199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0112 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  100 
 
 
356 aa  727    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.73 
 
 
357 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.84 
 
 
355 aa  158  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  38.31 
 
 
352 aa  155  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.14 
 
 
356 aa  151  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  32.58 
 
 
352 aa  151  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  32.34 
 
 
349 aa  146  5e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  33.1 
 
 
355 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  29.86 
 
 
347 aa  134  3e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  29.34 
 
 
351 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.08 
 
 
351 aa  128  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  31.86 
 
 
351 aa  123  6e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.91 
 
 
352 aa  122  8e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  31.72 
 
 
341 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  27.41 
 
 
354 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  29.12 
 
 
354 aa  119  7e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.61 
 
 
349 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.2 
 
 
360 aa  117  3e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  28.57 
 
 
353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.64 
 
 
350 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  28.86 
 
 
342 aa  114  3e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.02 
 
 
352 aa  113  6e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  31.37 
 
 
353 aa  112  7.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  28.4 
 
 
356 aa  112  9e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  36.47 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.33 
 
 
359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.99 
 
 
357 aa  110  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  32.28 
 
 
342 aa  110  3e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  30.8 
 
 
353 aa  110  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  28.29 
 
 
358 aa  109  7.000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  27.25 
 
 
359 aa  109  8.000000000000001e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  38.64 
 
 
348 aa  105  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  33.85 
 
 
379 aa  103  4e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  29.02 
 
 
342 aa  103  5e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  32.83 
 
 
338 aa  102  9e-21  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  25.3 
 
 
359 aa  102  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  31.51 
 
 
334 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  26.33 
 
 
360 aa  99  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  30.92 
 
 
351 aa  94.4  3e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.05 
 
 
389 aa  89  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  30.67 
 
 
459 aa  86.7  5e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  27.5 
 
 
419 aa  86.7  5e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  28.77 
 
 
419 aa  85.5  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.9 
 
 
334 aa  85.9  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.73 
 
 
399 aa  82.8  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4859  glycerol dehydrogenase  30.36 
 
 
360 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.95 
 
 
403 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  32.86 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  32.63 
 
 
397 aa  79.3  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  29.25 
 
 
405 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  29.88 
 
 
334 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4356  glycerol dehydrogenase  25.14 
 
 
367 aa  77  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0333  glycerol dehydrogenase  28.96 
 
 
362 aa  77.4  0.0000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.27 
 
 
364 aa  77  0.0000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  30.05 
 
 
403 aa  76.3  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.1 
 
 
403 aa  76.3  0.0000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4443  glycerol dehydrogenase  24.51 
 
 
367 aa  76.3  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0136708 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4273  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.63 
 
 
368 aa  76.3  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4325  glycerol dehydrogenase  24.51 
 
 
367 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4440  glycerol dehydrogenase  24.51 
 
 
367 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4031  glycerol dehydrogenase  25.97 
 
 
367 aa  75.9  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  29.55 
 
 
418 aa  75.1  0.000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4514  glycerol dehydrogenase  24.51 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000391797 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.61 
 
 
366 aa  74.3  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.51 
 
 
423 aa  73.9  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2460  glycerol dehydrogenase  32.26 
 
 
364 aa  72.8  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0464  Iron-containing alcohol dehydrogenase  26.87 
 
 
363 aa  72.8  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.392924  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  29.64 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  30.88 
 
 
364 aa  72  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  30.88 
 
 
364 aa  72  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03831  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4040  iron-containing alcohol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4432  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4393  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.652154 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4070  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5406  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03780  hypothetical protein  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4485  glycerol dehydrogenase  35.83 
 
 
367 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  29.38 
 
 
451 aa  71.2  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1794  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.7 
 
 
367 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1296  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.01 
 
 
339 aa  70.5  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.764657  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4570  glycerol dehydrogenase  28.28 
 
 
365 aa  69.7  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.57 
 
 
454 aa  68.9  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0712  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.53 
 
 
363 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1396  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.58 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1840  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.05 
 
 
373 aa  67  0.0000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2109  glycerol dehydrogenase  26.27 
 
 
366 aa  66.2  0.0000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0658599  normal  0.138257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1690  glycerol dehydrogenase  31.16 
 
 
367 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.386813  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0061  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.05 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5662  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
364 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.971556  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0094  glycerol dehydrogenase  36.19 
 
 
376 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0498  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.56 
 
 
383 aa  64.7  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3814  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.4 
 
 
380 aa  64.7  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.594531  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4666  iron-containing alcohol dehydrogenase  33.33 
 
 
360 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0734  glycerol dehydrogenase  31.25 
 
 
365 aa  63.5  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1883  glycerol dehydrogenase  29.47 
 
 
371 aa  63.5  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2801  glycerol dehydrogenase  27.18 
 
 
395 aa  62  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09901  putative glycerol dehydrogenase  27.05 
 
 
417 aa  62  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  36.17 
 
 
379 aa  61.6  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>