130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2525 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 		 486 aa  981    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  73.77 
 
 		 448 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  64.07 
 
 		 480 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  63.5 
 
 		 480 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  63.1 
 
 		 462 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  51.56 
 
 		 467 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  52.66 
 
 		 465 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  51.82 
 
 		 466 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  48.64 
 
 		 467 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  49.05 
 
 		 491 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.32 
 
 		 442 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  37.06 
 
 		 423 aa  270  4e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.47 
 
 		 441 aa  254  3e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  32.04 
 
 		 437 aa  204  2e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.31 
 
 		 461 aa  204  3e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.79 
 
 		 463 aa  202  8e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.64 
 
 		 472 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.51 
 
 		 485 aa  196  6e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.39 
 
 		 469 aa  194  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.62 
 
 		 463 aa  192  8e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.21 
 
 		 469 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.21 
 
 		 474 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.24 
 
 		 468 aa  187  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.17 
 
 		 457 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.16 
 
 		 477 aa  176  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  30.75 
 
 		 433 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.25 
 
 		 471 aa  174  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  31.32 
 
 		 443 aa  173  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.4 
 
 		 453 aa  169  8e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.5 
 
 		 440 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.16 
 
 		 453 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.44 
 
 		 465 aa  167  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  28.15 
 
 		 433 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.47 
 
 		 453 aa  147  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.74 
 
 		 457 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.61 
 
 		 454 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.3 
 
 		 453 aa  103  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.8 
 
 		 446 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.06 
 
 		 179 aa  87  7e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.57 
 
 		 176 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.5 
 
 		 348 aa  71.2  0.00000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  26.59 
 
 		 344 aa  68.9  0.0000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  23.81 
 
 		 328 aa  66.2  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  24.11 
 
 		 451 aa  62  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  26.26 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2365  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.04 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0207  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  30.97 
 
 		 371 aa  59.7  0.0000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.979925 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.18 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2149  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  31.87 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0737588  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.13 
 
 		 349 aa  57.8  0.0000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0640  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.56 
 
 		 356 aa  56.2  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.53 
 
 		 318 aa  56.6  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  28.93 
 
 		 319 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  22.99 
 
 		 322 aa  56.2  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.99 
 
 		 327 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  21.77 
 
 		 324 aa  55.8  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1853  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25 
 
 		 328 aa  54.7  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.45766 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003379  immunogenic protein  21.45 
 
 		 323 aa  54.3  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.13 
 
 		 333 aa  53.9  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  24.55 
 
 		 319 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26 
 
 		 306 aa  53.9  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  19.68 
 
 		 324 aa  53.5  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.22 
 
 		 330 aa  53.5  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.77 
 
 		 317 aa  53.5  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  26.26 
 
 		 318 aa  53.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  20.79 
 
 		 324 aa  53.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  20.79 
 
 		 324 aa  53.1  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  21.17 
 
 		 323 aa  52.8  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.42 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.42 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.42 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.42 
 
 		 318 aa  52.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.21 
 
 		 346 aa  51.6  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  26.34 
 
 		 316 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.73 
 
 		 326 aa  51.2  0.00004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.26 
 
 		 316 aa  51.2  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 		 318 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.35 
 
 		 316 aa  50.4  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  22.79 
 
 		 322 aa  50.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.09 
 
 		 318 aa  50.4  0.00008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  25.09 
 
 		 318 aa  50.4  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.69 
 
 		 459 aa  50.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.24 
 
 		 315 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1256  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.1 
 
 		 344 aa  50.1  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1635  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.91 
 
 		 319 aa  48.9  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.32 
 
 		 299 aa  48.5  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3793  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.86 
 
 		 333 aa  48.5  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.848653  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4417  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.21 
 
 		 348 aa  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0674202 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.78 
 
 		 319 aa  48.5  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3846  taurine ABC transporter, periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 337 aa  48.5  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  23.67 
 
 		 446 aa  47.8  0.0004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  23.29 
 
 		 479 aa  47.8  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  23.29 
 
 		 499 aa  47.4  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.59 
 
 		 329 aa  47.8  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.79 
 
 		 333 aa  47.8  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  23.29 
 
 		 479 aa  47.8  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.35 
 
 		 317 aa  47.4  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  27.14 
 
 		 317 aa  47.4  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  23.29 
 
 		 505 aa  47.4  0.0006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  23.29 
 
 		 499 aa  47.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>