More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1781 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1781  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  473  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0218692  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5854  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.07 
 
 
249 aa  247  1e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.01 
 
 
254 aa  247  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.61 
 
 
249 aa  221  8e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.250499  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  48.55 
 
 
244 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
254 aa  209  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.04 
 
 
272 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
251 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.44 
 
 
245 aa  193  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200768  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4910  dehydrogenase  60 
 
 
136 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.271824 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.0340576 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
247 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
261 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
270 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.374056  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
248 aa  119  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  38.25 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
241 aa  118  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  39 
 
 
260 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
246 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.49109  normal  0.0150297 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.85 
 
 
247 aa  116  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.69 
 
 
249 aa  116  3e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.68 
 
 
253 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
246 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  30.68 
 
 
253 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.28 
 
 
248 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000401343  decreased coverage  0.000161546 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1360  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.51 
 
 
243 aa  115  8.999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000468393  normal  0.0479743 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01070  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
238 aa  114  2.0000000000000002e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.256883 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  34.78 
 
 
261 aa  113  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4190  D-mannonate oxidoreductase  29.67 
 
 
270 aa  113  4.0000000000000004e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.203322  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
252 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0128368 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
246 aa  112  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3469  putative short-chain dehydrogenase  39.34 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
255 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
249 aa  112  8.000000000000001e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
252 aa  111  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.02 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.379199  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57050  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.9 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2783  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
245 aa  109  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.335841  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  34.8 
 
 
259 aa  110  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.53 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.41824  normal  0.505447 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.2 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4960  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.12 
 
 
252 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378064  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0269  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.41 
 
 
260 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.722352 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.39 
 
 
246 aa  108  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.39 
 
 
249 aa  108  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2588  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.84 
 
 
248 aa  108  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
252 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.753255  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
269 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0440497  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2568  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
251 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.459864  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
253 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16282  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
252 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0900  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.06 
 
 
263 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
252 aa  108  1e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
251 aa  107  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.76 
 
 
245 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
253 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
249 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
248 aa  107  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.715574  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1768  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  33.33 
 
 
245 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.323162  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40900  putative short-chain dehydrogenase  39.92 
 
 
253 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34 
 
 
249 aa  107  2e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3449  acetoacetyl-CoA reductase  34 
 
 
248 aa  106  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0871838  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.3 
 
 
247 aa  106  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
263 aa  106  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
263 aa  106  4e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00404736  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7115  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
253 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.963222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2407  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
278 aa  106  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
290 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00355451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1525  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
266 aa  105  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.191117  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  105  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
290 aa  105  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0102101 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.8 
 
 
277 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.2 
 
 
248 aa  105  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
249 aa  105  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5756  acetoacetyl-CoA reductase  33.88 
 
 
249 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.788384  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.71 
 
 
246 aa  105  8e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
273 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.39 
 
 
252 aa  105  8e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
255 aa  105  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1310  acetoacetyl-CoA reductase  32.8 
 
 
248 aa  105  9e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.331099  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3684  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.75 
 
 
252 aa  104  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.948347 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
273 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
279 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229534  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4203  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
290 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>