More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2235 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  100 
 
 		 287 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  98.95 
 
 		 287 aa  567  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  92.98 
 
 		 285 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  92.98 
 
 		 285 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  92.63 
 
 		 285 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  89.96 
 
 		 286 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  75 
 
 		 292 aa  434  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  74.01 
 
 		 290 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  73.65 
 
 		 290 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  73.65 
 
 		 290 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  73.29 
 
 		 290 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  73.29 
 
 		 290 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  71.53 
 
 		 288 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  73.29 
 
 		 290 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  73.29 
 
 		 290 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  67.28 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  68.57 
 
 		 295 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  67.86 
 
 		 284 aa  365  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  59.07 
 
 		 280 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  55.64 
 
 		 282 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  58.69 
 
 		 277 aa  292  5e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  56.11 
 
 		 272 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  56.54 
 
 		 270 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  48.45 
 
 		 268 aa  246  3e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  52.9 
 
 		 263 aa  246  4.9999999999999997e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  50 
 
 		 270 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  51.75 
 
 		 263 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  46.36 
 
 		 263 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  50.84 
 
 		 275 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  51.54 
 
 		 271 aa  232  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  50.59 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  50.8 
 
 		 265 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  52.97 
 
 		 271 aa  229  3e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  47.01 
 
 		 265 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  47.74 
 
 		 265 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  45.99 
 
 		 288 aa  224  9e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  44.36 
 
 		 268 aa  224  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  46.62 
 
 		 265 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  44.08 
 
 		 256 aa  222  6e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  45.9 
 
 		 265 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  45.77 
 
 		 286 aa  217  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  42.46 
 
 		 260 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  43.82 
 
 		 282 aa  216  2e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  46.12 
 
 		 266 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  47.64 
 
 		 276 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  47.04 
 
 		 271 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  41.67 
 
 		 260 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  47.62 
 
 		 272 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  42.19 
 
 		 259 aa  205  6e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  45.99 
 
 		 254 aa  203  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  46.69 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  48.05 
 
 		 279 aa  199  5e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  49.58 
 
 		 291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  46.57 
 
 		 291 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  43.68 
 
 		 272 aa  194  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  44.89 
 
 		 281 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  48.8 
 
 		 272 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  39.11 
 
 		 263 aa  189  5e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  48.67 
 
 		 296 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  38.17 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  42.15 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  43.27 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  38.28 
 
 		 269 aa  179  5.999999999999999e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  47.19 
 
 		 269 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  50 
 
 		 269 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  42.41 
 
 		 271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1700  glutamate racemase  40.64 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0499651  normal  0.299923 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1543  glutamate racemase  40 
 
 		 277 aa  172  6.999999999999999e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.79894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  41.11 
 
 		 285 aa  171  1e-41  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0590  glutamate racemase  39.63 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.169456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  39.77 
 
 		 281 aa  169  5e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0940  glutamate racemase  38.67 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.389602 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  34.96 
 
 		 270 aa  168  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1732  Glutamate racemase  39.29 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.648223 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  33.6 
 
 		 291 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08350  glutamate racemase  40.22 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3764  glutamate racemase  39.31 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.030559 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2356  glutamate racemase  42.47 
 
 		 278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0280232  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0518  glutamate racemase  40.38 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000716913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1686  glutamate racemase  39.06 
 
 		 263 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000161224  hitchhiker  0.00000616393 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1315  glutamate racemase  38.34 
 
 		 282 aa  163  3e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.278048  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1058  glutamate racemase  39.53 
 
 		 268 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.213351  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3867  glutamate racemase  40.86 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  34.07 
 
 		 264 aa  161  9e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  41.96 
 
 		 264 aa  161  1e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1752  glutamate racemase  41.15 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11368  glutamate racemase  39.06 
 
 		 271 aa  160  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000110986  normal  0.482837 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4404  glutamate racemase  34.09 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3846  glutamate racemase  41.09 
 
 		 280 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3920  glutamate racemase  41.09 
 
 		 280 aa  159  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1954  glutamate racemase  35.04 
 
 		 330 aa  157  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998132 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1015  glutamate racemase  37.8 
 
 		 264 aa  158  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3832  glutamate racemase  40.93 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4289  glutamate racemase  40.93 
 
 		 281 aa  157  2e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244249 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29140  glutamate racemase  39.06 
 
 		 265 aa  156  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.818975 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  36.55 
 
 		 272 aa  155  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5648  glutamate racemase  40.25 
 
 		 276 aa  155  6e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.546638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0885  glutamate racemase  39.53 
 
 		 268 aa  155  6e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2315  glutamate racemase  36.78 
 
 		 360 aa  155  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000133426 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0538  glutamate racemase  34.23 
 
 		 261 aa  155  8e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000109629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>