More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2517 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  100 
 
 		 269 aa  535  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  55.51 
 
 		 296 aa  273  3e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  50.55 
 
 		 296 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  54.51 
 
 		 281 aa  267  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  53.7 
 
 		 271 aa  260  1e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  53.48 
 
 		 301 aa  259  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  50.18 
 
 		 291 aa  250  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  49.82 
 
 		 291 aa  250  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  50.38 
 
 		 272 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  49.39 
 
 		 263 aa  207  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  48.24 
 
 		 276 aa  204  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  47.54 
 
 		 275 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  47.66 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  46.56 
 
 		 265 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  47.64 
 
 		 263 aa  194  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  47.77 
 
 		 270 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  46.12 
 
 		 265 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  46.06 
 
 		 282 aa  191  1e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  44.94 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  46.93 
 
 		 263 aa  190  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  49.35 
 
 		 265 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  45.31 
 
 		 265 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  44.88 
 
 		 280 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  48.7 
 
 		 265 aa  186  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  49.56 
 
 		 277 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  42.51 
 
 		 254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  42.74 
 
 		 264 aa  177  1e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  38.27 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  45.45 
 
 		 292 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2541  glutamate racemase  43.73 
 
 		 272 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  44.4 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  43.48 
 
 		 303 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  41.41 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  43.82 
 
 		 271 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  46.35 
 
 		 290 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  44.84 
 
 		 284 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  46.35 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  46.35 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  47.71 
 
 		 277 aa  170  2e-41  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  43.35 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  45.92 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  46.75 
 
 		 287 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1799  glutamate racemase  45.92 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  45.09 
 
 		 272 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  39.91 
 
 		 259 aa  168  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1088  glutamate racemase  45.92 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  45.92 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  37.3 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  46.75 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  46.75 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  43.46 
 
 		 288 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  46.75 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  46.75 
 
 		 285 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  40.64 
 
 		 256 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  39.64 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3247  glutamate racemase  40.86 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3114  glutamate racemase  46.4 
 
 		 269 aa  159  4e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  37.3 
 
 		 263 aa  158  9e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  38.3 
 
 		 268 aa  156  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  45.02 
 
 		 286 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  38.62 
 
 		 268 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1360  glutamate racemase  37.33 
 
 		 269 aa  152  5e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  37.2 
 
 		 266 aa  151  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  42.04 
 
 		 305 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  40.42 
 
 		 271 aa  145  7.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0073  glutamate racemase  40.6 
 
 		 286 aa  145  8.000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0278  glutamate racemase  33.33 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.424849  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  36.32 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0264  glutamate racemase  38.67 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.741636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1954  glutamate racemase  35.46 
 
 		 330 aa  143  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998132 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  36.71 
 
 		 295 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2249  glutamate racemase  36.68 
 
 		 333 aa  142  4e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.062681  normal  0.257999 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  37.83 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  39.32 
 
 		 275 aa  142  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  36.12 
 
 		 268 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  38.22 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3231  glutamate racemase  34.63 
 
 		 272 aa  140  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.041198  normal  0.505933 
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  38.1 
 
 		 277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  41.59 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  36.02 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  38.46 
 
 		 272 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  36.02 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  36.09 
 
 		 267 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0284  glutamate racemase  36.71 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2265  glutamate racemase  39.66 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  35.18 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  35.04 
 
 		 290 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  38.39 
 
 		 271 aa  136  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  39.47 
 
 		 267 aa  136  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  35.96 
 
 		 274 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1451  glutamate racemase  42.08 
 
 		 279 aa  135  9e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00367617  normal  0.1291 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  35.96 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  35.96 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  38.26 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  35.96 
 
 		 274 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  32.76 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2810  glutamate racemase  38.27 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  29.73 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  36.89 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  32.76 
 
 		 287 aa  133  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>