201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2533 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  100 
 
 
349 aa  698    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  77.08 
 
 
355 aa  548  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  63.04 
 
 
357 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  62.68 
 
 
352 aa  437  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  62.11 
 
 
352 aa  434  1e-121  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  55.71 
 
 
355 aa  377  1e-103  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  55.91 
 
 
356 aa  370  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  49.28 
 
 
351 aa  327  2.0000000000000001e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  40 
 
 
360 aa  179  4e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  36.3 
 
 
356 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  37.07 
 
 
351 aa  177  2e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  36.62 
 
 
359 aa  176  5e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.81 
 
 
359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  35.06 
 
 
359 aa  169  9e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  36.64 
 
 
351 aa  168  2e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  37.16 
 
 
357 aa  166  4e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  34.75 
 
 
351 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  33.09 
 
 
354 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.57 
 
 
354 aa  160  2e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.21 
 
 
360 aa  161  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  39.18 
 
 
352 aa  160  4e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  38.6 
 
 
347 aa  159  8e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  33.33 
 
 
341 aa  152  1e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  33.14 
 
 
342 aa  150  2e-35  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  32.05 
 
 
356 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  35.41 
 
 
342 aa  150  3e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.33 
 
 
350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  32.42 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  34.31 
 
 
334 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.9 
 
 
352 aa  142  7e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  33.33 
 
 
342 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  34.9 
 
 
353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  35.43 
 
 
349 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  31.02 
 
 
353 aa  132  6e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  34.94 
 
 
348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  36.05 
 
 
349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  30.8 
 
 
353 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.21 
 
 
334 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  33.33 
 
 
334 aa  120  3e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  29.82 
 
 
358 aa  116  5e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  33.06 
 
 
334 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.01 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.79 
 
 
389 aa  107  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  30.84 
 
 
405 aa  106  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  27.72 
 
 
397 aa  97.4  3e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.43 
 
 
403 aa  90.1  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  28.35 
 
 
403 aa  88.6  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33 
 
 
423 aa  87.4  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  27.96 
 
 
419 aa  84  0.000000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  25.44 
 
 
403 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  25.84 
 
 
379 aa  77.4  0.0000000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.91 
 
 
454 aa  76.6  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  27.42 
 
 
321 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4112  3-dehydroquinate synthase  27.93 
 
 
321 aa  73.9  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  26.06 
 
 
419 aa  69.7  0.00000000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  28.11 
 
 
459 aa  69.3  0.00000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2426  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.54 
 
 
385 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0709781  normal  0.330647 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  28.28 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  28.28 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1653  glycerol dehydrogenase  26.86 
 
 
398 aa  66.6  0.0000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218949  normal  0.875823 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3356  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.91 
 
 
378 aa  63.9  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.875561  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11781  putative glycerol dehydrogenase  23.43 
 
 
364 aa  63.9  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  22.51 
 
 
418 aa  62.4  0.00000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0061  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.54 
 
 
364 aa  62.4  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.4 
 
 
364 aa  62.8  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27210  glycerol dehydrogenase-like oxidoreductase  23.14 
 
 
352 aa  62  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0016  Iron-containing alcohol dehydrogenase  25.97 
 
 
396 aa  60.8  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.537378  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2460  glycerol dehydrogenase  28.57 
 
 
364 aa  60.8  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4273  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.42 
 
 
368 aa  60.1  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  26.64 
 
 
366 aa  59.3  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1794  iron-containing alcohol dehydrogenase  25.39 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3796  glycerol dehydrogenase  26.78 
 
 
369 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0209909  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3899  glycerol dehydrogenase  26.78 
 
 
369 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.406608  normal  0.540531 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1022  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.9 
 
 
377 aa  58.2  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11941  putative glycerol dehydrogenase  24.58 
 
 
363 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3838  glycerol dehydrogenase  26.78 
 
 
369 aa  58.5  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.200623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4859  glycerol dehydrogenase  26.14 
 
 
360 aa  57.8  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1573  3-dehydroquinate synthase  25.97 
 
 
361 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1396  iron-containing alcohol dehydrogenase  25 
 
 
367 aa  57  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1441  3-dehydroquinate synthase  25.54 
 
 
361 aa  57  0.0000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0712  iron-containing alcohol dehydrogenase  35.29 
 
 
363 aa  57  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3601  iron-containing alcohol dehydrogenase  25 
 
 
384 aa  57  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.875305  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3730  glycerol dehydrogenase  26.36 
 
 
369 aa  57  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  26.88 
 
 
451 aa  57  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3814  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.69 
 
 
380 aa  56.6  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.594531  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3772  3-dehydroquinate synthase  25.97 
 
 
361 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  30.14 
 
 
379 aa  56.2  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  26.42 
 
 
360 aa  56.2  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1883  glycerol dehydrogenase  28.74 
 
 
371 aa  56.2  0.0000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0661  glycerol dehydrogenase family protein  27.4 
 
 
372 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0783296  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  25.66 
 
 
366 aa  55.8  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2145  3-dehydroquinate synthase  26.5 
 
 
375 aa  55.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000281313  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14931  putative glycerol dehydrogenase  27.4 
 
 
372 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.115918  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09901  putative glycerol dehydrogenase  27.96 
 
 
417 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4040  iron-containing alcohol dehydrogenase  38.2 
 
 
367 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1399  3-dehydroquinate synthase  26.2 
 
 
363 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1399  3-dehydroquinate synthase  26.2 
 
 
361 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1296  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.6 
 
 
339 aa  55.1  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.764657  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4432  glycerol dehydrogenase  38.2 
 
 
367 aa  55.1  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  38.2 
 
 
367 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>