More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3953 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3953  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  100 
 
 		 268 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3992  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  58.24 
 
 		 285 aa  268  5e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3341  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  58.24 
 
 		 285 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3175  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  54.55 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5200  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  58.11 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.105506  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4716  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  55.76 
 
 		 292 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4629  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  57.93 
 
 		 283 aa  255  4e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0882  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  52.79 
 
 		 276 aa  240  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.614952 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3965  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  52.67 
 
 		 308 aa  218  7.999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.89958  normal  0.0374002 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0263  biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase  50.56 
 
 		 291 aa  209  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0227  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  49.22 
 
 		 262 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00038256 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  36.12 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0102  biotin--protein ligase  36.86 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2081  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.11 
 
 		 325 aa  122  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0154  biotin--protein ligase  36.47 
 
 		 323 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00266236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3757  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.43 
 
 		 267 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.450721 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1967  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.1 
 
 		 262 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4226  biotin--protein ligase  39.41 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0490  biotin--protein ligase  39.11 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0887139 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0073  biotin--protein ligase  37.6 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.702906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3740  biotin--protein ligase  35.25 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00032759  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03854  biotin-protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0188201  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4047  biotin--protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0641292  hitchhiker  0.00297103 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4207  biotin--protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000658318  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4512  biotin--protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295045  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4461  biotin--protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000740491  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03807  hypothetical protein  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0156142  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5438  biotin--protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000183056  hitchhiker  0.00134266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4421  biotin--protein ligase  36.92 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000434302  hitchhiker  0.00072275 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4706  biotin--protein ligase  33.21 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.144079  hitchhiker  0.00201782 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0204  biotin--protein ligase  37.64 
 
 		 319 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0132  biotin--protein ligase  32.53 
 
 		 320 aa  112  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000234608  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  34.63 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4017  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.15 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0118949  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4072  biotin--protein ligase  31.98 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4174  biotin--protein ligase  32.39 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000228488  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  31.34 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2082  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.68 
 
 		 329 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3943  biotin--protein ligase  35.8 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.596693  decreased coverage  0.000472258 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  32.26 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4349  biotin--protein ligase  36.59 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000983671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4381  biotin--protein ligase  36.59 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4471  biotin--protein ligase  36.59 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000340796  hitchhiker  0.00000000000240151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4468  biotin--protein ligase  36.59 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  hitchhiker  0.00169649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4546  biotin--protein ligase  36.59 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000449604  hitchhiker  0.00000000138084 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0180  biotin--protein ligase  32.39 
 
 		 319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0210584  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0327  biotin--protein ligase  34.24 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0364706  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0201  biotin--protein ligase  33.33 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.286867  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3871  biotin--protein ligase  34.24 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3396  biotin--protein ligase  34.24 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  32.95 
 
 		 320 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1674  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.2 
 
 		 261 aa  108  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  35.37 
 
 		 312 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  36.44 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3895  biotin--protein ligase  31.34 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.282712  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  34.16 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  31.58 
 
 		 319 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  31.98 
 
 		 319 aa  106  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  31.73 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  34.16 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  34.16 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  31.62 
 
 		 319 aa  105  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0195  biotin--protein ligase  33.46 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  34 
 
 		 317 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3652  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.58 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0948912  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03573  putative BirA bifunctional protein  35.39 
 
 		 328 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184427  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  33.74 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  32.39 
 
 		 321 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  36.14 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002163  biotin-protein ligase/biotin operon repressor  32.58 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  31.87 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  33.07 
 
 		 335 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0219  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.6 
 
 		 322 aa  99.8  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.440436  normal  0.968546 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4292  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.08 
 
 		 317 aa  99.8  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.422429  hitchhiker  0.0000115964 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1781  birA bifunctional protein  34.14 
 
 		 331 aa  99.4  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.15 
 
 		 319 aa  99  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  32.45 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0610  birA bifunctional protein  35.16 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0406  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.96 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.617579  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1044  biotin operon repressor  30.61 
 
 		 323 aa  96.3  5e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0937  bifunctional protein birA  30.61 
 
 		 323 aa  96.3  5e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3998  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.79 
 
 		 328 aa  95.9  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00153965  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0174  biotin--protein ligase  40.85 
 
 		 293 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0167  biotin--protein ligase  37.46 
 
 		 293 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0847  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  27.35 
 
 		 331 aa  92.8  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  32.81 
 
 		 333 aa  92  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1987  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.68 
 
 		 338 aa  91.7  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.417612  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2876  biotin--protein ligase  29.7 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3494  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.88 
 
 		 263 aa  91.3  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0312  biotin--protein ligase  39.57 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0822  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  26.72 
 
 		 333 aa  90.1  4e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2320  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.33 
 
 		 327 aa  89.4  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0571544  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0177  biotin--protein ligase  31.98 
 
 		 319 aa  89.4  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0131379  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1903  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.33 
 
 		 327 aa  89  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.37759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  33.6 
 
 		 321 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2919  biotin--protein ligase  33.46 
 
 		 306 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2816  biotin--protein ligase  32.59 
 
 		 306 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.688853  normal  0.200473 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0460  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.57 
 
 		 331 aa  87.4  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2290  biotin--protein ligase  33.46 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2904  biotin--protein ligase  33.46 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.125895  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>