More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0182 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  100 
 
 
319 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0177  biotin--protein ligase  99.37 
 
 
319 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0131379  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  99.37 
 
 
319 aa  654    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  91.19 
 
 
319 aa  609  1e-173  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  88.4 
 
 
319 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4174  biotin--protein ligase  87.46 
 
 
319 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000228488  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0180  biotin--protein ligase  87.15 
 
 
319 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0210584  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  86.83 
 
 
319 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4072  biotin--protein ligase  85.58 
 
 
319 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  70.44 
 
 
319 aa  474  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4706  biotin--protein ligase  64.04 
 
 
320 aa  455  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.144079  hitchhiker  0.00201782 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  66.77 
 
 
317 aa  450  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  66.25 
 
 
320 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0154  biotin--protein ligase  64.04 
 
 
323 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00266236  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0132  biotin--protein ligase  60.88 
 
 
320 aa  427  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000234608  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  64.35 
 
 
320 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  48.4 
 
 
320 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  47.44 
 
 
321 aa  298  9e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  45.31 
 
 
320 aa  296  5e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03854  biotin-protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0188201  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4512  biotin--protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295045  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4207  biotin--protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000658318  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4461  biotin--protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000740491  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4047  biotin--protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0641292  hitchhiker  0.00297103 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03807  hypothetical protein  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0156142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4421  biotin--protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000434302  hitchhiker  0.00072275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5438  biotin--protein ligase  44.65 
 
 
321 aa  292  5e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000183056  hitchhiker  0.00134266 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4017  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  44.34 
 
 
321 aa  291  7e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0118949  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3396  biotin--protein ligase  44.48 
 
 
319 aa  289  5.0000000000000004e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0327  biotin--protein ligase  44.48 
 
 
319 aa  289  5.0000000000000004e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0364706  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3871  biotin--protein ligase  44.48 
 
 
319 aa  289  5.0000000000000004e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364778  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002163  biotin-protein ligase/biotin operon repressor  44.51 
 
 
321 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4381  biotin--protein ligase  44.81 
 
 
320 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4349  biotin--protein ligase  44.81 
 
 
320 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000983671  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4471  biotin--protein ligase  44.81 
 
 
320 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000340796  hitchhiker  0.00000000000240151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4468  biotin--protein ligase  44.81 
 
 
320 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  hitchhiker  0.00169649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4546  biotin--protein ligase  44.81 
 
 
320 aa  285  5e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000449604  hitchhiker  0.00000000138084 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3943  biotin--protein ligase  43.71 
 
 
320 aa  284  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.596693  decreased coverage  0.000472258 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3895  biotin--protein ligase  42.72 
 
 
319 aa  276  4e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.282712  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3740  biotin--protein ligase  43.87 
 
 
319 aa  275  6e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00032759  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2876  biotin--protein ligase  43.77 
 
 
319 aa  274  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3998  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  45.96 
 
 
328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00153965  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0219  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  44.01 
 
 
322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.440436  normal  0.968546 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0201  biotin--protein ligase  41.75 
 
 
319 aa  266  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.286867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0195  biotin--protein ligase  41.1 
 
 
319 aa  263  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  41.23 
 
 
333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03573  putative BirA bifunctional protein  42.63 
 
 
328 aa  250  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184427  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0467  biotin--protein ligase  38.36 
 
 
319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.800228  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08620  biotin--protein ligase  40 
 
 
312 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000664696 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4292  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  40.26 
 
 
317 aa  215  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.422429  hitchhiker  0.0000115964 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4564  biotin--protein ligase  38.73 
 
 
335 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0610  birA bifunctional protein  38.87 
 
 
319 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3926  biotin--protein ligase  36.08 
 
 
321 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.541608  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4766  biotin--protein ligase  38.36 
 
 
321 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0199355  normal  0.789599 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  35.54 
 
 
332 aa  203  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0470  biotin--protein ligase  37.85 
 
 
319 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0969933  normal  0.0169671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0437  biotin--protein ligase  37.85 
 
 
319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193351  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0816  biotin--protein ligase  40.74 
 
 
293 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5096  biotin--protein ligase  38.22 
 
 
317 aa  196  6e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000301513  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0406  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.09 
 
 
326 aa  194  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.617579  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06050  biotin--protein ligase  37.78 
 
 
330 aa  189  4e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1781  birA bifunctional protein  33.96 
 
 
331 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2082  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.11 
 
 
329 aa  187  3e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2081  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.56 
 
 
325 aa  187  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0937  bifunctional protein birA  34.81 
 
 
323 aa  186  5e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1044  biotin operon repressor  34.81 
 
 
323 aa  186  5e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  34.08 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0847  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  33.77 
 
 
331 aa  178  9e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0822  biotin-[acetylCoA carboxylase] holoenzyme synthetase and biotin operon repressor  33.55 
 
 
333 aa  176  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.77 
 
 
319 aa  177  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1229  biotin--protein ligase  34.8 
 
 
317 aa  168  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1136  biotin--protein ligase  34.48 
 
 
317 aa  166  4e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0505  biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  33.46 
 
 
282 aa  165  1.0000000000000001e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0775  transcriptional repressor of the biotin operon / biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase; RBL03563  33.64 
 
 
325 aa  159  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000728901  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0460  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.97 
 
 
331 aa  157  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2817  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.44 
 
 
336 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000210207  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02842  biotin--protein ligase  34.27 
 
 
338 aa  153  4e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4226  biotin--protein ligase  37.74 
 
 
305 aa  149  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0233  biotin--protein ligase  32.6 
 
 
322 aa  149  7e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1987  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.71 
 
 
338 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.417612  normal  0.841631 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1476  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.19 
 
 
330 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.699124  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0875  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.42 
 
 
325 aa  145  9e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.107744  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1935  birA biofunctional protein, putative  34.17 
 
 
323 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.976784  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1571  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.87 
 
 
330 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.929422  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2388  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.44 
 
 
330 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0131534  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1704  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  31 
 
 
326 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0104372  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0490  biotin--protein ligase  36.36 
 
 
297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0887139 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0085  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  30.79 
 
 
323 aa  139  7e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00153974  normal  0.0550519 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1479  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.17 
 
 
329 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0876973  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1463  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31 
 
 
326 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0440  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.12 
 
 
336 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.028543  normal  0.823385 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1317  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.08 
 
 
328 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.61009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1419  biotin operon repressor  30.33 
 
 
326 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0077  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.17 
 
 
327 aa  137  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1666  birA bifunctional protein  29.67 
 
 
326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1447  birA bifunctional protein  30.33 
 
 
326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.867427  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1631  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  30.33 
 
 
326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1560  bifunctional biotin operon repressor/biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] synthetase  30.33 
 
 
326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0788  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.35 
 
 
318 aa  136  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1593  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  30.33 
 
 
326 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.624348  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>