More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5169 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5169  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 140 aa  281  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165916  normal  0.572784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  68.07 
 
 		 309 aa  166  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2249  transcriptional regulator, LysR family  66.39 
 
 		 309 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 303 aa  155  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4851  transcriptional regulator, LysR family  56.45 
 
 		 298 aa  153  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.204914  normal  0.243062 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4353  transcriptional regulator, LysR family  56.3 
 
 		 304 aa  140  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6426  transcriptional regulator, LysR family  53.78 
 
 		 304 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.742586 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6111  LysR family transcriptional regulator  57.98 
 
 		 310 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.450926  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 306 aa  137  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 340 aa  137  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5874  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 345 aa  137  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 310 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3403  LysR family transcriptional regulator  55.46 
 
 		 304 aa  133  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.641186 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1867  LysR family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 300 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2503  LysR family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 300 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2478  LysR family transcriptional regulator  50.42 
 
 		 300 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0310179  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5810  LysR family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 300 aa  130  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438926 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2527  LysR family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2398  LysR family transcriptional regulator  49.58 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2676  transcriptional regulator, LysR family  54.62 
 
 		 300 aa  124  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2994  LysR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 331 aa  110  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 298 aa  98.6  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 310 aa  97.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0366  LysR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 298 aa  97.1  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4575  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 322 aa  93.2  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.80821 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 307 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0623  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 300 aa  91.7  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0767  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 300 aa  91.7  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 294 aa  90.1  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 292 aa  89.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 305 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 305 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 305 aa  89.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 294 aa  89.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5440  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 295 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 296 aa  89.4  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  39.5 
 
 		 308 aa  89.4  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 323 aa  88.6  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 298 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  88.2  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  88.2  4e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 303 aa  87.8  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3825  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 323 aa  87.8  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4389  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 314 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 		 299 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37910  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 300 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000602426  normal  0.0887271 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  37.39 
 
 		 323 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 303 aa  87  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 305 aa  87  8e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 294 aa  87  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.26 
 
 		 323 aa  87  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0192  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 323 aa  86.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00370457  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  38.26 
 
 		 323 aa  87  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5722  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  86.7  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 308 aa  86.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 294 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 294 aa  86.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 292 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 295 aa  86.3  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4009  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 299 aa  86.7  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 302 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 294 aa  86.3  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4317  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 296 aa  86.3  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.135379  normal  0.740819 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5754  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 296 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558964  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.28 
 
 		 298 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 299 aa  85.9  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 325 aa  85.5  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  42.02 
 
 		 297 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 305 aa  85.5  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 297 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 309 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5323  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 313 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 295 aa  84.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 306 aa  85.1  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 298 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3979  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 309 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20844 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 296 aa  85.1  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 298 aa  84.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0152  transcriptional regulator  36.75 
 
 		 296 aa  85.1  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 296 aa  84.3  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.13 
 
 		 299 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  37.82 
 
 		 302 aa  84.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 307 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3825  hypothetical protein  41.03 
 
 		 311 aa  84.3  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 298 aa  84.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  37.82 
 
 		 302 aa  84.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 307 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3033  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 305 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0273235  normal  0.89504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  39.02 
 
 		 307 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0246  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 307 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0249  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 307 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 307 aa  84  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 292 aa  84  7e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 293 aa  84  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  37.82 
 
 		 302 aa  83.6  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 295 aa  84  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 299 aa  83.6  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7194  transcriptional regulator, LysR family  36.44 
 
 		 312 aa  83.6  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 293 aa  83.6  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>