More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0142 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  100 
 
 
319 aa  656    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  70.44 
 
 
319 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  68.24 
 
 
319 aa  472  1e-132  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  70.44 
 
 
319 aa  474  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  69.18 
 
 
319 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0180  biotin--protein ligase  68.45 
 
 
319 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0210584  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4174  biotin--protein ligase  68.45 
 
 
319 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000228488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  68.14 
 
 
319 aa  464  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4072  biotin--protein ligase  67.19 
 
 
319 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4706  biotin--protein ligase  66.46 
 
 
320 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.144079  hitchhiker  0.00201782 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0177  biotin--protein ligase  70.13 
 
 
319 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0131379  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  67.4 
 
 
320 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  66.25 
 
 
320 aa  434  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  62.15 
 
 
317 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0154  biotin--protein ligase  63.41 
 
 
323 aa  426  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00266236  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0132  biotin--protein ligase  56.15 
 
 
320 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000234608  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  51.46 
 
 
320 aa  326  3e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  47.65 
 
 
321 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002163  biotin-protein ligase/biotin operon repressor  46.11 
 
 
321 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  48.39 
 
 
320 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3943  biotin--protein ligase  47.1 
 
 
320 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.596693  decreased coverage  0.000472258 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3396  biotin--protein ligase  46.43 
 
 
319 aa  298  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3871  biotin--protein ligase  46.43 
 
 
319 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0327  biotin--protein ligase  46.43 
 
 
319 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0364706  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3895  biotin--protein ligase  46.43 
 
 
319 aa  294  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.282712  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4349  biotin--protein ligase  46.77 
 
 
320 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000983671  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4546  biotin--protein ligase  46.77 
 
 
320 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000449604  hitchhiker  0.00000000138084 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4471  biotin--protein ligase  46.77 
 
 
320 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000340796  hitchhiker  0.00000000000240151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4468  biotin--protein ligase  46.77 
 
 
320 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  hitchhiker  0.00169649 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4381  biotin--protein ligase  46.77 
 
 
320 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3998  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  45.82 
 
 
328 aa  293  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00153965  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0201  biotin--protein ligase  46.13 
 
 
319 aa  291  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.286867  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3740  biotin--protein ligase  45.78 
 
 
319 aa  289  4e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00032759  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03854  biotin-protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0188201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4017  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  45.16 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0118949  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5438  biotin--protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000183056  hitchhiker  0.00134266 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4421  biotin--protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000434302  hitchhiker  0.00072275 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4207  biotin--protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000658318  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03807  hypothetical protein  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0156142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4512  biotin--protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295045  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4461  biotin--protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000740491  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4047  biotin--protein ligase  45.48 
 
 
321 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0641292  hitchhiker  0.00297103 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0219  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  46.35 
 
 
322 aa  285  7e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.440436  normal  0.968546 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0195  biotin--protein ligase  44.52 
 
 
319 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2876  biotin--protein ligase  44.06 
 
 
319 aa  281  1e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  41.1 
 
 
333 aa  248  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  39.87 
 
 
319 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03573  putative BirA bifunctional protein  40.5 
 
 
328 aa  236  4e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  42.17 
 
 
312 aa  230  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0610  birA bifunctional protein  39.24 
 
 
319 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  38.29 
 
 
321 aa  228  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  38.92 
 
 
335 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5096  biotin--protein ligase  41.48 
 
 
317 aa  221  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000301513  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  36.94 
 
 
332 aa  220  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
319 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
319 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  40.63 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06050  biotin--protein ligase  39.3 
 
 
330 aa  208  8e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0406  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.94 
 
 
326 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.617579  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4292  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.85 
 
 
317 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.422429  hitchhiker  0.0000115964 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  37.22 
 
 
310 aa  207  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  41.84 
 
 
293 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2081  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.54 
 
 
325 aa  204  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2082  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.68 
 
 
329 aa  202  6e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1044  biotin operon repressor  36.42 
 
 
323 aa  199  5e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0937  bifunctional protein birA  36.42 
 
 
323 aa  199  5e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1781  birA bifunctional protein  35.2 
 
 
331 aa  199  7e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.62 
 
 
319 aa  189  5.999999999999999e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0822  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  33.44 
 
 
333 aa  181  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0505  biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  37.22 
 
 
282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0847  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  33.01 
 
 
331 aa  178  9e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02842  biotin--protein ligase  36.99 
 
 
338 aa  178  9e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0460  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.56 
 
 
331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0233  biotin--protein ligase  34.06 
 
 
322 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1229  biotin--protein ligase  34.53 
 
 
317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1136  biotin--protein ligase  34.2 
 
 
317 aa  160  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0875  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.39 
 
 
325 aa  149  5e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.107744  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0440  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.02 
 
 
336 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.028543  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3720  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.65 
 
 
344 aa  146  5e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.071565  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0168  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.8 
 
 
333 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00153675  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0775  transcriptional repressor of the biotin operon / biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase; RBL03563  31.21 
 
 
325 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000728901  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2817  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.73 
 
 
336 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0159  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.29 
 
 
326 aa  142  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000241219  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1588  biotin--(acetyl-COA-carboxylase) synthetase  32.49 
 
 
326 aa  142  6e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.202289  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1058  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  28.57 
 
 
326 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.101759  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0788  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.37 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0085  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.39 
 
 
323 aa  139  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00153974  normal  0.0550519 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1476  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.65 
 
 
330 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.699124  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1987  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.1 
 
 
338 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.417612  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3752  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  29.87 
 
 
326 aa  135  8e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.39659  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1420  biotin operon repressor  29.87 
 
 
326 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1571  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.42 
 
 
330 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.929422  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4226  biotin--protein ligase  36.08 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1704  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  29.87 
 
 
326 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0104372  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1463  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.87 
 
 
326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2427  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.91 
 
 
321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1317  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.42 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.61009  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1935  birA biofunctional protein, putative  30.31 
 
 
323 aa  133  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.976784  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1419  biotin operon repressor  29.55 
 
 
326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1666  birA bifunctional protein  28.9 
 
 
326 aa  132  5e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>