More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1112 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  100 
 
 		 275 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  89.82 
 
 		 271 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  72.41 
 
 		 263 aa  391  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  73.46 
 
 		 265 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  72.31 
 
 		 265 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  72.31 
 
 		 265 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  72.31 
 
 		 265 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  70.66 
 
 		 263 aa  353  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  65.64 
 
 		 263 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  67.87 
 
 		 265 aa  329  4e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  67.74 
 
 		 265 aa  326  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  54.26 
 
 		 270 aa  261  1e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  47.81 
 
 		 266 aa  253  3e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  51.59 
 
 		 271 aa  248  6e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  50.85 
 
 		 282 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  53.72 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  54.74 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  54.74 
 
 		 290 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  53.44 
 
 		 280 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  51.59 
 
 		 282 aa  241  6e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  54.31 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  52.81 
 
 		 303 aa  239  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  54.31 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  54.31 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  54.31 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  50.62 
 
 		 295 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  54.66 
 
 		 277 aa  237  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  54.09 
 
 		 292 aa  238  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  52.19 
 
 		 288 aa  236  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  51.28 
 
 		 284 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  49.59 
 
 		 254 aa  233  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  53.3 
 
 		 272 aa  225  7e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  51.72 
 
 		 285 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  51.72 
 
 		 285 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  51.72 
 
 		 285 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  50.62 
 
 		 287 aa  221  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  50.43 
 
 		 270 aa  218  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  50.84 
 
 		 287 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  50 
 
 		 272 aa  218  1e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  44.02 
 
 		 288 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  39.29 
 
 		 260 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  39.29 
 
 		 260 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  49.07 
 
 		 268 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  41.7 
 
 		 259 aa  209  3e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  49.77 
 
 		 272 aa  209  3e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  42.98 
 
 		 263 aa  208  7e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  48.15 
 
 		 268 aa  205  7e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  47.32 
 
 		 286 aa  204  1e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  46.76 
 
 		 276 aa  202  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  53.48 
 
 		 279 aa  202  5e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  42.86 
 
 		 269 aa  201  8e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  44.54 
 
 		 264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  50.88 
 
 		 286 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  47.54 
 
 		 269 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  47.46 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  49.79 
 
 		 269 aa  195  7e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  44.96 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  45.75 
 
 		 256 aa  194  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  42.13 
 
 		 272 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  46.7 
 
 		 271 aa  193  2e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  46.61 
 
 		 291 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  46.15 
 
 		 271 aa  190  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  40.46 
 
 		 275 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  47.79 
 
 		 296 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  45.87 
 
 		 291 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  38.87 
 
 		 266 aa  185  6e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0479  glutamate racemase  39.75 
 
 		 265 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.553791  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  42.11 
 
 		 276 aa  184  1.0000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  46.19 
 
 		 281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  47.49 
 
 		 266 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  39.08 
 
 		 272 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0487  glutamate racemase  39.08 
 
 		 288 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2724  glutamate racemase  39.1 
 
 		 266 aa  176  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1992  glutamate racemase  39.77 
 
 		 266 aa  176  3e-43  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  39.75 
 
 		 272 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0104  glutamate racemase  41.45 
 
 		 264 aa  174  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  35.21 
 
 		 270 aa  173  1.9999999999999998e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0275  glutamate racemase  37.93 
 
 		 278 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147503  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0547  glutamate racemase  39.69 
 
 		 276 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.77942  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  38.68 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  44.34 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  45.98 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0260  glutamate racemase  38.7 
 
 		 278 aa  169  3e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00172375 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  36.21 
 
 		 258 aa  169  4e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  38.77 
 
 		 256 aa  168  7e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  39.19 
 
 		 281 aa  168  9e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  41.9 
 
 		 287 aa  167  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  39.06 
 
 		 278 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  35.25 
 
 		 267 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  36.03 
 
 		 264 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  40.71 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  37.05 
 
 		 272 aa  166  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  37.07 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  40.4 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  43.16 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  36.44 
 
 		 280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  42.74 
 
 		 285 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  37.83 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  38.31 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  39.58 
 
 		 281 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>