252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3602 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  96.85 
 
 
349 aa  686    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  100 
 
 
349 aa  708    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  81.54 
 
 
328 aa  537  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  63.23 
 
 
334 aa  418  1e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  62.74 
 
 
337 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  62.74 
 
 
337 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  62.54 
 
 
337 aa  419  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  62.74 
 
 
337 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  62.74 
 
 
337 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  62.74 
 
 
337 aa  418  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.7 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  62.42 
 
 
364 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  62.06 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.11 
 
 
336 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  63.02 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  62.42 
 
 
337 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  59.94 
 
 
356 aa  413  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  61.39 
 
 
339 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  62.7 
 
 
334 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  62.7 
 
 
334 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.7 
 
 
334 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.06 
 
 
339 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  56.35 
 
 
337 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  54.23 
 
 
336 aa  361  9e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  55.05 
 
 
337 aa  361  1e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  53.54 
 
 
336 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  52.47 
 
 
345 aa  359  3e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  52.81 
 
 
348 aa  358  5e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  53.8 
 
 
303 aa  351  1e-95  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  47.04 
 
 
332 aa  299  5e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  40.06 
 
 
332 aa  235  8e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  38.72 
 
 
341 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  36.61 
 
 
349 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  37.79 
 
 
341 aa  225  7e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  36.01 
 
 
349 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  37.18 
 
 
340 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  36.2 
 
 
342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  36.69 
 
 
349 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 
340 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  35.58 
 
 
349 aa  213  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  33.74 
 
 
347 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  35.17 
 
 
344 aa  209  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  35.9 
 
 
347 aa  208  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  36.09 
 
 
334 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  36.09 
 
 
334 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.95 
 
 
344 aa  203  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.71 
 
 
338 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  34.65 
 
 
333 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  35.95 
 
 
345 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.06 
 
 
345 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.27 
 
 
345 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  37.99 
 
 
361 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.81 
 
 
346 aa  192  7e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  35.35 
 
 
348 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.67 
 
 
346 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  34.78 
 
 
346 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  33.84 
 
 
371 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  34.94 
 
 
376 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  30.12 
 
 
346 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
332 aa  178  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  33.44 
 
 
332 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  35.16 
 
 
353 aa  174  9.999999999999999e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  33.33 
 
 
355 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  31.1 
 
 
340 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  33.22 
 
 
336 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  26.45 
 
 
391 aa  103  3e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1134  NMT1/THI5 like domain protein  25.46 
 
 
365 aa  73.2  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.334038 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  24.19 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1144  NMT1/THI5 like domain protein  23 
 
 
357 aa  66.6  0.0000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.144377  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2659  NMT1/THI5 like domain protein  29.09 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000535056  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3168  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.27 
 
 
343 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3906  WD-40 repeat-containing protein  26.27 
 
 
343 aa  65.1  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  21.59 
 
 
336 aa  64.3  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.47 
 
 
322 aa  63.9  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1347  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.72 
 
 
330 aa  63.9  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.53 
 
 
339 aa  63.2  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  21.43 
 
 
336 aa  62.8  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
325 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4931  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  24.76 
 
 
325 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2561  NLPA lipoprotein  24.34 
 
 
339 aa  62.4  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.79068 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.65 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  25.99 
 
 
334 aa  59.7  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08009  thiamine biosynthesis protein (Eurofung)  27.31 
 
 
341 aa  59.7  0.00000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.504438  normal  0.187766 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  24.79 
 
 
364 aa  59.7  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0825  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  22.13 
 
 
335 aa  59.3  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.262946  normal  0.791109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3641  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
319 aa  58.5  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0351893  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5921  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.15 
 
 
302 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0446712  normal  0.23339 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  26.6 
 
 
353 aa  58.9  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0362  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 
310 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
322 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.67 
 
 
314 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0406  NMT1/THI5 like domain protein  23.64 
 
 
334 aa  57.8  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.52 
 
 
317 aa  57.4  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  27.16 
 
 
343 aa  57.4  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1647  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  23.72 
 
 
324 aa  57  0.0000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3665  substrate-binding protein involved in ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system  30.12 
 
 
318 aa  57  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8277  ABC transport system substrate-binding protein  23.42 
 
 
336 aa  56.6  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0627957 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1172  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.73 
 
 
358 aa  56.2  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.811616  normal  0.138153 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  26.67 
 
 
321 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0454  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.32 
 
 
327 aa  55.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>