More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0775 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0775  transaldolase B  100 
 
 
318 aa  655    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.38826  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03321  transaldolase B  67.21 
 
 
319 aa  412  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1049  transaldolase B  64.29 
 
 
318 aa  407  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00112286  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4104  transaldolase B  63.67 
 
 
320 aa  410  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.559408  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3622  transaldolase B  62.94 
 
 
317 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.517107  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1111  transaldolase B  64.94 
 
 
318 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000240039  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1074  transaldolase B  65.16 
 
 
318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2967  transaldolase B  64.29 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000461015  normal  0.264438 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3049  transaldolase B  64.29 
 
 
318 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00546599  normal  0.166064 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1145  transaldolase B  64.29 
 
 
318 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000154463  normal  0.579932 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3546  transaldolase B  63.96 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1044  transaldolase B  64.61 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000265536  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1280  transaldolase B  63.31 
 
 
318 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000101503  normal  0.0282739 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3245  transaldolase B  64.94 
 
 
318 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000112094  decreased coverage  0.000667795 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1185  transaldolase B  62.66 
 
 
318 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0507197  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3147  transaldolase B  63.96 
 
 
318 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000170325  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2900  transaldolase B  63.64 
 
 
317 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2514  transaldolase B  62.89 
 
 
316 aa  396  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.38793  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1089  transaldolase B  62.3 
 
 
318 aa  397  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000675704  normal  0.0360442 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2734  transaldolase B  62.99 
 
 
317 aa  395  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000145141  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0564  transaldolase B  63.46 
 
 
316 aa  394  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0204  transaldolase B  61.02 
 
 
317 aa  390  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3664  transaldolase B  60.58 
 
 
317 aa  388  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3859  transaldolase B  60.9 
 
 
317 aa  388  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0913  transaldolase B  61.78 
 
 
317 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.507004  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3472  transaldolase B  60.38 
 
 
317 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.179148  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3599  transaldolase B  60.06 
 
 
317 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83514  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0521  transaldolase B  61.22 
 
 
316 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000494  transaldolase  62.62 
 
 
316 aa  385  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.237649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0803  transaldolase B  60.38 
 
 
317 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.240224  normal  0.311976 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0008  transaldolase B  60.06 
 
 
317 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3588  transaldolase  60.06 
 
 
317 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0688  transaldolase B  60.58 
 
 
317 aa  383  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0573478  hitchhiker  0.00205888 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0009  transaldolase B  60.06 
 
 
338 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.703316  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0576  transaldolase B  60.06 
 
 
317 aa  383  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.225405  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0537  transaldolase B  60.38 
 
 
317 aa  383  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0007  transaldolase B  60.06 
 
 
338 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00008  hypothetical protein  59.74 
 
 
317 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00008  transaldolase B  59.74 
 
 
317 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3647  transaldolase B  59.74 
 
 
317 aa  380  1e-104  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0570  transaldolase B  59.62 
 
 
317 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0007  transaldolase B  59.42 
 
 
317 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0007  transaldolase B  59.42 
 
 
317 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.411691  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0008  transaldolase B  59.74 
 
 
317 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1655  transaldolase B  60.13 
 
 
316 aa  380  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000243642  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0007  transaldolase B  59.42 
 
 
317 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.811187  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0007  transaldolase B  59.42 
 
 
317 aa  378  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.111561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0086  transaldolase B  58.33 
 
 
316 aa  379  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.946439  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0009  transaldolase B  59.74 
 
 
317 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.967516  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2959  transaldolase A  59.49 
 
 
316 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.874274 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06256  transaldolase B  61.86 
 
 
316 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0007  transaldolase B  59.11 
 
 
317 aa  377  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2610  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02355  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1206  transaldolase  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2593  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2742  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3685  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.206304  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1213  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02317  hypothetical protein  58.52 
 
 
316 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0746  transaldolase A  56.73 
 
 
316 aa  369  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2830  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  369  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3479  transaldolase A  59.09 
 
 
316 aa  368  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.272335  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1931  transaldolase B  60.77 
 
 
308 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.247297 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2168  transaldolase B  60.32 
 
 
308 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2054  transaldolase B  59.24 
 
 
319 aa  367  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.4803  normal  0.221848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1709  transaldolase B  60.32 
 
 
308 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.137258  hitchhiker  0.0000213936 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0982  transaldolase A  56.09 
 
 
316 aa  363  2e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3437  transaldolase B  57.64 
 
 
321 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1685  transaldolase B  59.49 
 
 
308 aa  363  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22140  transaldolase B  56.92 
 
 
322 aa  362  3e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27340  transaldolase B  56.92 
 
 
322 aa  362  3e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3574  transaldolase B  59.68 
 
 
308 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.372751  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2839  transaldolase A  58.84 
 
 
316 aa  362  7.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2706  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  361  9e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2617  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  361  9e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2666  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1485  transaldolase B  57.41 
 
 
310 aa  360  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000365093  normal  0.591576 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2732  transaldolase A  58.52 
 
 
316 aa  360  3e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51564  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1919  transaldolase B  57.1 
 
 
321 aa  359  4e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_28222  transaldolase  57.46 
 
 
316 aa  359  4e-98  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.562417  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3736  transaldolase B  57.01 
 
 
321 aa  358  8e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2149  transaldolase A  53.82 
 
 
316 aa  357  9.999999999999999e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3850  transaldolase B  57.01 
 
 
318 aa  355  5.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27960  transaldolase B  59.28 
 
 
307 aa  354  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2119  transaldolase  57.23 
 
 
309 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1914  transaldolase B  57.01 
 
 
313 aa  350  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163672 
 
 
-
 
NC_006680  CNK03170  transaldolase, putative  57.99 
 
 
323 aa  350  2e-95  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32700  transaldolase B  59.68 
 
 
308 aa  348  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1167  transaldolase B  58.51 
 
 
319 aa  345  4e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0516908  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3234  transaldolase B  54.29 
 
 
324 aa  345  6e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1075  transaldolase B  58.2 
 
 
319 aa  345  8.999999999999999e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.170663  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1231  transaldolase B  58.07 
 
 
319 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3806  transaldolase B  54.31 
 
 
326 aa  341  1e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.390141 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3095  transaldolase B  56.29 
 
 
316 aa  340  2e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2361  transaldolase B  59.28 
 
 
307 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1834  transaldolase  55.31 
 
 
334 aa  337  1.9999999999999998e-91  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.376096  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2069  transaldolase B  55.42 
 
 
318 aa  336  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.851541  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0076  transaldolase A  51.59 
 
 
317 aa  335  3.9999999999999995e-91  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3386  transaldolase B  56.01 
 
 
315 aa  334  9e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>