More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2597 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  100 
 
 		 271 aa  550  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  63.31 
 
 		 281 aa  331  7.000000000000001e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  63.2 
 
 		 272 aa  323  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  60.29 
 
 		 301 aa  303  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  56.88 
 
 		 296 aa  281  6.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  54.68 
 
 		 291 aa  268  7e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  51.97 
 
 		 296 aa  263  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  53.17 
 
 		 291 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  53.7 
 
 		 269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  49.44 
 
 		 276 aa  238  8e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  47.99 
 
 		 272 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  48.4 
 
 		 290 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  49.07 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  48.18 
 
 		 290 aa  214  9e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  47.46 
 
 		 290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  47.81 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  47.81 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  47.81 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  47.81 
 
 		 290 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  47.6 
 
 		 263 aa  209  5e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  45.66 
 
 		 292 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  45.56 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  45.56 
 
 		 295 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  45.56 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  46.94 
 
 		 277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  45.56 
 
 		 280 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  45.08 
 
 		 270 aa  198  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  47.04 
 
 		 287 aa  198  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  47.04 
 
 		 287 aa  198  9e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  47.41 
 
 		 285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  46.42 
 
 		 263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  44.12 
 
 		 272 aa  196  5.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  47.04 
 
 		 285 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  47.04 
 
 		 285 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  45 
 
 		 282 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  43.9 
 
 		 264 aa  191  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  46.15 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  46.15 
 
 		 275 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  47.04 
 
 		 286 aa  188  7e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  46.88 
 
 		 271 aa  188  9e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  42.74 
 
 		 254 aa  188  9e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  43.97 
 
 		 268 aa  187  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  42.51 
 
 		 263 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  42.28 
 
 		 265 aa  184  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  41.77 
 
 		 265 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  42.8 
 
 		 268 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  46.15 
 
 		 265 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  42.34 
 
 		 265 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  47.69 
 
 		 270 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  41.94 
 
 		 265 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  45.45 
 
 		 265 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  40.77 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  40.79 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  43.3 
 
 		 269 aa  170  3e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  40.36 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  41.33 
 
 		 256 aa  166  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  39.91 
 
 		 260 aa  165  9e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  42.86 
 
 		 288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  40.89 
 
 		 259 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  42.49 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  38.58 
 
 		 266 aa  162  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  36.58 
 
 		 267 aa  156  4e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  41.18 
 
 		 263 aa  154  1e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  34.35 
 
 		 266 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  45.53 
 
 		 279 aa  152  4e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  44.64 
 
 		 269 aa  152  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  38.64 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  40.44 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  32.95 
 
 		 280 aa  149  6e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  36.03 
 
 		 276 aa  148  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  42.66 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  37.73 
 
 		 274 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  36.03 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  36.4 
 
 		 281 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  37.73 
 
 		 274 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  37.73 
 
 		 274 aa  145  5e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  36.6 
 
 		 259 aa  145  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  37.73 
 
 		 274 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  37.33 
 
 		 273 aa  145  6e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1954  glutamate racemase  38.5 
 
 		 330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998132 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  32.56 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  36.4 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  35.71 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  36.84 
 
 		 266 aa  144  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  33.47 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0449  glutamate racemase  33.08 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0316043  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  37.27 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  36.89 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  36.89 
 
 		 272 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  34.35 
 
 		 271 aa  143  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  31.11 
 
 		 291 aa  142  4e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  33.33 
 
 		 272 aa  142  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  33.21 
 
 		 275 aa  142  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2202  glutamate racemase  35.09 
 
 		 282 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  34.07 
 
 		 281 aa  142  9e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1386  glutamate racemase  37.39 
 
 		 272 aa  141  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  35.81 
 
 		 268 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  33.97 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  33.97 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  34.87 
 
 		 272 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>