83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_4112 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_4112  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
321 aa  637    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  81.31 
 
 
321 aa  495  1e-139  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.86 
 
 
354 aa  85.9  8e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  29.06 
 
 
351 aa  77  0.0000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.04 
 
 
349 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  29.39 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.69 
 
 
356 aa  73.2  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  25.96 
 
 
355 aa  73.2  0.000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  24.58 
 
 
389 aa  72.8  0.000000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  28.18 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  25.65 
 
 
403 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.77 
 
 
357 aa  72.4  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  25.89 
 
 
351 aa  71.6  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.9 
 
 
359 aa  71.6  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.23 
 
 
355 aa  71.2  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  27.93 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  25.57 
 
 
399 aa  68.6  0.0000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.78 
 
 
356 aa  68.6  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  24.3 
 
 
405 aa  68.6  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  27.27 
 
 
397 aa  67.4  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  29.85 
 
 
352 aa  66.6  0.0000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  29.02 
 
 
342 aa  66.2  0.0000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  29.29 
 
 
347 aa  66.2  0.0000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  26.84 
 
 
338 aa  65.5  0.000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  26.83 
 
 
353 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  27.7 
 
 
352 aa  65.5  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.61 
 
 
351 aa  65.5  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  23.69 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  25.1 
 
 
359 aa  63.9  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  26.4 
 
 
341 aa  63.2  0.000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.57 
 
 
352 aa  62.4  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  26.32 
 
 
342 aa  61.2  0.00000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  29.69 
 
 
356 aa  61.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  26.39 
 
 
351 aa  60.8  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.24 
 
 
352 aa  60.5  0.00000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.64 
 
 
360 aa  60.5  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  25.11 
 
 
359 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  30.74 
 
 
348 aa  59.7  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  34.59 
 
 
364 aa  58.9  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  34.59 
 
 
364 aa  58.9  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  25.82 
 
 
334 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  27.86 
 
 
358 aa  57.4  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.08 
 
 
357 aa  57  0.0000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  27.12 
 
 
353 aa  55.5  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  29.27 
 
 
353 aa  55.8  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.69 
 
 
350 aa  53.1  0.000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.01 
 
 
403 aa  52  0.00001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  25 
 
 
360 aa  52.4  0.00001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.44 
 
 
403 aa  50.8  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  27.27 
 
 
451 aa  50.1  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  26.22 
 
 
379 aa  50.1  0.00006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  32.67 
 
 
459 aa  49.7  0.00007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  25.89 
 
 
349 aa  49.3  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  39.58 
 
 
379 aa  48.9  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1022  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.52 
 
 
377 aa  48.5  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0161  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.22 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000741959 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.06 
 
 
364 aa  47.8  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0712  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.78 
 
 
363 aa  47.8  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.29 
 
 
334 aa  46.6  0.0006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  22.75 
 
 
419 aa  46.6  0.0006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0016  Iron-containing alcohol dehydrogenase  35.14 
 
 
396 aa  46.6  0.0006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.537378  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0333  glycerol dehydrogenase  31.36 
 
 
362 aa  46.6  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2285  glycerol dehydrogenase  28.7 
 
 
359 aa  46.2  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.370062  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  30.25 
 
 
360 aa  46.2  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4570  glycerol dehydrogenase  36.67 
 
 
365 aa  45.8  0.0009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1307  3-dehydroquinate synthase  34.34 
 
 
361 aa  45.4  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0261081 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.44 
 
 
366 aa  45.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4031  glycerol dehydrogenase  31.3 
 
 
367 aa  45.4  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  23.89 
 
 
418 aa  45.4  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27210  glycerol dehydrogenase-like oxidoreductase  34.78 
 
 
352 aa  45.1  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0734  glycerol dehydrogenase  32.11 
 
 
365 aa  44.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.7 
 
 
423 aa  45.1  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1626  putative glycerol dehydrogenase  36.19 
 
 
366 aa  44.7  0.002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.234673  normal  0.71595 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4859  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 
360 aa  44.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3601  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.36 
 
 
384 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.875305  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4273  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.78 
 
 
368 aa  43.5  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0641  hypothetical protein  32.74 
 
 
362 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0760  hypothetical protein  32.74 
 
 
362 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0714  hypothetical protein  32.74 
 
 
362 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0655  hypothetical protein  32.74 
 
 
362 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0464  Iron-containing alcohol dehydrogenase  30.47 
 
 
363 aa  43.1  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.392924  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1110  iron-containing alcohol dehydrogenase  28 
 
 
314 aa  43.1  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.906703 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4393  glycerol dehydrogenase  34.34 
 
 
367 aa  42.4  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.652154 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>