59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2701 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 451 aa  927    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  34.83 
 
 		 419 aa  206  9e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  33.63 
 
 		 419 aa  194  2e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  30.63 
 
 		 418 aa  163  5.0000000000000005e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  25.5 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.53 
 
 		 454 aa  123  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  28.45 
 
 		 379 aa  117  3e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  26.89 
 
 		 403 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  26.24 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.66 
 
 		 423 aa  103  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  27.14 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.84 
 
 		 359 aa  102  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  32.16 
 
 		 360 aa  100  6e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  24.04 
 
 		 399 aa  99.4  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  26.74 
 
 		 397 aa  99.4  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  24.22 
 
 		 403 aa  94.4  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  24.51 
 
 		 403 aa  91.7  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.86 
 
 		 349 aa  89.7  8e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.88 
 
 		 359 aa  89.4  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.16 
 
 		 356 aa  89.7  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.34 
 
 		 359 aa  87.8  4e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.5 
 
 		 360 aa  86.3  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.82 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.32 
 
 		 351 aa  82.8  0.00000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  25.88 
 
 		 358 aa  80.9  0.00000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.59 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  27.94 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  26.2 
 
 		 351 aa  76.6  0.0000000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  27.2 
 
 		 342 aa  75.9  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.95 
 
 		 352 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  30.81 
 
 		 348 aa  75.1  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  29.1 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.09 
 
 		 355 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  27.73 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  25.98 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  26.67 
 
 		 353 aa  70.9  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  29.38 
 
 		 356 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  28.71 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  25.56 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.24 
 
 		 350 aa  68.9  0.0000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  26.92 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  29.44 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  25.58 
 
 		 353 aa  68.6  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  31.79 
 
 		 349 aa  67  0.0000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  27.04 
 
 		 353 aa  67  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  23.44 
 
 		 341 aa  65.9  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  25 
 
 		 357 aa  61.2  0.00000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  28.93 
 
 		 351 aa  59.3  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  24.31 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  29.08 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.63 
 
 		 352 aa  55.1  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0734  glycerol dehydrogenase  27.37 
 
 		 365 aa  54.3  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  26.3 
 
 		 355 aa  52.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  26.52 
 
 		 349 aa  51.6  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  21.36 
 
 		 334 aa  51.6  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  24.5 
 
 		 334 aa  47  0.0006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0333  glycerol dehydrogenase  25.09 
 
 		 362 aa  45.4  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  30.61 
 
 		 321 aa  44.3  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0498  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.73 
 
 		 383 aa  43.1  0.01  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>