More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1911 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_1911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.250499  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5854  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.35 
 
 
249 aa  391  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.02 
 
 
254 aa  281  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.8 
 
 
254 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
272 aa  238  5e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 
248 aa  234  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  46.09 
 
 
244 aa  217  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
251 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.12 
 
 
245 aa  196  3e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1781  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.61 
 
 
250 aa  192  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0218692  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4910  dehydrogenase  57.04 
 
 
136 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.271824 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
245 aa  154  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200768  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
263 aa  153  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0900  putative short-chain dehydrogenase/reductase  34.5 
 
 
263 aa  125  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
255 aa  123  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  36.4 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.752171  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1525  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
266 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.191117  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
255 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
252 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
252 aa  118  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.753255  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
246 aa  118  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  34.26 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.87 
 
 
246 aa  116  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
256 aa  116  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
245 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.67 
 
 
251 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7064  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 
265 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.26 
 
 
247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.61 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
273 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
247 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  32.93 
 
 
247 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
246 aa  112  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
237 aa  112  7.000000000000001e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4238  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
268 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.39 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
241 aa  110  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.0340576 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  40.78 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229534  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
267 aa  110  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.537851  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
253 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
273 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1839  glucose 1-dehydrogenase  29.13 
 
 
263 aa  109  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0372378  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
249 aa  109  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  34.25 
 
 
250 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
250 aa  109  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
252 aa  108  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.49109  normal  0.0150297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
255 aa  108  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
254 aa  108  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
267 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
260 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
239 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0180  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
269 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1110  short chain dehydrogenase  34.88 
 
 
265 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0177225  normal  0.229286 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
249 aa  107  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
261 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 
250 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
255 aa  107  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
247 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
239 aa  107  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3595  tropinone reductase  34.68 
 
 
258 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.855153  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.1 
 
 
260 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  27.13 
 
 
253 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  27.13 
 
 
253 aa  106  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
249 aa  106  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
252 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0128368 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
252 aa  106  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  32.53 
 
 
252 aa  106  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
254 aa  106  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 
264 aa  106  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
265 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
248 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
256 aa  106  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
249 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
273 aa  105  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
246 aa  105  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6972  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
251 aa  105  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
254 aa  105  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0597888  normal  0.281853 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
244 aa  105  5e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.29 
 
 
253 aa  105  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
251 aa  105  6e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.84 
 
 
246 aa  105  7e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
257 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2624  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
248 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000523839  unclonable  0.000000000127004 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.55 
 
 
247 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.991587  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
254 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>