171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1578 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
348 aa  707    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  56.43 
 
 
349 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  41.76 
 
 
349 aa  244  9.999999999999999e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  37.1 
 
 
353 aa  226  3e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.95 
 
 
351 aa  172  5e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.25 
 
 
356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.13 
 
 
355 aa  159  6e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.43 
 
 
356 aa  153  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.57 
 
 
354 aa  152  7e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  33.07 
 
 
358 aa  152  8.999999999999999e-36  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  29.97 
 
 
342 aa  150  2e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  34.34 
 
 
352 aa  150  3e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.27 
 
 
359 aa  150  4e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.51 
 
 
359 aa  150  4e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.05 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.27 
 
 
357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  35.66 
 
 
351 aa  146  5e-34  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  30.93 
 
 
351 aa  145  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  31.52 
 
 
355 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.24 
 
 
357 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  35.82 
 
 
347 aa  144  2e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  28.48 
 
 
354 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.89 
 
 
360 aa  142  6e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  31.34 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  34.41 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.06 
 
 
359 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  34.86 
 
 
334 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  32.16 
 
 
338 aa  138  2e-31  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  35.86 
 
 
341 aa  138  2e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  34.94 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  37.19 
 
 
353 aa  133  5e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.84 
 
 
352 aa  133  5e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  37.88 
 
 
353 aa  132  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  32.03 
 
 
351 aa  130  3e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.8 
 
 
352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.27 
 
 
350 aa  122  7e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.92 
 
 
360 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.48 
 
 
334 aa  119  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  28.27 
 
 
403 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  39.25 
 
 
356 aa  116  5e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  30.99 
 
 
419 aa  112  7.000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.13 
 
 
399 aa  110  3e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.52 
 
 
403 aa  110  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.66 
 
 
403 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  30.56 
 
 
419 aa  108  1e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  35.12 
 
 
397 aa  107  4e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.28 
 
 
405 aa  102  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  34.81 
 
 
334 aa  102  8e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  33.03 
 
 
334 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.96 
 
 
389 aa  100  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  28.85 
 
 
418 aa  89.4  1e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.85 
 
 
423 aa  84.3  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  29.2 
 
 
454 aa  84.3  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  31.68 
 
 
451 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4570  glycerol dehydrogenase  29.35 
 
 
365 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  30.57 
 
 
459 aa  77.4  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  27.13 
 
 
379 aa  76.3  0.0000000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1714  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.92 
 
 
362 aa  69.7  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.105051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4112  3-dehydroquinate synthase  30.74 
 
 
321 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  26.85 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  26.85 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5662  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.71 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.35 
 
 
366 aa  65.9  0.000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4031  glycerol dehydrogenase  41.18 
 
 
367 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  28.74 
 
 
321 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  35.58 
 
 
379 aa  62.8  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0902  iron-containing alcohol dehydrogenase  32.82 
 
 
373 aa  62.4  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0498  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.58 
 
 
383 aa  61.6  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4443  glycerol dehydrogenase  41.11 
 
 
367 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0136708 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4325  glycerol dehydrogenase  41.11 
 
 
367 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4356  glycerol dehydrogenase  41.11 
 
 
367 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1883  glycerol dehydrogenase  29.08 
 
 
371 aa  61.2  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4440  glycerol dehydrogenase  41.11 
 
 
367 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0011  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.51 
 
 
381 aa  61.6  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.556568  normal  0.0107863 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4190  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.82 
 
 
358 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1690  glycerol dehydrogenase  25 
 
 
367 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.386813  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4514  glycerol dehydrogenase  41.11 
 
 
367 aa  60.5  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000391797 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1296  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.53 
 
 
339 aa  60.1  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.764657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2945  glycerol dehydrogenase  29.47 
 
 
372 aa  59.7  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1007  glycerol dehydrogenase  29.9 
 
 
371 aa  59.3  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0985  glycerol dehydrogenase  29.38 
 
 
371 aa  59.7  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4666  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.92 
 
 
360 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0734  glycerol dehydrogenase  41.51 
 
 
365 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.03 
 
 
364 aa  58.9  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1019  glycerol dehydrogenase  29.38 
 
 
371 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.556711  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0051  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.01 
 
 
361 aa  59.3  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00126649  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1052  iron-containing alcohol dehydrogenase  37.5 
 
 
408 aa  58.5  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0085  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.48 
 
 
373 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.196497 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0088  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.48 
 
 
373 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4273  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.97 
 
 
368 aa  57.4  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0712  iron-containing alcohol dehydrogenase  28.02 
 
 
363 aa  57  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5962  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.23 
 
 
365 aa  56.6  0.0000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.323555 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3356  glycerol dehydrogenase  28.35 
 
 
371 aa  56.6  0.0000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4432  glycerol dehydrogenase  37.23 
 
 
367 aa  56.2  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03780  hypothetical protein  37.23 
 
 
367 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  37.23 
 
 
367 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  28.05 
 
 
360 aa  56.2  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4485  glycerol dehydrogenase  37.23 
 
 
367 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4070  glycerol dehydrogenase  37.23 
 
 
367 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4393  glycerol dehydrogenase  37.23 
 
 
367 aa  56.2  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.652154 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>