67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3495 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  73.54 
 
 		 466 aa  640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  100 
 
 		 465 aa  922    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  84.91 
 
 		 467 aa  750    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  58.07 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  52.05 
 
 		 486 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  52.51 
 
 		 448 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  49.77 
 
 		 480 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  49.31 
 
 		 480 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  48.13 
 
 		 462 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  52 
 
 		 467 aa  391  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  35.41 
 
 		 442 aa  223  4e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  35.38 
 
 		 423 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  32.33 
 
 		 441 aa  182  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.27 
 
 		 468 aa  171  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.6 
 
 		 463 aa  169  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  29 
 
 		 437 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.73 
 
 		 485 aa  167  5e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.49 
 
 		 461 aa  162  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.71 
 
 		 477 aa  159  9e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  29.35 
 
 		 463 aa  154  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  28.57 
 
 		 433 aa  150  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.64 
 
 		 472 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.29 
 
 		 457 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  25.74 
 
 		 443 aa  147  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.96 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.5 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.31 
 
 		 453 aa  137  4e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  26.27 
 
 		 469 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.05 
 
 		 453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  30.46 
 
 		 440 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.85 
 
 		 471 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  27.47 
 
 		 433 aa  131  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  28.35 
 
 		 465 aa  127  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.02 
 
 		 453 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.53 
 
 		 454 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  27.67 
 
 		 457 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  20.9 
 
 		 446 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.25 
 
 		 453 aa  89.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.58 
 
 		 179 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  41.01 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.55 
 
 		 325 aa  61.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.91 
 
 		 307 aa  57  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.42 
 
 		 316 aa  56.2  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.91 
 
 		 330 aa  55.8  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  21.71 
 
 		 344 aa  54.3  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.57 
 
 		 315 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.88 
 
 		 375 aa  51.6  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6904  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.81 
 
 		 329 aa  50.1  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5695  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.28 
 
 		 308 aa  48.5  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3440  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.46 
 
 		 342 aa  47.8  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.93321  normal  0.103466 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.16 
 
 		 348 aa  47.8  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  24.65 
 
 		 319 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.17 
 
 		 299 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0394  putative immunogenic protein  22.26 
 
 		 326 aa  45.8  0.002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0147572  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.83 
 
 		 317 aa  44.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.1 
 
 		 318 aa  45.1  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4101  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.47 
 
 		 317 aa  44.3  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32075  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0457  response regulator receiver protein  24.83 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4024  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3568  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.83 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0461  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.83 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0433  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3901  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.52 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0456  immunogenic-related protein  24.83 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3828  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.52 
 
 		 318 aa  43.9  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0431  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.85 
 
 		 316 aa  43.9  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.8 
 
 		 320 aa  43.1  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>