More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0777 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  100 
 
 		 265 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  94.72 
 
 		 265 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  93.58 
 
 		 265 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  86.42 
 
 		 265 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  75.19 
 
 		 263 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  71.92 
 
 		 271 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  72.31 
 
 		 275 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  71.43 
 
 		 263 aa  374  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  69.96 
 
 		 263 aa  358  4e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  70.47 
 
 		 265 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  70.47 
 
 		 265 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  54.47 
 
 		 270 aa  262  4e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  50 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  52.55 
 
 		 271 aa  252  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  44.84 
 
 		 266 aa  243  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  51.42 
 
 		 254 aa  239  2e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  47.13 
 
 		 270 aa  229  5e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  49.01 
 
 		 295 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  54.76 
 
 		 279 aa  226  2e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  52.74 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  52.32 
 
 		 282 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  51.48 
 
 		 280 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  46.56 
 
 		 284 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  47.89 
 
 		 272 aa  224  9e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  46.99 
 
 		 292 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  47.53 
 
 		 290 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  47.53 
 
 		 290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  47.53 
 
 		 290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  46.59 
 
 		 272 aa  219  3.9999999999999997e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  46.85 
 
 		 303 aa  218  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  44.23 
 
 		 288 aa  216  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  47.15 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  47.56 
 
 		 272 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  47.15 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  47.15 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  47.15 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  41.87 
 
 		 260 aa  215  5e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  41.87 
 
 		 260 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  41.94 
 
 		 259 aa  213  2.9999999999999995e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  49.78 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  49.17 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  49.17 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  49.17 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  46.42 
 
 		 287 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  41.53 
 
 		 256 aa  205  7e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  45.9 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  44.96 
 
 		 286 aa  202  3e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  40.08 
 
 		 269 aa  201  9e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  45.63 
 
 		 271 aa  201  9.999999999999999e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  45.61 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  43.39 
 
 		 268 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  44.44 
 
 		 272 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  40.49 
 
 		 266 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  46.59 
 
 		 286 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  44.9 
 
 		 264 aa  193  2e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  41.77 
 
 		 263 aa  194  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  43.98 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  46.98 
 
 		 269 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  44.68 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  41.77 
 
 		 271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  43.32 
 
 		 276 aa  180  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  39.31 
 
 		 275 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  45.34 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0479  glutamate racemase  39.36 
 
 		 265 aa  179  4e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.553791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  45.6 
 
 		 269 aa  179  4.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  42.11 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  38.7 
 
 		 272 aa  177  2e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  40.61 
 
 		 281 aa  177  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0487  glutamate racemase  37.16 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  43.8 
 
 		 291 aa  176  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  44.07 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2724  glutamate racemase  40.89 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  41.32 
 
 		 289 aa  174  9e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  43.81 
 
 		 296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  36.94 
 
 		 272 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0104  glutamate racemase  40.15 
 
 		 264 aa  171  9e-42  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  36.16 
 
 		 270 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0547  glutamate racemase  37.93 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.77942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0275  glutamate racemase  36.97 
 
 		 278 aa  166  4e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147503  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1686  glutamate racemase  40.4 
 
 		 263 aa  166  5e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000161224  hitchhiker  0.00000616393 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  34.16 
 
 		 258 aa  165  6.9999999999999995e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  39.67 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1954  glutamate racemase  38.79 
 
 		 330 aa  162  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998132 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  44.64 
 
 		 277 aa  162  4.0000000000000004e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1508  glutamate racemase  34.8 
 
 		 273 aa  162  5.0000000000000005e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0260  glutamate racemase  37.82 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00172375 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  36.89 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  33.85 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  34.93 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  32.63 
 
 		 267 aa  159  4e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3204  glutamate racemase  35.25 
 
 		 267 aa  159  6e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.685477  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  32.44 
 
 		 280 aa  159  6e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  36.76 
 
 		 285 aa  158  8e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  33.6 
 
 		 291 aa  158  8e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0449  glutamate racemase  33.89 
 
 		 267 aa  158  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  34.84 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  34.84 
 
 		 267 aa  158  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  34.84 
 
 		 269 aa  158  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  34.84 
 
 		 269 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  39.04 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>