More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4342 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4342  response regulator receiver protein  100 
 
 
234 aa  466  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.363405  normal  0.227634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1158  response regulator receiver protein  41.59 
 
 
231 aa  160  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.791064  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  40.17 
 
 
900 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2021  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  35.54 
 
 
645 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.798842  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  34.19 
 
 
553 aa  75.9  0.0000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.38 
 
 
950 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37090  alginate regulatory hybrid histidine protein kinase GacS  30.77 
 
 
905 aa  74.7  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0555684  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 
631 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1212  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 
919 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.979568  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2241  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.62 
 
 
956 aa  73.6  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.87793  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 
984 aa  73.9  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279424  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2212  sensor histidine kinase/response regulator  36.36 
 
 
641 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.378364  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.92 
 
 
1350 aa  73.2  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 
1596 aa  73.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0361  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 
647 aa  72  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00025473 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4222  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.44 
 
 
922 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.588582  normal  0.325016 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
785 aa  72  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  29.58 
 
 
641 aa  71.6  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0472  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
517 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723652 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.13 
 
 
929 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4809  response regulator receiver protein  31.25 
 
 
134 aa  71.2  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 
1009 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
903 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
873 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1670  ATPase domain-containing protein  33.33 
 
 
750 aa  68.9  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.081803  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.5 
 
 
817 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1639  histidine kinase  29.27 
 
 
676 aa  68.9  0.00000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576569  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02280  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.06 
 
 
509 aa  68.9  0.00000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3355  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.62 
 
 
937 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0869798  hitchhiker  0.00259338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2343  response regulator receiver  32.06 
 
 
440 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2708  sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 
530 aa  68.2  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.752029  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1760  histidine kinase  28.69 
 
 
671 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  32.58 
 
 
1014 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.06 
 
 
643 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.36 
 
 
1124 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2152  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
985 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0146455  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  33.33 
 
 
588 aa  67  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2369  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.6 
 
 
1316 aa  67  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4582  sensor/response regulator hybrid  33.07 
 
 
925 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.9 
 
 
933 aa  67  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.25 
 
 
782 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4067  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.83 
 
 
917 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.125923  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52260  sensor/response regulator hybrid  33.07 
 
 
925 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.173365 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0379  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.68 
 
 
647 aa  67  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.12 
 
 
937 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  31.82 
 
 
1560 aa  67  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0202  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  26.79 
 
 
781 aa  66.6  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.62 
 
 
695 aa  67  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  32.26 
 
 
755 aa  66.2  0.0000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  30.54 
 
 
737 aa  66.2  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
1202 aa  66.2  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.05 
 
 
918 aa  65.9  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
778 aa  66.2  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02631  hybrid sensory histidine kinase, in two-component regulatory system with UvrY  30.99 
 
 
918 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228632  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02593  hypothetical protein  30.99 
 
 
918 aa  65.5  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3698  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  29.44 
 
 
917 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34744  hitchhiker  0.00600076 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0688  histidine kinase  28.12 
 
 
691 aa  65.9  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
631 aa  65.9  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3663  putative sensor/response regulator hybrid  30.58 
 
 
651 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1426  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.11 
 
 
1079 aa  65.5  0.0000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.688315  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0065  histidine kinase  31.71 
 
 
578 aa  65.5  0.0000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 
833 aa  65.1  0.0000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0647  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
1064 aa  65.5  0.0000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4211  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
633 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79688  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.09 
 
 
916 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0675189  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1252  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.72 
 
 
917 aa  65.1  0.0000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.376653  hitchhiker  0.0000592891 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
899 aa  65.1  0.0000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0902  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.594186  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4046  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0239535  normal  0.782421 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1691  sensor histidine kinase/response regulator GacS  32.2 
 
 
917 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.29 
 
 
926 aa  64.7  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1484  histidine kinase  31.09 
 
 
785 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3087  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000144797  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2930  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577629  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3044  DMSO/TMAO-sensor hybrid histidine kinase  26.73 
 
 
813 aa  64.3  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0533  histidine kinase  27.35 
 
 
244 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1697  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.41 
 
 
907 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.72 
 
 
1172 aa  64.7  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3120  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.29 
 
 
1653 aa  64.7  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0926  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0352487  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2818  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.91 
 
 
720 aa  64.3  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.215558  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.59 
 
 
941 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32 
 
 
1333 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 
945 aa  64.7  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3090  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000398111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43670  putative sensor/response regulator hybrid  29.17 
 
 
651 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2924  hybrid sensory histidine kinase BarA  30.99 
 
 
918 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.301465  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  28.66 
 
 
968 aa  63.9  0.000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3278  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.05 
 
 
918 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.225719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1628  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 
1070 aa  63.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 
962 aa  63.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1450  histidine kinase  30 
 
 
785 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.106734  normal  0.251272 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3117  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.05 
 
 
918 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.306406  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2767  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.5 
 
 
933 aa  63.9  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294821  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3164  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.05 
 
 
918 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0703153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3146  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.48 
 
 
933 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.155765  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3180  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.05 
 
 
918 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.359202 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.2 
 
 
1407 aa  64.3  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1223  hybrid sensory histidine kinase BarA  32.48 
 
 
933 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.915072  hitchhiker  0.00275603 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0599  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 
957 aa  63.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>