More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0985 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0985  response regulator receiver protein  100 
 
 		 402 aa  815    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.758318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1038  response regulator receiver protein  65.72 
 
 		 380 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0905  response regulator receiver protein  51.99 
 
 		 394 aa  408  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4695  response regulator  25.45 
 
 		 519 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.111468  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2343  response regulator receiver  24.74 
 
 		 440 aa  96.3  8e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 		 1029 aa  84.7  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1840  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 		 641 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.870294  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 		 1064 aa  85.1  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27950  Response regulator CheY  39.85 
 
 		 148 aa  84  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00952762  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.09 
 
 		 695 aa  84  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.38 
 
 		 1407 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 		 947 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  31.76 
 
 		 737 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  37.93 
 
 		 900 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3366  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 		 762 aa  81.3  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.14 
 
 		 1350 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  40.71 
 
 		 797 aa  80.1  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1528  adenylate/guanylate cyclase  33.33 
 
 		 593 aa  80.1  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.118547  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3079  composite two component sensor histidine kinase and response regulator hybrid transcription regulator protein  36.36 
 
 		 994 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0449118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0420  PAS  34.21 
 
 		 787 aa  79.7  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0516903 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2847  PAS  34.75 
 
 		 764 aa  79.7  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.445085  normal  0.0351705 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.26 
 
 		 962 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05296  Two-component system protein A (EC 2.7.13.3) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q9P896]  34.62 
 
 		 682 aa  78.6  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0927  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 704 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0769186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2142  chemotaxis protein cheY  35.04 
 
 		 121 aa  78.6  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1639  histidine kinase  26.88 
 
 		 676 aa  78.2  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 		 1009 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0876  response regulator receiver  34.68 
 
 		 526 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00183507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 903 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0070  chemotaxis protein CheY  38.71 
 
 		 188 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3839  histidine kinase  33.33 
 
 		 590 aa  77.8  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0155  chemotaxis response regulator  33.9 
 
 		 120 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.83 
 
 		 945 aa  77.4  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.4 
 
 		 643 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0203  chemotaxis response regulator  33.9 
 
 		 123 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.989482  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2304  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.19 
 
 		 870 aa  77.4  0.0000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3930  chemotaxis protein CheY  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2852  chemotaxis protein CheY  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1690  chemotaxis protein CheY  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3428  chemotaxis protein CheY  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 		 956 aa  76.6  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3849  chemotaxis protein CheY  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3176  hypothetical protein  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3123  chemotaxis protein CheY  35.77 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.774714  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2998  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 807 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.745142 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4322  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 		 1245 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0171  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.566468  normal  0.360629 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1908  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 991 aa  75.9  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02280  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  36.59 
 
 		 509 aa  75.9  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1464  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 1135 aa  75.9  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.396763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4113  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 801 aa  75.9  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0059237 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.9 
 
 		 932 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.17 
 
 		 2654 aa  75.9  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0688  histidine kinase  36.36 
 
 		 691 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  30.06 
 
 		 1177 aa  75.5  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_66106  Protein with similarity to DNA-binding region of heat shock transcription factors  31.58 
 
 		 421 aa  75.5  0.000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.415841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0484  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.28 
 
 		 847 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0736  response regulator receiver  36.67 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2689  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 624 aa  75.1  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0188  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2968  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 131 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000715649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3979  histidine kinase  32.03 
 
 		 778 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.405731  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.4 
 
 		 873 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4243  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 		 653 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506182  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2845  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.114942  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1879  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.72 
 
 		 604 aa  74.7  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3223  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 132 aa  75.1  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197956  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0244  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.998065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0175  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.327239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0262  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.587938  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.76 
 
 		 1691 aa  74.7  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.91 
 
 		 902 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 643 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.13 
 
 		 984 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279424  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3364  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 131 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06089  transmembrane sensor histidine kinase  29.25 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3704  response regulator receiver domain-containing protein  37.82 
 
 		 129 aa  74.7  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.600519  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3808  response regulator receiver protein  34.96 
 
 		 131 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0516  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 		 850 aa  74.7  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.377634 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0240  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1005 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  30.34 
 
 		 853 aa  74.3  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 		 1548 aa  74.3  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0125  response regulator receiver domain-containing protein  34.96 
 
 		 131 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2784  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 		 1222 aa  74.3  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0520121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2451  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.81 
 
 		 846 aa  73.9  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414748 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0413  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 		 649 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486331 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1508  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.55 
 
 		 1303 aa  73.9  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 		 1011 aa  73.9  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1302  chemotaxis regulatory protein CheY  35.83 
 
 		 129 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00230543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4151  response regulator receiver protein  34.43 
 
 		 132 aa  73.6  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541325  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  34.51 
 
 		 1763 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  34.86 
 
 		 544 aa  73.6  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0259  putative two-component response regulator  32.2 
 
 		 121 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02260  putative two-component response regulator  32.2 
 
 		 121 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2754  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.28 
 
 		 1275 aa  73.2  0.000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.727357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5043  PAS  38.89 
 
 		 855 aa  73.2  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.563138  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 		 1791 aa  73.2  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.72 
 
 		 782 aa  73.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3694  response regulator receiver domain-containing protein  32.58 
 
 		 139 aa  73.2  0.000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0294659  normal  0.0188802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>