142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_3015 on replicon NC_008741
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008741  Dvul_3015  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  100 
 
 
349 aa  704    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.397676  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1578  3-dehydroquinate synthase  56.43 
 
 
348 aa  383  1e-105  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.186801  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1913  3-dehydroquinate synthase  41.94 
 
 
349 aa  233  3e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00367507  decreased coverage  0.000286832 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2486  3-dehydroquinate synthase  34.27 
 
 
353 aa  216  5.9999999999999996e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00205436  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4488  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.05 
 
 
355 aa  153  5e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0458399 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0723  3-dehydroquinate synthase  32.66 
 
 
352 aa  151  1e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.731489  normal  0.0127257 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2255  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.71 
 
 
351 aa  149  5e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.259775 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1355  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.37 
 
 
352 aa  149  6e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5002  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.33 
 
 
356 aa  144  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1231  3-dehydroquinate synthase  36.39 
 
 
347 aa  143  4e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0263473  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0291  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  34.94 
 
 
356 aa  139  1e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5680  3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 
351 aa  137  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4107  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.32 
 
 
357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1816  3-dehydroquinate synthase  33.74 
 
 
351 aa  134  3e-30  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1729  3-dehydroquinate synthase  32.64 
 
 
354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0599522 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0219  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  32.66 
 
 
354 aa  130  3e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1032  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.75 
 
 
357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3866  3-dehydroquinate synthase  34.15 
 
 
355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.948172 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0566  3-dehydroquinate synthase  29.64 
 
 
338 aa  129  6e-29  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0518  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  34.33 
 
 
341 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0418101  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0948  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.2 
 
 
359 aa  126  6e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0604  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.4 
 
 
352 aa  125  1e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0281363  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3191  3-dehydroquinate synthase  35.8 
 
 
353 aa  124  2e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1827  3-dehydroquinate synthase  28.27 
 
 
342 aa  124  2e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0648145  normal  0.20433 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2535  3-dehydroquinate synthase  33.96 
 
 
353 aa  124  2e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0655  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  33.88 
 
 
350 aa  124  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46328  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1960  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.9 
 
 
359 aa  124  3e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.990143 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0711  3-dehydroquinate synthase  30.47 
 
 
342 aa  122  7e-27  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1689  3-dehydroquinate synthase  31.6 
 
 
342 aa  122  8e-27  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0528349  normal  0.0148653 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0536  3-dehydroquinate synthase  32.4 
 
 
351 aa  122  9.999999999999999e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000000695262  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2533  putative glycerol 1-phosphate dehydrogenase  35.43 
 
 
349 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.528656  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1971  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  28.68 
 
 
358 aa  119  6e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1308  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.97 
 
 
360 aa  117  3e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3139  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  36.6 
 
 
352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.419716 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2045  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  31.42 
 
 
360 aa  116  6e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1225  3-dehydroquinate synthase  33.67 
 
 
334 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.284072  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1136  NAD(P)-dependent glycerol-1-phosphate dehydrogenase  30.17 
 
 
359 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.954733 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0112  glycerol dehydrogenase-like protein  28.31 
 
 
356 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0802  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.98 
 
 
405 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00306069  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0871  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P))  32.04 
 
 
419 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0971202  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0652  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.81 
 
 
403 aa  110  5e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1084  AraM protein  30.1 
 
 
419 aa  108  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0627  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  32.81 
 
 
403 aa  108  1e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1751  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  31.96 
 
 
399 aa  107  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1469  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  34.17 
 
 
334 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.194336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2721  3-dehydroquinate synthase  28.57 
 
 
403 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0787  araM protein  31.28 
 
 
418 aa  97.1  4e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.497052  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0730  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  34.05 
 
 
334 aa  92.8  7e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1239  glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase  34.66 
 
 
334 aa  92  1e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2701  3-dehydroquinate synthase  32.86 
 
 
451 aa  89.7  6e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.260631  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2896  3-dehydroquinate synthase  28.68 
 
