203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3116 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 		 336 aa  683    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  92.26 
 
 		 336 aa  632  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  80.13 
 
 		 337 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  78.64 
 
 		 337 aa  508  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  78.48 
 
 		 303 aa  489  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  67.09 
 
 		 348 aa  435  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  60.83 
 
 		 345 aa  421  1e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  62.54 
 
 		 339 aa  394  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  61.51 
 
 		 336 aa  391  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  63.49 
 
 		 339 aa  394  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  58.57 
 
 		 332 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  59.24 
 
 		 356 aa  388  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.26 
 
 		 334 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  62.42 
 
 		 334 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  61.89 
 
 		 334 aa  378  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  62.1 
 
 		 334 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  61.89 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  61.89 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  61.89 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  60.73 
 
 		 364 aa  371  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  61.06 
 
 		 337 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  60.91 
 
 		 337 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  61.06 
 
 		 337 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  61.06 
 
 		 337 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  61.06 
 
 		 337 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  61.06 
 
 		 337 aa  372  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  60.73 
 
 		 337 aa  371  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  53.85 
 
 		 349 aa  362  7.0000000000000005e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  53.54 
 
 		 349 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  52.62 
 
 		 328 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  40.2 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 341 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  40.2 
 
 		 349 aa  222  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  39.87 
 
 		 349 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  39.8 
 
 		 376 aa  219  6e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  40.26 
 
 		 341 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  36.28 
 
 		 332 aa  217  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  35.33 
 
 		 349 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  39.01 
 
 		 342 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  39.74 
 
 		 340 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  38.23 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  38.23 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  38.89 
 
 		 347 aa  213  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  39.87 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  34.76 
 
 		 344 aa  213  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  35.69 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.94 
 
 		 338 aa  209  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 		 340 aa  206  4e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  39.87 
 
 		 345 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.54 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  36.56 
 
 		 333 aa  204  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.78 
 
 		 345 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.04 
 
 		 346 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  33.74 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  35.18 
 
 		 348 aa  195  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.77 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  35.14 
 
 		 353 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  31.93 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  34.97 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  32.34 
 
 		 371 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  30.32 
 
 		 361 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  33.01 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  30.94 
 
 		 355 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  30.06 
 
 		 340 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  32.76 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  31.51 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2525  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.43 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.610523  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2570  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  31.43 
 
 		 321 aa  67  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0465  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  25.23 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.176308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2562  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.86 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2561  NLPA lipoprotein  23.82 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.79068 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 325 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  27.17 
 
 		 336 aa  60.8  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1035  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplasmic ligand-binding protein  29.79 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 322 aa  60.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  23.55 
 
 		 321 aa  59.3  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0354  NMT1/THI5 like domain protein  23.87 
 
 		 316 aa  58.2  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  30.41 
 
 		 343 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  28.67 
 
 		 323 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  25.31 
 
 		 337 aa  57.4  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4148  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  28.12 
 
 		 326 aa  57  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.193725  normal  0.38818 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  26.95 
 
 		 322 aa  57  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  26.34 
 
 		 335 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2659  NMT1/THI5 like domain protein  24.21 
 
 		 324 aa  56.6  0.0000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000535056  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  27.36 
 
 		 339 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3571  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.57 
 
 		 357 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1347  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.16 
 
 		 330 aa  55.8  0.000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0406  NMT1/THI5 like domain protein  24.77 
 
 		 334 aa  54.7  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  30.77 
 
 		 311 aa  54.7  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  24.91 
 
 		 329 aa  54.3  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0454  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.34 
 
 		 327 aa  53.5  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.11 
 
 		 317 aa  53.5  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1172  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.97 
 
 		 358 aa  53.1  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.811616  normal  0.138153 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.6 
 
 		 314 aa  53.1  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0154  extracellular solute-binding protein, family 3  27.27 
 
 		 323 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  27.82 
 
 		 330 aa  52.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1570  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 353 aa  52  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.61 
 
 		 336 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  25.65 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.34 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>