More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5854 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007348  Reut_B5854  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  487  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.35 
 
 
249 aa  387  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.250499  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.57 
 
 
254 aa  281  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
254 aa  249  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.68 
 
 
272 aa  235  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
248 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  44.86 
 
 
244 aa  216  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
251 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1781  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.07 
 
 
250 aa  205  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0218692  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
245 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
263 aa  159  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.721614  normal  0.0286411 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
245 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200768  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4910  dehydrogenase  56.3 
 
 
136 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.271824 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.02 
 
 
255 aa  137  1e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.87 
 
 
246 aa  125  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
246 aa  121  9e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.48 
 
 
247 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
252 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.753255  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
249 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
252 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.52 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
244 aa  118  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
248 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  36.4 
 
 
247 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
249 aa  117  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.47 
 
 
251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
250 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
246 aa  116  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
252 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.49109  normal  0.0150297 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
252 aa  115  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0128368 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.47 
 
 
247 aa  115  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
249 aa  115  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0174  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
255 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
255 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000026464  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0900  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.06 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.752171  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
250 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.52 
 
 
245 aa  113  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
237 aa  113  3e-24  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
257 aa  113  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.65 
 
 
246 aa  113  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1525  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
266 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.191117  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
257 aa  113  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759988  normal  0.0474831 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.66 
 
 
248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 
265 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1877  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.62 
 
 
246 aa  112  5e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.627616  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
262 aa  112  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.6 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
267 aa  111  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.537851  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.04 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2721  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
249 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
255 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.84 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.37 
 
 
257 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.76 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.01 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7533  putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  40.22 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
273 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.412046  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.65 
 
 
246 aa  110  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
253 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
254 aa  109  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19521  normal  0.023029 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
245 aa  110  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40900  putative short-chain dehydrogenase  36.4 
 
 
253 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.84 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.31 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
250 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
261 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0732  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
256 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.1817 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
273 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1794  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.68 
 
 
257 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.73 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  27.94 
 
 
253 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  27.94 
 
 
253 aa  108  9.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
255 aa  107  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
248 aa  107  1e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
254 aa  107  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.69 
 
 
253 aa  107  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
249 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3469  putative short-chain dehydrogenase  35.46 
 
 
252 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
254 aa  107  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
273 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212071  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
273 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
273 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.717411  normal  0.457646 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
273 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2624  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.99 
 
 
248 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000523839  unclonable  0.000000000127004 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.8 
 
 
247 aa  107  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
279 aa  106  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229534  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>