 
397 aa  89.4  9e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.46656  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4002  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  35 
 
 
423 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0302  glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.51 
 
 
389 aa  83.6  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.93515  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1503  Glycerol-1-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  33.33 
 
 
454 aa  82.4  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3322  3-dehydroquinate synthase  29.41 
 
 
459 aa  76.3  0.0000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0090517  hitchhiker  0.00984822 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0940  AraM domain-containing protein  26.72 
 
 
379 aa  75.1  0.000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.041205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1386  3-dehydroquinate synthase  30.48 
 
 
321 aa  73.9  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.593428  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4112  3-dehydroquinate synthase  30.04 
 
 
321 aa  70.1  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4570  glycerol dehydrogenase  31.22 
 
 
365 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1690  glycerol dehydrogenase  29.52 
 
 
367 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.386813  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03831  glycerol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4040  iron-containing alcohol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03780  hypothetical protein  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4180  glycerol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4485  glycerol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4070  glycerol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4432  glycerol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5406  glycerol dehydrogenase  41.57 
 
 
367 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4393  glycerol dehydrogenase  40.45 
 
 
367 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.652154 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1653  glycerol dehydrogenase  28.66 
 
 
398 aa  55.5  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218949  normal  0.875823 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39990  glycerol dehydrogenase  29.07 
 
 
379 aa  55.8  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.284351  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4440  glycerol dehydrogenase  30.23 
 
 
367 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.91593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4443  glycerol dehydrogenase  30 
 
 
367 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0136708 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4325  glycerol dehydrogenase  30.23 
 
 
367 aa  55.8  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4356  glycerol dehydrogenase  35.96 
 
 
367 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4514  glycerol dehydrogenase  30.23 
 
 
367 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000391797 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0902  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.58 
 
 
373 aa  53.5  0.000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2706  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.65 
 
 
366 aa  52.8  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1067  iron-containing alcohol dehydrogenase  34.09 
 
 
364 aa  52.8  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000211882  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4031  glycerol dehydrogenase  31.18 
 
 
367 aa  51.6  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.710337 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4666  iron-containing alcohol dehydrogenase  24.92 
 
 
360 aa  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001639  glycerol dehydrogenase  38.64 
 
 
360 aa  51.2  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0498  glycerol dehydrogenase  32 
 
 
364 aa  50.4  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000685434  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0522  glycerol dehydrogenase  32 
 
 
364 aa  50.4  0.00004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.386114  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1052  iron-containing alcohol dehydrogenase  29.27 
 
 
408 aa  50.4  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1883  glycerol dehydrogenase  32.97 
 
 
371 aa  48.9  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.563228 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0712  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.63 
 
 
363 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5962  iron-containing alcohol dehydrogenase  30.82 
 
 
365 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.323555 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0333  glycerol dehydrogenase  31.78 
 
 
362 aa  47.4  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4611  iron-containing alcohol dehydrogenase  31.61 
 
 
353 aa  47.4  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.557195  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4859  glycerol dehydrogenase  30.94 
 
 
360 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0016  Iron-containing alcohol dehydrogenase  33.66 
 
 
396 aa  47.4  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.537378  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0498  iron-containing alcohol dehydrogenase  36.9 
 
 
383 aa  47.4  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3899  glycerol dehydrogenase  34.31 
 
 
369 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.406608  normal  0.540531 
 
 
-
 
NC_002950  PG1514  glycerol dehydrogenase-related protein  22.96 
 
 
329 aa  47  0.0005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000452231 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3796  glycerol dehydrogenase  34.31 
 
 
369 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0209909  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3838  glycerol dehydrogenase  34.31 
 
 
369 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.200623 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3730  glycerol dehydrogenase  34.31 
 
 
369 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3062  alcohol dehydrogenase, iron-containing  25.21 
 
 
392 aa  46.6  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1714  iron-containing alcohol dehydrogenase  27.78 
 
 
362 aa  46.6  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.105051 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>