More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1779 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  100 
 
 		 280 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  94.22 
 
 		 282 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  87.64 
 
 		 277 aa  481  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  62.16 
 
 		 290 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  62.16 
 
 		 290 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  62.16 
 
 		 290 aa  311  9e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  61.04 
 
 		 292 aa  311  1e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  61.26 
 
 		 295 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  61.78 
 
 		 290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  61.78 
 
 		 290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  60.98 
 
 		 272 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  61.78 
 
 		 290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  61.78 
 
 		 290 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  60.9 
 
 		 270 aa  305  4.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  61.11 
 
 		 284 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  59.16 
 
 		 303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  58.89 
 
 		 288 aa  298  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  59.46 
 
 		 287 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  59.07 
 
 		 287 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  58.69 
 
 		 285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  58.69 
 
 		 285 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  58.69 
 
 		 285 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  58.62 
 
 		 286 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  51.41 
 
 		 268 aa  262  6e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  53.33 
 
 		 268 aa  252  4.0000000000000004e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  54.12 
 
 		 263 aa  251  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  53.11 
 
 		 271 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  54.58 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  53.44 
 
 		 275 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  53.17 
 
 		 263 aa  241  7e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  53.59 
 
 		 265 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  53.16 
 
 		 265 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  52.68 
 
 		 270 aa  236  4e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  45.78 
 
 		 282 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  50 
 
 		 265 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  49.23 
 
 		 265 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  53.62 
 
 		 265 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  49.6 
 
 		 263 aa  228  9e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  44.96 
 
 		 259 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  51.48 
 
 		 265 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  46.61 
 
 		 254 aa  214  9.999999999999999e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  42.34 
 
 		 263 aa  211  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  41.7 
 
 		 256 aa  210  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  39.27 
 
 		 266 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  43.38 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  44.05 
 
 		 260 aa  206  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  44 
 
 		 260 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  48.36 
 
 		 272 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  43.93 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  47.54 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  45.56 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  38.62 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  40.71 
 
 		 269 aa  191  1e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  48.24 
 
 		 279 aa  190  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1058  glutamate racemase  43.97 
 
 		 268 aa  188  9e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.213351  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  48.93 
 
 		 296 aa  188  9e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1508  glutamate racemase  36.64 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  43.8 
 
 		 272 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  43.59 
 
 		 281 aa  186  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  43.97 
 
 		 271 aa  186  4e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0940  glutamate racemase  42.13 
 
 		 277 aa  186  5e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.389602 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1276  glutamate racemase  36.78 
 
 		 295 aa  185  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  48 
 
 		 269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  42.7 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  39.06 
 
 		 281 aa  180  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  38.33 
 
 		 270 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  47.86 
 
 		 291 aa  178  9e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  42.26 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25070  glutamate racemase  42.11 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1732  Glutamate racemase  38.83 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.648223 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  36.1 
 
 		 289 aa  176  4e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  40.15 
 
 		 277 aa  176  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  34.48 
 
 		 267 aa  176  5e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  38.43 
 
 		 276 aa  176  5e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  42.73 
 
 		 272 aa  176  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0104  glutamate racemase  42.24 
 
 		 264 aa  175  6e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  38.24 
 
 		 267 aa  175  7e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  47.83 
 
 		 291 aa  175  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  37.3 
 
 		 295 aa  175  9e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  39.86 
 
 		 296 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  38.66 
 
 		 265 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  48.4 
 
 		 269 aa  172  5e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  40.64 
 
 		 275 aa  172  5e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29140  glutamate racemase  39.38 
 
 		 265 aa  171  9e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.818975 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  37.17 
 
 		 264 aa  171  1e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  43.38 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1015  glutamate racemase  40.39 
 
 		 264 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  38.64 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  35.06 
 
 		 291 aa  169  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  38.89 
 
 		 272 aa  169  5e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0547  glutamate racemase  39.32 
 
 		 276 aa  169  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.77942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1752  glutamate racemase  41.08 
 
 		 276 aa  169  6e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3764  glutamate racemase  38.35 
 
 		 282 aa  168  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.030559 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0161  glutamate racemase  33.33 
 
 		 270 aa  167  2e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0534068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  39.37 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1937  glutamate racemase  34.35 
 
 		 268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000512985  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  39.69 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2743  glutamate racemase  38.89 
 
 		 285 aa  166  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.677331  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  36.76 
 
 		 276 aa  165  8e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1686  glutamate racemase  40.48 
 
 		 263 aa  165  8e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000161224  hitchhiker  0.00000616393 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>