More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0711 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0711  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 422 aa  869    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353371 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  68.12 
 
 		 422 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000017519 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3318  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  53.41 
 
 		 420 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3631  histidine kinase  50.57 
 
 		 449 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02793  histidine kinase  36.3 
 
 		 426 aa  276  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003061  two-component system sensor protein  36.17 
 
 		 429 aa  261  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1866  sensor histidine kinase  29.45 
 
 		 421 aa  152  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2660  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 		 421 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2610  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.57 
 
 		 421 aa  127  5e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.69998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3180  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.86 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0653  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 423 aa  119  7.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02305  two-component system sensor protein  29.45 
 
 		 418 aa  116  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04658  two-component system sensor protein  29.51 
 
 		 405 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0314695  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04467  two-component system (histidine kinase) sensor protein requried for AvrXa21 activity H (raxH)  26.45 
 
 		 420 aa  111  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2105  two-component system, sensor protein  26.49 
 
 		 445 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.49 
 
 		 445 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0159551  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2991  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 		 429 aa  110  6e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0597631 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2642  sensor histidine kinase  28.52 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.244154  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2523  sensor histidine kinase  24.61 
 
 		 435 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.311676  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2374  sensor histidine kinase  27.18 
 
 		 434 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.171494  normal  0.151024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2061  putative two-component sensor  32.7 
 
 		 431 aa  104  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1188  sensor histidine kinase, putative  28.2 
 
 		 438 aa  103  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2810  histidine kinase  28.74 
 
 		 425 aa  102  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1973  histidine kinase  26.07 
 
 		 422 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.73664 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1725  two component sensor histidine kinase  27.14 
 
 		 420 aa  100  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120171  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2444  Signal transduction histidine kinase-like  26.01 
 
 		 455 aa  100  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.215818 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2130  histidine kinase  28.39 
 
 		 411 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2720  sensor histidine kinase  23.74 
 
 		 423 aa  98.2  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1930  histidine kinase  24.77 
 
 		 434 aa  97.4  4e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.824341  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4069  sensor histidine kinase  29.45 
 
 		 429 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00769633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0645  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 467 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3675  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.22 
 
 		 418 aa  94  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4373  sensor histidine kinase ColS  28.42 
 
 		 429 aa  94  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0707  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 		 422 aa  93.2  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24340  putative two-component sensor  32.32 
 
 		 431 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4951  putative two-component sensor  24.01 
 
 		 426 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001594  two-component system sensor protein  29.08 
 
 		 413 aa  92  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000479105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56940  putative two-component sensor  24.01 
 
 		 426 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0147  signal transduction histidine kinase-like protein  27.99 
 
 		 404 aa  91.7  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0902  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 		 447 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0941  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.46 
 
 		 436 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3010  histidine kinase A domain-containing protein  24.26 
 
 		 420 aa  90.1  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728657  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2013  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 490 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327957  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0521  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 		 375 aa  89.7  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.960828  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1987  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  23.62 
 
 		 489 aa  89.7  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.426043  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3403  two-component sensor kinase transcription regulator protein  25.07 
 
 		 446 aa  89.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4485  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 		 436 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960944 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1046  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 444 aa  89  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4638  sensor histidine kinase  27.27 
 
 		 430 aa  88.6  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2077  signal transduction histidine kinase sensor  27.54 
 
 		 487 aa  87.8  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.200991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4497  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 		 424 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000269755 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2297  Signal transduction histidine kinase-like  26.21 
 
 		 446 aa  86.7  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0247505  hitchhiker  0.000082991 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0417  putative sensor kinase protein  26.39 
 
 		 391 aa  86.3  9e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5391  histidine kinase  29.93 
 
 		 542 aa  86.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178617 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1184  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 480 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1726  Signal transduction histidine Kinases (STHK)  25.16 
 
 		 451 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0970  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 		 436 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1455  histidine kinase  28.57 
 
 		 467 aa  84.7  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00585199  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05571  sensory transduction protein kinase  25.47 
 
 		 413 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3576  histidine kinase A domain-containing protein  26.44 
 
 		 406 aa  84  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0520  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 		 405 aa  84  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.103033  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2833  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 		 437 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.643319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1451  histidine kinase  24.13 
 
 		 440 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.495687  normal  0.559505 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.37 
 
 		 436 aa  83.6  0.000000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1626  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 		 478 aa  83.2  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2323  histidine kinase  26.4 
 
 		 497 aa  83.2  0.000000000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0534  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.72 
 
 		 405 aa  83.2  0.000000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.132719  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0279  histidine kinase  26.01 
 
 		 461 aa  83.2  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 		 459 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.982786 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3598  histidine kinase  26.97 
 
 		 474 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0096  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.28 
 
 		 425 aa  82.4  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0334  histidine kinase  27.5 
 
 		 418 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000559138  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0619  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.34 
 
 		 430 aa  82.8  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal  0.27324 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.89 
 
 		 439 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 639 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17790  sensory histidine protein kinase, two-component, ColS  29.17 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334576  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04275  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with CreB or PhoB, regulator of the CreBC regulon  26.97 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2951  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.64 
 
 		 467 aa  81.3  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.181714  normal  0.254929 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1163  Signal transduction histidine kinase sensor  27.53 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2599  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.24 
 
 		 450 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0620227 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1477  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.96 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000762888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4950  sensory histidine kinase CreC  26.97 
 
 		 474 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.861306 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4301  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 		 579 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1782  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.12 
 
 		 466 aa  81.3  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04240  hypothetical protein  26.97 
 
 		 474 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1411  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.557491 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0002  ATP-binding region ATPase domain protein  26.78 
 
 		 592 aa  80.9  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.31 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1243  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 438 aa  80.9  0.00000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6029  histidine kinase  27.55 
 
 		 367 aa  80.5  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4947  sensory histidine kinase CreC  27.93 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1806  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 		 455 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5914  sensory histidine kinase CreC  26.97 
 
 		 474 aa  80.5  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0692  histidine kinase A domain-containing protein  26.4 
 
 		 404 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3076  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.61 
 
 		 450 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.483241  normal  0.593918 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4300  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.5 
 
 		 459 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.263692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3671  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 		 595 aa  80.1  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3431  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.61 
 
 		 450 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.039017  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1282  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 548 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.153514  normal  0.0403413 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.21 
 
 		 486 aa  79.7  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.764818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>