More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0227 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0227  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  100 
 
 
262 aa  511  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00038256 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0882  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  53.6 
 
 
276 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.614952 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0263  biotin acetyl-CoA-carboxylase synthetase  57.09 
 
 
291 aa  240  2e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4629  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  53.82 
 
 
283 aa  238  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4716  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  51.79 
 
 
292 aa  232  4.0000000000000004e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.492677  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3992  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  50.35 
 
 
285 aa  226  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.182521 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3341  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  50.35 
 
 
285 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3175  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  46.94 
 
 
303 aa  218  7.999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.684146  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3965  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  49.43 
 
 
308 aa  209  3e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.89958  normal  0.0374002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5200  biotin/acetyl-CoA-carboxylase ligase  48.2 
 
 
275 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.105506  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3953  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  49.22 
 
 
268 aa  187  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3943  biotin--protein ligase  39.84 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.596693  decreased coverage  0.000472258 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0073  biotin--protein ligase  42.25 
 
 
285 aa  126  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.702906 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4421  biotin--protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000434302  hitchhiker  0.00072275 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5438  biotin--protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000183056  hitchhiker  0.00134266 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03854  biotin-protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0188201  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4461  biotin--protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  125  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000740491  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4207  biotin--protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  125  5e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000658318  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4047  biotin--protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  125  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0641292  hitchhiker  0.00297103 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4512  biotin--protein ligase  39.69 
 
 
321 aa  125  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000295045  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03807  hypothetical protein  39.69 
 
 
321 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0156142  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4017  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  39.3 
 
 
321 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0118949  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4468  biotin--protein ligase  38.25 
 
 
320 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0221784  hitchhiker  0.00169649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4546  biotin--protein ligase  38.25 
 
 
320 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000449604  hitchhiker  0.00000000138084 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4381  biotin--protein ligase  38.25 
 
 
320 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000320704  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4471  biotin--protein ligase  38.25 
 
 
320 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000340796  hitchhiker  0.00000000000240151 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4349  biotin--protein ligase  38.25 
 
 
320 aa  125  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000983671  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4226  biotin--protein ligase  38.77 
 
 
305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0180  biotin--protein ligase  38.31 
 
 
319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0210584  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0327  biotin--protein ligase  35.9 
 
 
319 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0364706  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0102  biotin--protein ligase  38.95 
 
 
305 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0490  biotin--protein ligase  39.86 
 
 
297 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0887139 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3871  biotin--protein ligase  35.9 
 
 
319 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3396  biotin--protein ligase  35.9 
 
 
319 aa  120  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3775  biotin--protein ligase  37.75 
 
 
319 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00231404  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4174  biotin--protein ligase  37.9 
 
 
319 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000228488  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0268  biotin--protein ligase  38.89 
 
 
320 aa  119  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0393829  hitchhiker  0.0050705 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2081  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.56 
 
 
325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0184  biotin--protein ligase  37.5 
 
 
319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570128  hitchhiker  0.00065537 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0214  biotin--protein ligase  37.45 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4072  biotin--protein ligase  37.14 
 
 
319 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.228403 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3740  biotin--protein ligase  36.95 
 
 
319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00032759  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0195  biotin--protein ligase  37.55 
 
 
319 aa  115  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000104624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0197  biotin--protein ligase  38.66 
 
 
317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00143406  hitchhiker  0.000849017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0182  biotin--protein ligase  36.95 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000279859  normal  0.096767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0183  biotin--protein ligase  36.95 
 
 
319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00618712  normal  0.258521 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3895  biotin--protein ligase  34.25 
 
 
319 aa  112  6e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.282712  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1781  birA bifunctional protein  38.87 
 
 
331 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3757  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  38.74 
 
 
267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.450721 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0201  biotin--protein ligase  37.16 
 
 
319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.286867  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0204  biotin--protein ligase  38.29 
 
