More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0440 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0440  glutamate racemase  100 
 
 		 256 aa  528  1e-149  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000912391 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0104  glutamate racemase  67.43 
 
 		 264 aa  364  1e-100  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2893  glutamate racemase  43.19 
 
 		 260 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2572  glutamate racemase  43.19 
 
 		 260 aa  211  7.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3402  glutamate racemase  44.07 
 
 		 258 aa  196  3e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.108965  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  37.55 
 
 		 266 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1992  glutamate racemase  44.44 
 
 		 266 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06670  glutamate racemase  42.29 
 
 		 264 aa  181  8.000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000549454  normal  0.0772332 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1245  glutamate racemase  41.96 
 
 		 262 aa  180  2e-44  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02590  glutamate racemase  39.83 
 
 		 253 aa  177  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000415805  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0590  glutamate racemase  39.62 
 
 		 253 aa  169  5e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.348712  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  38.77 
 
 		 275 aa  168  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1779  glutamate racemase  39.37 
 
 		 280 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.63205 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4745  glutamate racemase  37.96 
 
 		 263 aa  164  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.13389  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  38.19 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  37.89 
 
 		 271 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1276  glutamate racemase  38.79 
 
 		 271 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.696646  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  38.19 
 
 		 277 aa  161  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4453  glutamate racemase  37.34 
 
 		 265 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0764  glutamate racemase  37.76 
 
 		 265 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  32.55 
 
 		 282 aa  161  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41440  glutamate racemase  38.1 
 
 		 263 aa  160  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.420201  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0777  glutamate racemase  36.89 
 
 		 265 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0736  glutamate racemase  38.17 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  36.65 
 
 		 263 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2038  glutamate racemase  33.2 
 
 		 267 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00710975  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  36.55 
 
 		 254 aa  155  6e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5311  glutamate racemase  38.7 
 
 		 265 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0624  glutamate racemase  35.71 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000306047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  34.26 
 
 		 268 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  38.74 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  34.04 
 
 		 275 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61660  glutamate racemase  38.6 
 
 		 265 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.106056 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1257  glutamate racemase  35.63 
 
 		 256 aa  151  8e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  35.69 
 
 		 263 aa  151  8.999999999999999e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  38.64 
 
 		 271 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1411  glutamate racemase  32.77 
 
 		 272 aa  151  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.093968  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2884  glutamate racemase  36.82 
 
 		 272 aa  149  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.297231 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3675  glutamate racemase  33.05 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00345939  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  34.9 
 
 		 295 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3213  glutamate racemase  36.51 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3790  glutamate racemase  32.42 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0490998  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2361  glutamate racemase  33.04 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.566119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  37.1 
 
 		 276 aa  145  6e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  34.29 
 
 		 268 aa  145  6e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2233  glutamate racemase  36.11 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.491949  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0547  glutamate racemase  33.62 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.77942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  38.01 
 
 		 292 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2258  hypothetical protein  37.83 
 
 		 279 aa  142  6e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2229  hypothetical protein  37.39 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  34.8 
 
 		 270 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2045  glutamate racemase  40.27 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.36787  normal  0.0203699 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2221  glutamate racemase  34.65 
 
 		 285 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0275  glutamate racemase  32.76 
 
 		 278 aa  139  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.147503  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1488  glutamate racemase  37.5 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.044045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  33.47 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0479  glutamate racemase  33.05 
 
 		 265 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.553791  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0487  glutamate racemase  31.9 
 
 		 288 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0733  glutamate racemase  33.62 
 
 		 267 aa  139  6e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1848  glutamate racemase  33.47 
 
 		 281 aa  138  7.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000532867  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2114  glutamate racemase  37.27 
 
 		 287 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.951814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2923  glutamate racemase  32.33 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1467  glutamate racemase  34.47 
 
 		 292 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0107271  normal  0.23474 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0541  glutamate racemase  34.62 
 
 		 267 aa  138  1e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000256058  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09920  glutamate racemase  35.06 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.634287  normal  0.13498 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5881  glutamate racemase  34.25 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2196  glutamate racemase  34.25 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.626892  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2517  glutamate racemase  35.8 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1088  glutamate racemase  30.52 
 
 		 266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2235  glutamate racemase  36.82 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.682473  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1073  glutamate racemase  40.33 
 
 		 277 aa  135  4e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1058  glutamate racemase  35.43 
 
 		 268 aa  135  5e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.213351  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5525  glutamate racemase  37.9 
 
 		 286 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0404  glutamate racemase  34.47 
 
 		 280 aa  135  7.000000000000001e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1783  glutamate racemase  34.47 
 
 		 280 aa  135  8e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0260  glutamate racemase  32.33 
 
 		 278 aa  135  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00172375 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0603  glutamate racemase  31.98 
 
 		 281 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1943  glutamate racemase  33.6 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  36.32 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3204  glutamate racemase  30.25 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.685477  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  36.32 
 
 		 290 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1600  glutamate racemase  30.4 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129686  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2354  glutamate racemase  36.36 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0496334  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4379  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.119134  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  28.69 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1522  glutamate racemase  30.28 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.167317  normal  0.205372 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  29.54 
 
 		 269 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000252581  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0860  glutamate racemase  33.17 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000213664  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0848  glutamate racemase  32.17 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0449  glutamate racemase  31.39 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2651  glutamate racemase  34.07 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589508  normal  0.507569 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2867  glutamate racemase  36.36 
 
 		 291 aa  133  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  33.86 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  29.74 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>