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2895  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.17 
 
 		 1324 aa  78.2  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  unclonable  0.00000343468  normal  0.0609683 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.6 
 
 		 1029 aa  77  0.0000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02676  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.08 
 
 		 847 aa  76.3  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.19 
 
 		 900 aa  76.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.83 
 
 		 903 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.53 
 
 		 1158 aa  75.5  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 		 956 aa  75.1  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 		 932 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0638  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 453 aa  74.3  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  28.93 
 
 		 641 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0748  response regulator receiver domain-containing protein  30.71 
 
 		 137 aa  73.9  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.927301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0611  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 		 925 aa  73.2  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 1121 aa  73.2  0.000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01579  Response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like protein  34.4 
 
 		 891 aa  72.8  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  31.47 
 
 		 797 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  30.63 
 
 		 1629 aa  72.8  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1352  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 410 aa  72.4  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0067  signal transduction histidine kinase-like protein protein  32.81 
 
 		 1021 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0930  response regulator receiver protein  34.19 
 
 		 130 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000284085  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.65 
 
 		 1499 aa  72.4  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1409  two component signal transduction response regulator  31.67 
 
 		 123 aa  71.6  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0578  histidine kinase  32.48 
 
 		 732 aa  72.4  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4868  sensor histidine kinase/response regulator RetS  30.77 
 
 		 929 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2351  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.274912  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3762  putative adenylate/guanylate cyclase  34.55 
 
 		 520 aa  71.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.978534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1017  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  30.89 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.246569  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 		 846 aa  71.6  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0125  response regulator receiver domain-containing protein  34.55 
 
 		 131 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0645  two component system histidine kinase  33.64 
 
 		 630 aa  71.6  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000209128  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0748  putative aerobic respiration control sensor protein arcB  33.64 
 
 		 630 aa  71.6  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000795042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.07 
 
 		 647 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00025473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1873  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 		 923 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3029  response regulator receiver protein  32.8 
 
 		 127 aa  70.9  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0671  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 857 aa  70.5  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000269812 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1847  CheA signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 		 934 aa  70.5  0.00000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.379526 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4279  response regulator receiver protein  29.03 
 
 		 232 aa  70.5  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.254527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0516  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.37 
 
 		 850 aa  70.5  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.377634 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4877  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 923 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.876139  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0533  histidine kinase  27.45 
 
 		 244 aa  70.1  0.00000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2535  response regulator receiver protein  33.62 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.7 
 
 		 1045 aa  70.1  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  30.77 
 
 		 737 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1520  chemotaxis protein CheY  32.8 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1426  response regulator receiver protein  36.21 
 
 		 288 aa  70.1  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0070  chemotaxis protein CheY  33.64 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2806  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 450 aa  70.1  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  28.28 
 
 		 553 aa  70.1  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0202  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 781 aa  69.7  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04818  sensor histidine kinase/response regulator, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G06140)  28.14 
 
 		 1243 aa  68.9  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.25404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3113  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 		 898 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.265974  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  26.43 
 
 		 1177 aa  69.7  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1826  sensor protein TorS  32.76 
 
 		 1000 aa  69.7  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.811683  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5482  response regulator  38.68 
 
 		 297 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.420057  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  26.26 
 
 		 905 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 483 aa  69.7  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2133  hypothetical protein  35.59 
 
 		 302 aa  69.3  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4151  response regulator receiver protein  32.56 
 
 		 132 aa  69.3  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541325  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.29 
 
 		 1692 aa  68.9  0.0000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3546  two component transcriptional regulator  30.46 
 
 		 273 aa  69.7  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.376665  normal  0.686762 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4614  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 923 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.863482  normal  0.296425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5610  response regulator receiver domain-containing protein  38.68 
 
 		 318 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 457 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3234  two component Fis family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 475 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0402  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.62 
 
 		 241 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  30.58 
 
 		 261 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0258  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.44 
 
 		 1040 aa  68.6  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.119641 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.33 
 
 		 457 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3122  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 		 540 aa  68.6  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.340394  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  32 
 
 		 132 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4342  response regulator receiver protein  32.06 
 
 		 234 aa  68.6  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.363405  normal  0.227634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1960  response regulator transcription factor  33.61 
 
 		 471 aa  68.9  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1263  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.92 
 
 		 687 aa  68.9  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.618033  normal  0.0213865 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3456  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 220 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.836579  normal  0.262944 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1200  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 238 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.32 
 
 		 916 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  30.43 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  30.43 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2219  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27950  Response regulator CheY  30.34 
 
 		 148 aa  68.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00952762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.77 
 
 		 919 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2308  response regulator receiver protein  29.17 
 
 		 123 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 		 804 aa  68.2  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1527  response regulator receiver protein  30.4 
 
 		 128 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.400069  normal  0.607345 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0298  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.01 
 
 		 899 aa  68.2  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0542846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6015  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  33.62 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  26.15 
 
 		 925 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  30.43 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  30.43 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0746  DNA-binding response regulator  30.7 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0163  multi-component transcriptional regulator  39.05 
 
 		 725 aa  67.4  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.892768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  30.7 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0677  response regulator receiver modulated metal dependent phosphohydrolase  29.41 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.756866  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  30.7 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1021  two component transcriptional regulator  29.57 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>