 
319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4334  biotin--protein ligase  32.92 
 
 
320 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.152634  hitchhiker  0.00000000217796 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0142  biotin--protein ligase  34.57 
 
 
319 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.330287  normal  0.0344662 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0312  biotin--protein ligase  40.59 
 
 
296 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0167  biotin--protein ligase  37.99 
 
 
293 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0500  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  31.8 
 
 
329 aa  106  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0168  biotin--protein ligase  33.33 
 
 
320 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00063361  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0174  biotin--protein ligase  38.83 
 
 
293 aa  106  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4292  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.27 
 
 
317 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.422429  hitchhiker  0.0000115964 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1136  biotin--protein ligase  39.17 
 
 
317 aa  105  7e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0168  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.81 
 
 
333 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00153675  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1967  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.52 
 
 
262 aa  104  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1229  biotin--protein ligase  38.75 
 
 
317 aa  104  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25430  birA, biotin-(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  37.78 
 
 
282 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.180915  normal  0.633613 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2919  biotin--protein ligase  37.23 
 
 
306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2290  biotin--protein ligase  37.23 
 
 
306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2904  biotin--protein ligase  37.23 
 
 
306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.125895  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2816  biotin--protein ligase  37.36 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.688853  normal  0.200473 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3659  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.73 
 
 
272 aa  102  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.834466  normal  0.597722 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2119  bifunctional BirA, biotin operon repressor/biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  29.39 
 
 
329 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4051  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  36.29 
 
 
272 aa  102  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.141913  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0233  biotin--protein ligase  40.16 
 
 
322 aa  101  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6247  biotin--protein ligase  37.59 
 
 
306 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.791629 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0419  biotin--protein ligase  31.73 
 
 
310 aa  101  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4706  biotin--protein ligase  32.66 
 
 
320 aa  100  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.144079  hitchhiker  0.00201782 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0086  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.2 
 
 
332 aa  100  3e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.296315  normal  0.688317 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3998  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  35.18 
 
 
328 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00153965  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1463  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  28.41 
 
 
326 aa  99.8  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00240  biotin--protein ligase  35.69 
 
 
321 aa  99.8  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0177  biotin--protein ligase  36.55 
 
 
319 aa  99  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0131379  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0406  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  34.51 
 
 
326 aa  98.6  8e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.617579  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1674  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  33.72 
 
 
261 aa  98.2  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4745  biotin--protein ligase  33.33 
 
 
333 aa  98.2  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.167382  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1447  birA bifunctional protein  28.03 
 
 
326 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.867427  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1704  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  28.03 
 
 
326 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0104372  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1560  bifunctional biotin operon repressor/biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] synthetase  28.03 
 
 
326 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1631  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  28.03 
 
 
326 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.104533 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0154  biotin--protein ligase  34.57 
 
 
323 aa  97.8  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00266236  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2953  biotin--protein ligase  37 
 
 
306 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1666  birA bifunctional protein  27.65 
 
 
326 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1419  biotin operon repressor  28.03 
 
 
326 aa  97.4  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002163  biotin-protein ligase/biotin operon repressor  34.51 
 
 
321 aa  97.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000294838  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1593  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  28.03 
 
 
326 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.624348  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03573  putative BirA bifunctional protein  35.48 
 
 
328 aa  96.7  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.184427  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0915  biotin--(acetyl-CoA-carboxylase) ligase  35.97 
 
 
332 aa  96.3  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.277179  decreased coverage  0.000000181101 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3752  biotin operon repressor/biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase  28.03 
 
 
326 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.39659  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2717  biotin--protein ligase  34.14 
 
 
320 aa  95.9  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000120108  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3351  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.71 
 
 
272 aa  95.5  7e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.417142  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0702  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase  32.53 
 
 
319 aa  95.5  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0362526  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_753  biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase/ BirA family transcriptional regulator  31.64 
 
 
262 aa  95.5  8e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>