More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4638 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4638  sensor histidine kinase  100 
 
 		 430 aa  893    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001594  two-component system sensor protein  51.08 
 
 		 413 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000479105  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05571  sensory transduction protein kinase  51.32 
 
 		 413 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0334  histidine kinase  49.28 
 
 		 418 aa  414  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000559138  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3010  histidine kinase A domain-containing protein  49.28 
 
 		 420 aa  396  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728657  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0417  putative sensor kinase protein  52.84 
 
 		 391 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2523  sensor histidine kinase  26.22 
 
 		 435 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.311676  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2720  sensor histidine kinase  25.66 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2061  putative two-component sensor  31.58 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0653  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 		 423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04658  two-component system sensor protein  24.32 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0314695  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24340  putative two-component sensor  33.21 
 
 		 431 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1973  histidine kinase  26.52 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.73664 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1866  sensor histidine kinase  29.54 
 
 		 421 aa  107  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3318  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 		 420 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2810  histidine kinase  29.34 
 
 		 425 aa  106  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02793  histidine kinase  29.95 
 
 		 426 aa  106  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2297  Signal transduction histidine kinase-like  24.14 
 
 		 446 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0247505  hitchhiker  0.000082991 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2610  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  24.85 
 
 		 421 aa  99.8  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.69998 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0692  histidine kinase A domain-containing protein  28.62 
 
 		 404 aa  99  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3180  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 		 455 aa  98.2  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2444  Signal transduction histidine kinase-like  27.64 
 
 		 455 aa  98.6  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.215818 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003061  two-component system sensor protein  28.24 
 
 		 429 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0619  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.74 
 
 		 430 aa  97.4  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal  0.27324 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4327  histidine kinase A domain-containing protein  30.04 
 
 		 415 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2477  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 		 422 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339832  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02305  two-component system sensor protein  22.49 
 
 		 418 aa  94.7  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4622  sensor histidine kinase  29.57 
 
 		 413 aa  94  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2660  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 		 421 aa  93.6  6e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4195  histidine kinase A domain-containing protein  29.6 
 
 		 415 aa  92.4  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1188  sensor histidine kinase, putative  26.76 
 
 		 438 aa  92  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3675  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 418 aa  91.7  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.45 
 
 		 422 aa  91.3  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000017519 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2252  histidine kinase  26.83 
 
 		 410 aa  90.5  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3797  ATPase domain-containing protein  29.6 
 
 		 413 aa  90.5  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4485  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.05 
 
 		 436 aa  90.1  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960944 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3576  histidine kinase A domain-containing protein  28.14 
 
 		 406 aa  89.7  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0711  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 		 422 aa  88.6  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353371 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0707  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.37 
 
 		 422 aa  89  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2374  sensor histidine kinase  25.26 
 
 		 434 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.171494  normal  0.151024 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0147  signal transduction histidine kinase-like protein  27.63 
 
 		 404 aa  86.7  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2642  sensor histidine kinase  27.05 
 
 		 416 aa  86.7  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.244154  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0902  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 447 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0941  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 436 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04467  two-component system (histidine kinase) sensor protein requried for AvrXa21 activity H (raxH)  28.47 
 
 		 420 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2105  two-component system, sensor protein  27.65 
 
 		 445 aa  85.1  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3631  histidine kinase  24.56 
 
 		 449 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.43 
 
 		 445 aa  84.3  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0159551  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0970  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.03 
 
 		 436 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4069  sensor histidine kinase  26.89 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00769633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4497  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 424 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000269755 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4373  sensor histidine kinase ColS  26.57 
 
 		 429 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3439  Signal transduction histidine kinase-like  22.97 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000359307 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2991  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 		 429 aa  80.1  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0597631 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56940  putative two-component sensor  24.87 
 
 		 426 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4951  putative two-component sensor  24.6 
 
 		 426 aa  77.4  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4006  histidine kinase A domain-containing protein  29.2 
 
 		 413 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6963  histidine kinase  26.36 
 
 		 432 aa  77  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.20821  normal  0.0498309 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17790  sensory histidine protein kinase, two-component, ColS  24.8 
 
 		 421 aa  76.6  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334576  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1725  two component sensor histidine kinase  24.47 
 
 		 420 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120171  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2130  histidine kinase  24.84 
 
 		 411 aa  76.3  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1930  histidine kinase  28.16 
 
 		 434 aa  75.9  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.824341  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2833  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  23.95 
 
 		 437 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.643319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0466  histidine kinase  26.48 
 
 		 422 aa  75.5  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1046  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.04 
 
 		 444 aa  72.8  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4883  histidine kinase  29.95 
 
 		 347 aa  72.8  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.876275 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1163  Signal transduction histidine kinase sensor  28 
 
 		 437 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2664  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.68 
 
 		 445 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2585  histidine kinase  24.74 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.421743  decreased coverage  0.00983118 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4554  histidine kinase  25.36 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00930403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2537  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 		 445 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.246285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1243  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 		 438 aa  68.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2879  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.28 
 
 		 466 aa  67.8  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.295143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5948  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.36 
 
 		 448 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.304417 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2731  twp-component sensor histidine kinase  23.39 
 
 		 422 aa  67  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3690  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 456 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000509903  normal  0.82327 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2646  histidine kinase  23.84 
 
 		 448 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2617  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.84 
 
 		 448 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.84 
 
 		 448 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0303  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.75 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0993  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.66 
 
 		 500 aa  65.1  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.463081  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1930  histidine kinase  26.81 
 
 		 414 aa  64.7  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.53323  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0719  sensor histidine kinase  27 
 
 		 427 aa  64.3  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.420092 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1773  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  24.89 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1766  sensor histidine kinase  25.64 
 
 		 449 aa  63.2  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00053599  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 		 1484 aa  62  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1292  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 		 495 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4276  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 		 779 aa  61.2  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0097  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 		 1224 aa  61.6  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.105547 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2667  sensory box histidine kinase  23.58 
 
 		 498 aa  60.1  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4874  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.82 
 
 		 458 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000686699  hitchhiker  0.00000000293708 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 		 778 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.260825 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5362  histidine kinase  24.08 
 
 		 455 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0042038  normal  0.08787 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0829  sensor histidine kinase  23.95 
 
 		 459 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000370117  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0137  sensor histidine kinase  24.63 
 
 		 375 aa  59.7  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1213  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 		 472 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.08 
 
 		 455 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000282703  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1184  ATP-binding region ATPase domain protein  26.43 
 
 		 436 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1571  sensor histidine kinase  23.95 
 
 		 459 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000849213  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4357  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.82 
 
 		 458 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000114485  unclonable  0.00000640449 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>