78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4002 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  100 
 
 		 423 aa  835    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  45.93 
 
 		 454 aa  285  9e-76  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.99 
 
 		 405 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.65 
 
 		 403 aa  137  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.59 
 
 		 399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.65 
 
 		 403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  29.07 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  30.38 
 
 		 397 aa  130  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  24.09 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  29.23 
 
 		 451 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  29.75 
 
 		 389 aa  124  2e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  23.8 
 
 		 419 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  25.18 
 
 		 418 aa  118  1.9999999999999998e-25  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  32.84 
 
 		 356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.63 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.4 
 
 		 359 aa  100  6e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  34.23 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  28.68 
 
 		 351 aa  99.4  1e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  32.46 
 
 		 459 aa  98.2  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.52 
 
 		 357 aa  97.4  4e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.77 
 
 		 360 aa  97.8  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.65 
 
 		 357 aa  97.1  5e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  37.11 
 
 		 355 aa  96.3  9e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.41 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.85 
 
 		 359 aa  95.5  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.48 
 
 		 354 aa  94.7  3e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  35.94 
 
 		 356 aa  93.2  9e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  35.79 
 
 		 352 aa  92.8  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  36.22 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.1 
 
 		 352 aa  92  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  35 
 
 		 349 aa  92.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  32.84 
 
 		 355 aa  89.7  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  34.92 
 
 		 352 aa  89.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  30.05 
 
 		 353 aa  89.4  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  31.31 
 
 		 338 aa  88.2  3e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  28.28 
 
 		 341 aa  87.4  4e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  29.57 
 
 		 348 aa  86.7  8e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  32 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  32.98 
 
 		 349 aa  85.5  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  28.18 
 
 		 351 aa  83.6  0.000000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  33 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000009  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  32.82 
 
 		 342 aa  82.4  0.00000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  32.64 
 
 		 356 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.82 
 
 		 352 aa  80.1  0.00000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  33 
 
 		 349 aa  79.7  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  32.47 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.5 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  24.54 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  27.49 
 
 		 334 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  28.43 
 
 		 358 aa  75.1  0.000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  31.84 
 
 		 353 aa  73.2  0.000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  30.53 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  28.21 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.96 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  27.09 
 
 		 334 aa  55.8  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  28.14 
 
 		 321 aa  52.4  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  27.78 
 
 		 334 aa  52  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0061  iron-containing alcohol dehydrogenase  21.85 
 
 		 364 aa  50.8  0.00005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3730  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 		 369 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  25.86 
 
 		 552 aa  45.1  0.002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4112  3-dehydroquinate synthase  26.7 
 
 		 321 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3838  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.200623 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3899  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 		 369 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.406608  normal  0.540531 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3796  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0209909  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03831  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4040  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5406  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4432  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4393  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  45.1  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.652154 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4070  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4485  glycerol dehydrogenase  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03780  hypothetical protein  28.38 
 
 		 367 aa  44.7  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 		 364 aa  44.3  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  33.33 
 
 		 364 aa  44.3  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  29.05 
 
 		 382 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  29.71 
 
 		 367 aa  44.3  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  28.48 
 
 		 368 aa  43.9  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>