98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0409 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 		 462 aa  926    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  74.11 
 
 		 480 aa  679    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  75.28 
 
 		 480 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  64.87 
 
 		 486 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  61.57 
 
 		 448 aa  529  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  49.08 
 
 		 466 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  48.5 
 
 		 467 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  48.13 
 
 		 465 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  46.08 
 
 		 491 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  43.45 
 
 		 467 aa  332  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.77 
 
 		 442 aa  256  5e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.79 
 
 		 423 aa  254  3e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.67 
 
 		 441 aa  249  6e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.04 
 
 		 463 aa  196  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.6 
 
 		 472 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.62 
 
 		 461 aa  195  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  33.33 
 
 		 457 aa  194  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.16 
 
 		 469 aa  189  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.25 
 
 		 474 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.13 
 
 		 469 aa  189  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  30.07 
 
 		 437 aa  187  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.7 
 
 		 463 aa  187  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.22 
 
 		 485 aa  183  7e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.33 
 
 		 433 aa  176  9e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.05 
 
 		 468 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  27.19 
 
 		 443 aa  167  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.33 
 
 		 453 aa  161  2e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.33 
 
 		 453 aa  159  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.2 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.87 
 
 		 477 aa  153  7e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.97 
 
 		 465 aa  143  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  27.99 
 
 		 433 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.68 
 
 		 440 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.67 
 
 		 453 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.06 
 
 		 454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.87 
 
 		 446 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.29 
 
 		 453 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.97 
 
 		 457 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.73 
 
 		 179 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.37 
 
 		 176 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  25.86 
 
 		 344 aa  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.6 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.19 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.6 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  26.53 
 
 		 319 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  26.53 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  29.67 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  27.13 
 
 		 318 aa  56.6  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.85 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.85 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.85 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.85 
 
 		 318 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 		 318 aa  53.9  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  21.82 
 
 		 328 aa  53.9  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  27.18 
 
 		 318 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.18 
 
 		 318 aa  53.9  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4160  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.31 
 
 		 312 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.62 
 
 		 306 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  25.96 
 
 		 317 aa  52.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.45 
 
 		 325 aa  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28.08 
 
 		 344 aa  52.4  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.99 
 
 		 333 aa  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  27.04 
 
 		 310 aa  52.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1537  hypothetical protein  28.16 
 
 		 318 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.391308  normal  0.296954 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.61 
 
 		 319 aa  50.4  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  22.73 
 
 		 324 aa  50.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.13 
 
 		 307 aa  49.7  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.84 
 
 		 299 aa  50.1  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2673  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.32 
 
 		 326 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.416834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.58 
 
 		 356 aa  49.7  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  22.18 
 
 		 323 aa  48.9  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.7 
 
 		 319 aa  48.9  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1935  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.55 
 
 		 339 aa  48.5  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.49167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.13 
 
 		 318 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.09 
 
 		 327 aa  47  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.79 
 
 		 333 aa  46.6  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3846  taurine ABC transporter, periplasmic binding protein  27.23 
 
 		 337 aa  46.6  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  22.56 
 
 		 323 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  23.84 
 
 		 310 aa  45.8  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  19.94 
 
 		 323 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4067  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.33 
 
 		 318 aa  45.8  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.548232  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  29.95 
 
 		 342 aa  45.8  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  22.73 
 
 		 324 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.73 
 
 		 324 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.81 
 
 		 329 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0290  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.1 
 
 		 317 aa  45.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0541635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4109  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  31.39 
 
 		 405 aa  44.7  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  22.63 
 
 		 451 aa  44.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6080  taurine ABC transporter, periplasmic binding protein  39.24 
 
 		 343 aa  44.3  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.147715 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  24.75 
 
 		 323 aa  44.3  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.59 
 
 		 375 aa  44.3  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.38 
 
 		 316 aa  44.3  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0105  NMT1/THI5 like domain protein  35.62 
 
 		 314 aa  43.9  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.318497  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.04 
 
 		 333 aa  43.9  0.006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.5 
 
 		 333 aa  43.9  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  21.17 
 
 		 322 aa  43.9  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03760  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonate  33.33 
 
 		 329 aa  43.9  0.007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1147  hypothetical protein  31.86 
 
 		 345 aa  43.1  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.966903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>