198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2083 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3359  radical SAM family protein  91.87 
 
 		 653 aa  1219    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.39571  normal  0.0330371 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2083  radical SAM family protein  100 
 
 		 655 aa  1348    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.986681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2227  Radical SAM domain protein  84.82 
 
 		 652 aa  1154    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.97 
 
 		 512 aa  68.2  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1718  radical SAM family protein  24.41 
 
 		 527 aa  65.5  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.545031  normal  0.172284 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  26.3 
 
 		 473 aa  64.3  0.000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  21.85 
 
 		 489 aa  63.9  0.000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1938  Radical SAM domain protein  25 
 
 		 500 aa  63.5  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  27.44 
 
 		 618 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3842  radical SAM domain-containing protein  27.94 
 
 		 547 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.18892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  25.18 
 
 		 598 aa  62  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  25.58 
 
 		 488 aa  61.2  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_002936  DET1280  radical SAM/B12 binding domain-containing protein  24.12 
 
 		 503 aa  60.8  0.00000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  24.33 
 
 		 437 aa  60.8  0.00000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  21.38 
 
 		 441 aa  60.8  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2971  radical SAM family protein  26.54 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0030  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.64 
 
 		 647 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  21.99 
 
 		 441 aa  60.1  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2322  radical SAM family Fe-S protein  28.57 
 
 		 523 aa  60.1  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.3784  normal  0.0341381 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3127  radical SAM domain-containing protein  22.87 
 
 		 475 aa  60.1  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.543412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  24.27 
 
 		 452 aa  59.3  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1897  Radical SAM domain protein  27.5 
 
 		 542 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.250876  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  25.18 
 
 		 675 aa  59.7  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  21.39 
 
 		 468 aa  59.7  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4269  Radical SAM domain protein  29.85 
 
 		 527 aa  58.9  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2273  radical SAM domain-containing protein  23.89 
 
 		 498 aa  58.5  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  26.58 
 
 		 488 aa  58.5  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2171  radical SAM domain-containing protein  24.08 
 
 		 512 aa  58.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0364  radical SAM domain-containing protein  27.5 
 
 		 543 aa  58.2  0.0000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.15 
 
 		 459 aa  58.2  0.0000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 487 aa  58.2  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3848  hypothetical protein  22.61 
 
 		 532 aa  58.2  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0151131  normal  0.930541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3580  radical SAM family protein  29.01 
 
 		 527 aa  57.8  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.161582  normal  0.666907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1712  radical SAM family protein  25.43 
 
 		 528 aa  57.8  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.5358  normal  0.03933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  21.54 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2689  radical SAM family protein  22.95 
 
 		 527 aa  57.4  0.0000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  24.55 
 
 		 548 aa  57.4  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  23.22 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2276  Fe-S oxidoreductase  22.95 
 
 		 553 aa  56.6  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0810466  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  21.9 
 
 		 479 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  21.9 
 
 		 479 aa  57  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0875  radical SAM family Fe-S protein  24.27 
 
 		 495 aa  56.6  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1063  radical SAM domain protein  22.49 
 
 		 503 aa  56.6  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000246609  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.32 
 
 		 472 aa  56.2  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2407  radical SAM domain-containing protein  25.98 
 
 		 471 aa  56.2  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  21.88 
 
 		 470 aa  56.2  0.000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1091  radical SAM domain-containing protein  22.19 
 
 		 503 aa  55.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0346077  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  24.29 
 
 		 484 aa  55.5  0.000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  21.99 
 
 		 472 aa  55.5  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  25.12 
 
 		 451 aa  55.5  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1535  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.24 
 
 		 651 aa  55.5  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  25.48 
 
 		 474 aa  55.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1927  cobalamin B12-binding domain protein  25 
 
 		 288 aa  55.1  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.2434  normal  0.204325 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0247  radical SAM domain-containing protein  25.75 
 
 		 487 aa  55.1  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.34 
 
 		 547 aa  54.7  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0047  Fe-S oxidoreductase  23.24 
 
 		 647 aa  54.7  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.982872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0033  B12-binding/radical SAM domain-containing protein  23.24 
 
 		 647 aa  54.7  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  21.88 
 
 		 557 aa  54.3  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2606  radical SAM domain-containing protein  25.91 
 
 		 711 aa  54.3  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.990376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2171  Radical SAM domain protein  22.83 
 
 		 509 aa  53.9  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  22.66 
 
 		 518 aa  53.9  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.42 
 
 		 515 aa  53.9  0.000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1424  Radical SAM domain protein  23.67 
 
 		 520 aa  53.9  0.000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.186266 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0027  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.89 
 
 		 651 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  23.11 
 
 		 494 aa  53.5  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2490  radical SAM family protein  23.62 
 
 		 605 aa  53.5  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.497518  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 564 aa  53.5  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.38 
 
 		 546 aa  53.5  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1180  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.89 
 
 		 647 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1460  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.89 
 
 		 651 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0033  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  22.89 
 
 		 647 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  23.11 
 
 		 494 aa  53.9  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 		 472 aa  53.1  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0248  BchE/P-methylase family protein  21.03 
 
 		 428 aa  52.8  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1896  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 554 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.620591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.25 
 
 		 612 aa  52.4  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  23.1 
 
 		 569 aa  53.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  23.41 
 
 		 472 aa  53.1  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  22.89 
 
 		 497 aa  52.8  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  21.33 
 
 		 459 aa  53.1  0.00002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.89 
 
 		 546 aa  52.8  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  23.85 
 
 		 609 aa  52.4  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  22.7 
 
 		 472 aa  52.4  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  25.36 
 
 		 608 aa  52.4  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25 
 
 		 565 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4494  Radical SAM domain protein  27.59 
 
 		 547 aa  52  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.265076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.21 
 
 		 546 aa  52  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.66 
 
 		 535 aa  51.6  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2203  cobalamin B12-binding domain protein  24.74 
 
 		 475 aa  52  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  27.42 
 
 		 564 aa  51.6  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  21.89 
 
 		 450 aa  52  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2939  radical SAM domain-containing protein  27.88 
 
 		 521 aa  51.6  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.379543 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4810  radical SAM family protein  24.76 
 
 		 607 aa  51.6  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2962  hypothetical protein  27.5 
 
 		 528 aa  51.6  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.770652  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0251  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 		 493 aa  50.8  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  21.07 
 
 		 484 aa  50.8  0.00007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2772  Radical SAM domain protein  23.38 
 
 		 598 aa  50.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1701  radical SAM family protein  23.72 
 
 		 469 aa  50.8  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00126936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  21.19 
 
 		 426 aa  50.8  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  22.42 
 
 		 533 aa  50.8  0.00008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>