More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1973 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1973  histidine kinase  100 
 
 		 422 aa  867    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.73664 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2252  histidine kinase  38.35 
 
 		 410 aa  276  4e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3675  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.2 
 
 		 418 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2810  histidine kinase  39.84 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2061  putative two-component sensor  32.73 
 
 		 431 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.574753  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24340  putative two-component sensor  33.21 
 
 		 431 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3576  histidine kinase A domain-containing protein  27.64 
 
 		 406 aa  130  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2297  Signal transduction histidine kinase-like  31.03 
 
 		 446 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0247505  hitchhiker  0.000082991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0692  histidine kinase A domain-containing protein  27.53 
 
 		 404 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3631  histidine kinase  27.64 
 
 		 449 aa  110  6e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04658  two-component system sensor protein  26.21 
 
 		 405 aa  108  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0314695  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4638  sensor histidine kinase  26.52 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2444  Signal transduction histidine kinase-like  28.35 
 
 		 455 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.215818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2642  sensor histidine kinase  27.44 
 
 		 416 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.244154  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0334  histidine kinase  29.72 
 
 		 418 aa  105  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000559138  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02793  histidine kinase  26.65 
 
 		 426 aa  103  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4622  sensor histidine kinase  31.02 
 
 		 413 aa  102  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0711  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 		 422 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353371 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3797  ATPase domain-containing protein  30.09 
 
 		 413 aa  100  7e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02305  two-component system sensor protein  29.86 
 
 		 418 aa  99.8  8e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2610  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  25.76 
 
 		 421 aa  99.4  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.69998 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0653  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.41 
 
 		 423 aa  98.6  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2523  sensor histidine kinase  24.55 
 
 		 435 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.311676  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2374  sensor histidine kinase  26.55 
 
 		 434 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.171494  normal  0.151024 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2720  sensor histidine kinase  24.73 
 
 		 423 aa  96.3  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.894758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4327  histidine kinase A domain-containing protein  29.49 
 
 		 415 aa  94.7  3e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003061  two-component system sensor protein  26.3 
 
 		 429 aa  92.8  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3180  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.15 
 
 		 455 aa  92  2e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4195  histidine kinase A domain-containing protein  29.44 
 
 		 415 aa  90.9  3e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001594  two-component system sensor protein  26.51 
 
 		 413 aa  91.3  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000479105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3318  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.96 
 
 		 420 aa  90.9  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05571  sensory transduction protein kinase  26.61 
 
 		 413 aa  90.1  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4006  histidine kinase A domain-containing protein  32.86 
 
 		 413 aa  89.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2991  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 		 429 aa  88.6  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0597631 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1866  sensor histidine kinase  24.77 
 
 		 421 aa  85.9  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.506111  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4253  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.3 
 
 		 422 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000017519 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0619  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.69 
 
 		 430 aa  85.5  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.869359  normal  0.27324 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3010  histidine kinase A domain-containing protein  27.64 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728657  normal  0.501785 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1725  two component sensor histidine kinase  25.45 
 
 		 420 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000120171  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2477  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 		 422 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339832  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04467  two-component system (histidine kinase) sensor protein requried for AvrXa21 activity H (raxH)  26.47 
 
 		 420 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0707  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 		 422 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3439  Signal transduction histidine kinase-like  27.46 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000359307 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0147  signal transduction histidine kinase-like protein  25.61 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4709  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 		 504 aa  75.9  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.6 
 
 		 433 aa  75.1  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2660  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.52 
 
 		 421 aa  75.5  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.204639 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2130  histidine kinase  26.35 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1163  Signal transduction histidine kinase sensor  24.5 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 		 445 aa  73.2  0.000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0159551  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2006  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.03 
 
 		 469 aa  73.2  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0417  putative sensor kinase protein  23.88 
 
 		 391 aa  73.2  0.000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2105  two-component system, sensor protein  26.09 
 
 		 445 aa  73.2  0.000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0770  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.44 
 
 		 445 aa  72  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.875838  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1243  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.23 
 
 		 438 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1930  histidine kinase  27.04 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.824341  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0818  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 413 aa  71.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.423553  normal  0.73839 
 
 
-
 
NC_002950  PG0719  sensor histidine kinase  23.26 
 
 		 427 aa  70.9  0.00000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.420092 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1030  histidine kinase  29.95 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.836788 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3301  histidine kinase  23.23 
 
 		 439 aa  69.3  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3625  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  21.7 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2353  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  24.9 
 
 		 428 aa  68.6  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.657028  normal  0.419056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2833  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.73 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.643319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1477  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.46 
 
 		 459 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000762888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1046  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 		 444 aa  68.2  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0970  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 		 436 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0878793 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2139  histidine kinase  25.54 
 
 		 476 aa  67.8  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.055432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10920  two component system sensor histidine kinase prrB  24.92 
 
 		 446 aa  67.8  0.0000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.09 
 
 		 487 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000876727  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4497  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  25.51 
 
 		 424 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000269755 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1692  histidine kinase  22.77 
 
 		 402 aa  67.4  0.0000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00187821  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1481  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  22.44 
 
 		 446 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0335199  normal  0.0698163 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2585  histidine kinase  25.76 
 
 		 444 aa  67  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.421743  decreased coverage  0.00983118 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0464  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 614 aa  67  0.0000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.778528  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0033  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.65 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2700  histidine kinase  28.29 
 
 		 468 aa  66.6  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0941  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 436 aa  66.6  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.47 
 
 		 515 aa  66.6  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.880509  hitchhiker  0.00000493136 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0902  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.24 
 
 		 447 aa  66.6  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0316  histidine kinase  23.69 
 
 		 469 aa  66.6  0.0000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4373  sensor histidine kinase ColS  24.03 
 
 		 429 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1355  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  23.86 
 
 		 461 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.872823  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4485  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 		 436 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.960944 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0466  histidine kinase  25.63 
 
 		 422 aa  65.9  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1188  sensor histidine kinase, putative  24.91 
 
 		 438 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3295  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.1 
 
 		 465 aa  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0292  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 		 453 aa  66.2  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.671224  normal  0.701585 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4069  sensor histidine kinase  23.61 
 
 		 429 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00769633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.82 
 
 		 454 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1292  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 		 495 aa  64.7  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2714  sensor histidine kinase  26.44 
 
 		 454 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0617  sensor histidine kinase VncS  25.49 
 
 		 439 aa  64.7  0.000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5573  sensor histidine kinase  26.79 
 
 		 428 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0445  histidine kinase  26.61 
 
 		 490 aa  64.7  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000298579  normal  0.0488612 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0747  histidine kinase  23.38 
 
 		 471 aa  64.7  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1092  Signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 		 441 aa  65.1  0.000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.0028584  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.16 
 
 		 510 aa  64.7  0.000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2626  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 406 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.640199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1902  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.17 
 
 		 493 aa  64.3  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1061  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.86 
 
 		 459 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>