165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3168 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3168  ABC transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 
343 aa  689    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3906  WD-40 repeat-containing protein  100 
 
 
343 aa  689    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2543  putative binding protein  48.7 
 
 
352 aa  301  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.721383 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3098  hypothetical protein  29.7 
 
 
364 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.616034 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  27.3 
 
 
360 aa  82  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  29.15 
 
 
349 aa  77.8  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7630  hypothetical protein  23.05 
 
 
363 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  0.456344 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2986  NMT1/THI5 like domain protein  25.83 
 
 
354 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0769  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.91 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3124  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.79 
 
 
362 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.45434  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1170  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.07 
 
 
356 aa  69.7  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0662412  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  24.69 
 
 
343 aa  69.3  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1675  putative signal peptide protein  30.3 
 
 
371 aa  65.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.88323 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.55 
 
 
342 aa  65.5  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3602  conserved hypothetical signal peptide protein  26.27 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  26.28 
 
 
674 aa  64.3  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3280  putative signal peptide protein  25.94 
 
 
349 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2272  putative signal peptide protein  27.61 
 
 
349 aa  63.5  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.863816  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1460  twin-arginine translocation pathway signal  30.22 
 
 
348 aa  62.8  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00145692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  25.07 
 
 
346 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2748  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
340 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.715028  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  26.16 
 
 
328 aa  60.8  0.00000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2778  NMT1/THI5 like domain protein  27.27 
 
 
325 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2293  membrane lipoprotein lipid attachment site  25.27 
 
 
336 aa  60.1  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.53 
 
 
1075 aa  59.3  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0284  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  30.73 
 
 
346 aa  58.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.12 
 
 
1238 aa  58.2  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  28.15 
 
 
346 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.4 
 
 
331 aa  58.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0666  NMT1/THI5 like domain protein  22.32 
 
 
359 aa  57.8  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2334  putative signal peptide protein  28 
 
 
344 aa  56.6  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.11 
 
 
1004 aa  56.2  0.0000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4578  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.63 
 
 
335 aa  56.2  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2052  NMT1/THI5 like domain protein  26.76 
 
 
340 aa  55.8  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.196348  normal  0.0508257 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  26.92 
 
 
778 aa  55.5  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  25.95 
 
 
340 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1820  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.63 
 
 
327 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.246405 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3589  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.65 
 
 
346 aa  54.7  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2438  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.96 
 
 
322 aa  55.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  23.92 
 
 
352 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3213  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.86 
 
 
338 aa  54.3  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581977  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4899  twin-arginine translocation pathway signal  27.66 
 
 
361 aa  54.3  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.992021  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  26.94 
 
 
330 aa  53.9  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0363  putative sulfonate/nitrate/taurine transport system substrate-binding protein  27.35 
 
 
317 aa  53.9  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1431  extracellular solute-binding protein  32.8 
 
 
332 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4513  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  28.81 
 
 
335 aa  53.5  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.67 
 
 
336 aa  53.5  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 
915 aa  52.8  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  22.59 
 
 
342 aa  53.1  0.000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3391  putative signal peptide protein  25.07 
 
 
328 aa  52.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.1 
 
 
1004 aa  52.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  24.84 
 
 
342 aa  52.4  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1180  putative ABC transporter, periplasmic protein  24.76 
 
 
323 aa  52.4  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3337  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.16 
 
 
326 aa  52  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.181277  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1198  signal peptide protein  27.71 
 
 
349 aa  51.6  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2105  extracellular solute-binding protein  30.99 
 
 
347 aa  51.6  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  24.83 
 
 
323 aa  52  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7220  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  28.02 
 
 
322 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1836  ABC-type nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate transport systems, periplasmic component  23.53 
 
 
340 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3175  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.32 
 
 
367 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.311198  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5352  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.11 
 
 
329 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5441  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.11 
 
 
329 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.558403 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5731  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  25.11 
 
 
329 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3279  hypothetical protein  24.21 
 
 
332 aa  51.2  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000646762  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2254  extracellular solute-binding protein  31.62 
 
 
336 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  23.93 
 
 
339 aa  50.8  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1411  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.54 
 
 
320 aa  50.4  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.214398 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2349  NMT1/THI5 like domain protein  23.65 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1964  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.99 
 
 
344 aa  50.4  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0999952  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1134  NMT1/THI5 like domain protein  31.79 
 
 
349 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0977895  normal  0.576381 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3512  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.16 
 
 
345 aa  50.4  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0955  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.65 
 
 
345 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  26.35 
 
 
359 aa  50.1  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1042  NMT1/THI5 like domain protein  31.79 
 
 
349 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.778479 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1057  extracellular solute-binding protein family 3  31.09 
 
 
332 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227515  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2964  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  24.89 
 
 
340 aa  49.7  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4355  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  26.4 
 
 
334 aa  49.3  0.00009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.0000418029  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.78 
 
 
335 aa  49.3  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5012  ABC transporter substrate-binding protein  27.8 
 
 
343 aa  49.3  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0671  NMT1/THI5 like domain protein  24.34 
 
 
424 aa  48.9  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  30.67 
 
 
334 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  30.67 
 
 
334 aa  48.9  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  30.97 
 
 
334 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0815  NMT1/THI5 like domain protein  23.26 
 
 
321 aa  48.1  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4058  twin-arginine translocation pathway signal  27.81 
 
 
329 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2122  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
347 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0485775  normal  0.0522703 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1390  NMT1/THI5 like domain protein  28.67 
 
 
346 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.530017  hitchhiker  0.00234319 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3159  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.17 
 
 
346 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.338207 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1814  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  32.85 
 
 
322 aa  47.8  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.641284  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  27.45 
 
 
341 aa  47.8  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0114  sulfonate binding protein  34.75 
 
 
331 aa  47.4  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.802065  hitchhiker  0.00280198 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0777  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.07 
 
 
322 aa  47.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0229  NMT1/THI5 like domain protein  24.36 
 
 
391 aa  47.8  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  26.62 
 
 
375 aa  47.4  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  22.82 
 
 
775 aa  47.4  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  26.18 
 
 
686 aa  47  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2357  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.33 
 
 
345 aa  47.4  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0182931  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2258  NMT1/THI5 like domain protein  32.82 
 
 
340 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0105  NMT1/THI5 like domain protein  33.62 
 
 
314 aa  47  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318497  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4643  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.78 
 
 
351 aa  47  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>