207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2227 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2227  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 652 aa  1341    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3359  radical SAM family protein  85.6 
 
 		 653 aa  1136    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39571  normal  0.0330371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2083  radical SAM family protein  84.82 
 
 		 655 aa  1132    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.986681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  23.21 
 
 		 489 aa  71.6  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  27.34 
 
 		 473 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  21.74 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  31.71 
 
 		 618 aa  67  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.27 
 
 		 512 aa  67  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.96 
 
 		 472 aa  66.2  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  28.73 
 
 		 547 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  21.75 
 
 		 471 aa  65.5  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  23.93 
 
 		 472 aa  64.3  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  25.23 
 
 		 598 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  25.25 
 
 		 520 aa  62  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.32 
 
 		 451 aa  62  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  22.3 
 
 		 479 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  26.32 
 
 		 542 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  22.3 
 
 		 479 aa  61.2  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  25.74 
 
 		 495 aa  61.2  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  29.17 
 
 		 523 aa  60.8  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  22.12 
 
 		 441 aa  60.8  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  25.71 
 
 		 472 aa  60.8  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.41 
 
 		 470 aa  60.8  0.00000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  27.67 
 
 		 471 aa  60.5  0.00000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  30.57 
 
 		 547 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  22.12 
 
 		 441 aa  60.1  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  23.64 
 
 		 533 aa  59.7  0.0000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  21.04 
 
 		 425 aa  59.3  0.0000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  26.44 
 
 		 437 aa  59.7  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  29.2 
 
 		 527 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  26.34 
 
 		 543 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  25.65 
 
 		 488 aa  58.9  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  24.71 
 
 		 1250 aa  58.9  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  24.71 
 
 		 452 aa  58.2  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4012  radical SAM domain-containing protein  30.57 
 
 		 547 aa  58.5  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4381  Radical SAM domain protein  30.57 
 
 		 547 aa  58.5  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.401964 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  23.96 
 
 		 518 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  23.26 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  21.61 
 
 		 501 aa  57.8  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.2 
 
 		 488 aa  57.8  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  22.48 
 
 		 500 aa  57.8  0.0000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  23.06 
 
 		 501 aa  57.8  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3993  Radical SAM domain protein  23.14 
 
 		 449 aa  57.4  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  27.54 
 
 		 527 aa  57.4  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  22.25 
 
 		 521 aa  56.6  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  27.05 
 
 		 527 aa  57  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  23.03 
 
 		 512 aa  56.6  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  21.43 
 
 		 494 aa  55.8  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  23.5 
 
 		 675 aa  56.2  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  27.73 
 
 		 528 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  22.44 
 
 		 472 aa  55.8  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  21.43 
 
 		 494 aa  55.8  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.76 
 
 		 459 aa  55.5  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  23.76 
 
 		 472 aa  55.8  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  27.74 
 
 		 527 aa  55.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  23.77 
 
 		 503 aa  55.1  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  22.35 
 
 		 506 aa  55.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  20.74 
 
 		 426 aa  54.7  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  22.51 
 
 		 524 aa  54.7  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.88 
 
 		 612 aa  54.3  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.53 
 
 		 565 aa  54.3  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.8 
 
 		 569 aa  54.3  0.000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  20.43 
 
 		 557 aa  54.3  0.000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  23.64 
 
 		 484 aa  54.3  0.000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 		 474 aa  54.3  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  22.67 
 
 		 498 aa  53.9  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.67 
 
 		 487 aa  54.3  0.000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  24.17 
 
 		 504 aa  53.9  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  22.09 
 
 		 484 aa  53.9  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  22.48 
 
 		 506 aa  53.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  24.82 
 
 		 553 aa  53.5  0.00001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1163  Radical SAM domain protein  23.23 
 
 		 472 aa  53.5  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.53 
 
 		 567 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.08 
 
 		 546 aa  53.5  0.00001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  22.48 
 
 		 506 aa  53.5  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  21.74 
 
 		 608 aa  53.9  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  21.73 
 
 		 503 aa  53.1  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  21.51 
 
 		 546 aa  52.8  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.4 
 
 		 546 aa  52.8  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.5 
 
 		 548 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 474 aa  53.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  23.95 
 
 		 609 aa  52.8  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  25.81 
 
 		 554 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  24.3 
 
 		 503 aa  53.1  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  25.96 
 
 		 608 aa  53.1  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  22.14 
 
 		 494 aa  52.8  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  20.66 
 
 		 428 aa  52  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0548  radical SAM domain-containing protein  24.17 
 
 		 504 aa  52  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1621  Elongator protein 3/MiaB/NifB  24.9 
 
 		 522 aa  52.4  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0718144 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.17 
 
 		 535 aa  52  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  22.76 
 
 		 546 aa  52.4  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  24.25 
 
 		 534 aa  52  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  21.79 
 
 		 475 aa  52.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  21.21 
 
 		 484 aa  52.4  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  22.5 
 
 		 503 aa  52  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  21.59 
 
 		 556 aa  52  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  22.49 
 
 		 441 aa  51.6  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  22.28 
 
 		 520 aa  51.2  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1125  Fe-S oxidoreductase  21.12 
 
 		 555 aa  51.6  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  21.9 
 
 		 476 aa  51.2  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>