More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0470 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  100 
 
 
319 aa  635    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  99.69 
 
 
319 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  94.36 
 
 
319 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  91.9 
 
 
321 aa  564  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5096  biotin--protein ligase  73.35 
 
 
317 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000301513  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0610  birA bifunctional protein  66.14 
 
 
319 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  64.58 
 
 
335 aa  426  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  62.31 
 
 
321 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  61.71 
 
 
312 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06050  biotin--protein ligase  62.58 
 
 
330 aa  387  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  61.95 
 
 
293 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4292  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  42.27 
 
 
317 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.422429  hitchhiker  0.0000115964 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0219  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.13 
 
 
322 aa  237  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.440436  normal  0.968546 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
319 aa  233  3e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  43.08 
 
 
320 aa  229  5e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  42.59 
 
 
332 aa  228  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002163  biotin-protein ligase/biotin operon repressor  40.88 
 
 
321 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4072  biotin--protein ligase  40.88 
 
 
319 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  40.51 
 
 
321 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  40.38 
 
 
319 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1781  birA bifunctional protein  42.81 
 
 
331 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4174  biotin--protein ligase  39.56 
 
 
319 aa  225  7e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000228488  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  41.08 
 
 
317 aa  225  8e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  41.9 
 
 
320 aa  224  1e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0180  biotin--protein ligase  39.56 
 
 
319 aa  225  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0210584  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  38.29 
 
 
319 aa  224  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4706  biotin--protein ligase  39.49 
 
 
320 aa  223  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.144079  hitchhiker  0.00201782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3740  biotin--protein ligase  40.88 
 
 
319 aa  222  4.9999999999999996e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00032759  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  39.26 
 
 
333 aa  222  7e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0406  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  43.34 
 
 
326 aa  222  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.617579  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3396  biotin--protein ligase  40.32 
 
 
319 aa  220  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0327  biotin--protein ligase  40.32 
 
 
319 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0364706  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3871  biotin--protein ligase  40.32 
 
 
319 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364778  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  37.85 
 
 
319 aa  217  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  38.17 
 
 
319 aa  218  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  38.73 
 
 
319 aa  216  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0154  biotin--protein ligase  38.1 
 
 
323 aa  215  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00266236  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4421  biotin--protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000434302  hitchhiker  0.00072275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5438  biotin--protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000183056  hitchhiker  0.00134266 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03854  biotin-protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0188201  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4207  biotin--protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000658318  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4461  biotin--protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000740491  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03807  hypothetical protein  41.27 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0156142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4512  biotin--protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295045  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4047  biotin--protein ligase  41.27 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0641292  hitchhiker  0.00297103 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4017  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.95 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0118949  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3895  biotin--protein ligase  39.81 
 
 
319 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.282712  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  35.78 
 
 
320 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0195  biotin--protein ligase  38.99 
 
 
319 aa  210  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0201  biotin--protein ligase  38.99 
 
 
319 aa  209  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.286867  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3943  biotin--protein ligase  39.37 
 
 
320 aa  208  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.596693  decreased coverage  0.000472258 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4468  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  hitchhiker  0.00169649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4546  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000449604  hitchhiker  0.00000000138084 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4471  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000340796  hitchhiker  0.00000000000240151 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4381  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4349  biotin--protein ligase  40.19 
 
 
320 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000983671  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3998  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.42 
 
 
328 aa  205  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00153965  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2876  biotin--protein ligase  37.38 
 
 
319 aa  205  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.62 
 
 
319 aa  204  1e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  39.49 
 
 
320 aa  203  4e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0132  biotin--protein ligase  36.94 
 
 
320 aa  202  7e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000234608  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1044  biotin operon repressor  35.02 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0937  bifunctional protein birA  35.02 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2081  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.69 
 
 
325 aa  196  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0177  biotin--protein ligase  37.54 
 
 
319 aa  195  7e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0131379  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03573  putative BirA bifunctional protein  37.85 
 
 
328 aa  192  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184427  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0847  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  35.71 
 
 
331 aa  190  2e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2082  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.94 
 
 
329 aa  191  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0822  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  35.58 
 
 
333 aa  189  8e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0460  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.37 
 
 
331 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2817  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.9 
 
 
336 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210207  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00660  biotin (acetyl-CoA carboxylase) synthetase  32.27 
 
 
326 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0654  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.13 
 
 
324 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0233  biotin--protein ligase  38.44 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1971  biotin-(acetyl-CoA carboxylase) holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  36.99 
 
 
327 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2119  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.65 
 
 
329 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1463  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.33 
 
 
326 aa  159  8e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0875  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.76 
 
 
325 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.107744  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1704  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32.66 
 
 
326 aa  157  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0104372  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1317  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.74 
 
 
328 aa  156  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.61009  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2431  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.48 
 
 
330 aa  156  4e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.552331  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1593  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  33 
 
 
326 aa  155  7e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.624348  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1261  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.66 
 
 
326 aa  155  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3752  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  33 
 
 
326 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.39659  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1631  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  32.66 
 
 
326 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1447  birA bifunctional protein  32.66 
 
 
326 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.867427  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1560  bifunctional biotin operon repressor/biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] synthetase  32.66 
 
 
326 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1136  biotin--protein ligase  35.71 
 
 
317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1419  biotin operon repressor  32.66 
 
 
326 aa  153  4e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1420  biotin operon repressor  32.66 
 
 
326 aa  153  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1666  birA bifunctional protein  31.99 
 
 
326 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1229  biotin--protein ligase  35.06 
 
 
317 aa  150  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0085  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.5 
 
 
323 aa  150  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00153974  normal  0.0550519 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0134  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.84 
 
 
326 aa  149  6e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00373648  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1935  birA biofunctional protein, putative  34.38 
 
 
323 aa  149  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.976784  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0775  transcriptional repressor of the biotin operon / biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase; RBL03563  32.26 
 
 
325 aa  149  8e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000728901  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2071  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.04 
 
 
326 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1571  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  37.74 
 
 
330 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.929422  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02842  biotin--protein ligase  37.85 
 
 
338 aa  147  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  31.48 
 
 
310 aa  147  3e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>