More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6066 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6066  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 
342 aa  689    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0938445  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3333  extracellular solute-binding protein  80.47 
 
 
341 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.686225  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2108  extracellular solute-binding protein  82.75 
 
 
341 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2255  NMT1/THI5 like domain protein  82.43 
 
 
340 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4881  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  57.14 
 
 
333 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.730601  normal  0.999131 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  41.74 
 
 
332 aa  275  6e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  45.13 
 
 
340 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  43.65 
 
 
338 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  44.16 
 
 
349 aa  256  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  44.16 
 
 
349 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  43.83 
 
 
349 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  45.78 
 
 
347 aa  249  4e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  45.13 
 
 
347 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  41.42 
 
 
349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4038  NMT1/THI5 like domain protein  38.53 
 
 
356 aa  236  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  41.42 
 
 
344 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3272  hypothetical protein  39.29 
 
 
337 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2680  hypothetical protein  39.29 
 
 
364 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.254313  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0036  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.32 
 
 
334 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2697  hypothetical protein  38.99 
 
 
337 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0038  hypothetical protein  38.99 
 
 
337 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0038  hypothetical protein  38.99 
 
 
337 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1855  hypothetical protein  38.99 
 
 
337 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0945611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0251  hypothetical protein  38.99 
 
 
337 aa  229  6e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1830  NMT1/THI5 like domain protein  44.48 
 
 
345 aa  228  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223893  normal  0.1806 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0035  hypothetical protein  39.17 
 
 
337 aa  228  9e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0053  NMT1/THI5-like domain-containing protein  41.12 
 
 
334 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.16 
 
 
344 aa  228  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4035  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate family transporter, periplasmic ligand binding protein  38.82 
 
 
339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.73 
 
 
345 aa  225  9e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  39.47 
 
 
334 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3959  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  37.5 
 
 
336 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  39.47 
 
 
334 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0026  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  40 
 
 
334 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0495  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.44 
 
 
339 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106589  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0036  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  40.79 
 
 
334 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0034  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  40.79 
 
 
334 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0035  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40 
 
 
334 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  38.1 
 
 
345 aa  223  4e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3218  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  39.67 
 
 
334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.732027 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.81 
 
 
345 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  36.69 
 
 
346 aa  222  7e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5343  putative ABC transporter, substrate-binding protein  40.58 
 
 
337 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.524159 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  36.62 
 
 
349 aa  222  7e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  36 
 
 
349 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  36.69 
 
 
346 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1529  putative substrate-binding component of ABC transporter  37.2 
 
 
348 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  38.19 
 
 
348 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  36.42 
 
 
328 aa  216  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3116  ABC transporter, substrate-binding protein  39.01 
 
 
336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.60563  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5063  putative ABC transporter, substrate-binding protein  39.55 
 
 
337 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.85 
 
 
346 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  40.06 
 
 
346 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3118  ABC transporter, substrate-binding protein  39.62 
 
 
336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.671223  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3327  ABC transporter substrate binding protein  40.26 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  39.33 
 
 
340 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  37.54 
 
 
332 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 
332 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2648  putative signal peptide protein  35.35 
 
 
353 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00493903 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0952  putative substrate-binding component of ABC transporter  35.26 
 
 
332 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0791916  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  32.48 
 
 
361 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  34.63 
 
 
371 aa  187  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  36.05 
 
 
336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0589  putative signal peptide protein  36.36 
 
 
355 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.66482  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5603  ABC transporter substrate-binding protein  27.33 
 
 
376 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.069875  normal  0.939883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  33.89 
 
 
391 aa  120  3e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2570  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.88 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2525  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.88 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.610523  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2562  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  33.72 
 
 
321 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  32.53 
 
 
364 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2645  Substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  30.81 
 
 
320 aa  70.9  0.00000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6455  ABC transporter substrate-binding protein  31.47 
 
 
314 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.871345  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2277  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.09 
 
 
313 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191617  normal  0.0563961 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0325  NMT1/THI5 like domain protein  30.93 
 
 
313 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.358073  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2575  hypothetical protein  26.36 
 
 
336 aa  66.6  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.225151  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1430  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.43 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1347  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.83 
 
 
330 aa  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  25.64 
 
 
340 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  25.83 
 
 
360 aa  64.7  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2964  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  28.69 
 
 
340 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11510  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  24.54 
 
 
336 aa  64.7  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000048144  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4888  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  29.03 
 
 
339 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108184  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0260  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
331 aa  63.5  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.388479  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4555  NMT1/THI5 like domain protein  23.79 
 
 
337 aa  63.2  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0362  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
310 aa  62.8  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.697334 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2564  putative ABC transporter, periplasmic subunit  32.6 
 
 
334 aa  62.8  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.365629 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  22.81 
 
 
336 aa  62.4  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
322 aa  62.4  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.5 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  25.21 
 
 
363 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0465  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.89 
 
 
347 aa  60.8  0.00000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.176308  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.2 
 
 
321 aa  60.5  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  26.51 
 
 
354 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4336  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.32 
 
 
344 aa  59.7  0.00000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.379972  normal  0.507879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.74 
 
 
336 aa  59.7  0.00000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 
915 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  23.97 
 
 
529 aa  58.5  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0878  hypothetical protein  26.84 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0057402  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4151  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.63 
 
 
344 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.814935  normal  0.147422 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3678  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.63 
 
 
344 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.987849 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>