More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2884 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  100 
 
 
272 aa  551  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  63.7 
 
 
281 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  63.2 
 
 
271 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  60.79 
 
 
296 aa  286  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  58.39 
 
 
301 aa  285  5e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  56.2 
 
 
296 aa  277  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  55.4 
 
 
291 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  54.64 
 
 
291 aa  262  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  46.86 
 
 
276 aa  228  9e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  49.6 
 
 
269 aa  228  1e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  47.45 
 
 
292 aa  210  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  45.09 
 
 
272 aa  209  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  46.24 
 
 
263 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  47.41 
 
 
290 aa  204  9e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  47.41 
 
 
290 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  47.41 
 
 
290 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  45.83 
 
 
263 aa  199  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  47.04 
 
 
290 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  47.04 
 
 
290 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  47.04 
 
 
290 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  47.04 
 
 
290 aa  200  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  46.37 
 
 
270 aa  198  7e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  44.44 
 
 
265 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  47.25 
 
 
287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  47.25 
 
 
287 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  44.4 
 
 
265 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  47.62 
 
 
285 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  47.62 
 
 
285 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  43.6 
 
 
265 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  47.62 
 
 
285 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  45.38 
 
 
264 aa  194  9e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  43.25 
 
 
265 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  42.13 
 
 
275 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  43.2 
 
 
254 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  44.22 
 
 
265 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  48.35 
 
 
286 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  44.78 
 
 
288 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  41.5 
 
 
263 aa  191  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  41.18 
 
 
271 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  44.44 
 
 
284 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  48.21 
 
 
272 aa  189  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  48.21 
 
 
295 aa  188  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  42.22 
 
 
303 aa  187  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  43.8 
 
 
282 aa  187  1e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  43.8 
 
 
280 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  43.2 
 
 
265 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  41.09 
 
 
268 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  44.19 
 
 
277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  38.28 
 
 
256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  38.6 
 
 
282 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  42 
 
 
271 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  36.4 
 
 
260 aa  177  1e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  44.83 
 
 
270 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  36.4 
 
 
260 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  38.37 
 
 
266 aa  176  4e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  39.1 
 
 
268 aa  176  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  40.86 
 
 
266 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  41.07 
 
 
269 aa  167  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  39.91 
 
 
259 aa  162  6e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  42.96 
 
 
279 aa  161  9e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  41.06 
 
 
288 aa  160  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  40.57 
 
 
286 aa  159  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  43.3 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  37.45 
 
 
272 aa  152  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  34.11 
 
 
264 aa  151  1e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  36.82 
 
 
256 aa  149  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  34.59 
 
 
267 aa  150  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  34.33 
 
 
278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1315  glutamate racemase  31.8 
 
 
282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.278048  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1403  glutamate racemase  31.7 
 
 
271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.011176  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  34.75 
 
 
285 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  34.33 
 
 
280 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  34.33 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  34.33 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  39.85 
 
 
269 aa  145  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  36.06 
 
 
310 aa  145  9e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  33.21 
 
 
266 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  33.08 
 
 
271 aa  144  1e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  35.83 
 
 
263 aa  143  3e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  34.35 
 
 
275 aa  142  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1686  glutamate racemase  32.31 
 
 
263 aa  142  6e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000161224  hitchhiker  0.00000616393 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7556  glutamate racemase  33.46 
 
 
295 aa  141  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2463  glutamate racemase  35.61 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.794821  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2842  glutamate racemase  35.61 
 
 
269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.446044  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  35.74 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  32.73 
 
 
293 aa  140  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  34.57 
 
 
277 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  32.71 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  32.95 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1058  glutamate racemase  34.08 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.213351  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  31.44 
 
 
264 aa  139  6e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  33.58 
 
 
289 aa  138  7.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  33.21 
 
 
272 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  37.05 
 
 
269 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0479  glutamate racemase  33.84 
 
 
265 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.553791  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0275  glutamate racemase  35.91 
 
 
278 aa  137  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147503  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2724  glutamate racemase  35.56 
 
 
266 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0487  glutamate racemase  32.44 
 
 
288 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  35.58 
 
 
281 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1276  glutamate racemase  34.07 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>