More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2620 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2620  transport system permease protein  100 
 
 		 358 aa  663    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1541  transport system permease protein  66.36 
 
 		 344 aa  342  4e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0230541  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2551  transport system permease protein  66.01 
 
 		 336 aa  339  5.9999999999999996e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.484482  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2781  transport system permease protein  70.91 
 
 		 344 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2363  transport system permease protein  69.21 
 
 		 339 aa  335  7e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1016  transport system permease protein  63.46 
 
 		 360 aa  317  3e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1100  transport system permease protein  63.46 
 
 		 360 aa  317  3e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4775  transport system permease protein  65.45 
 
 		 307 aa  285  7e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.486943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2793  transport system permease protein  64.97 
 
 		 327 aa  248  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2663  transport system permease protein  59.69 
 
 		 335 aa  248  9e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0513  iron ABC transporter, permease protein  54.76 
 
 		 353 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.132048  normal  0.109169 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2306  Iron(III) dicitrate-binding protein  55.01 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409919  normal  0.914913 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3078  transport system permease protein  47.7 
 
 		 347 aa  186  4e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0306769  normal  0.447072 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0230  transport system permease protein  46.53 
 
 		 352 aa  172  9e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  34.33 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.58 
 
 		 370 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  36.69 
 
 		 371 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  37.34 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  37.75 
 
 		 452 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  33.55 
 
 		 328 aa  160  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  38.64 
 
 		 357 aa  159  8e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  30.51 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  36.39 
 
 		 334 aa  156  4e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  33.88 
 
 		 369 aa  156  6e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  39.06 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  38.39 
 
 		 356 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 		 380 aa  154  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  37.2 
 
 		 375 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24450  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  31.64 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  35.81 
 
 		 362 aa  153  5e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  39.74 
 
 		 350 aa  151  1e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  35.26 
 
 		 352 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  34.23 
 
 		 363 aa  150  2e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3203  putative transmembrane ABC transporter protein,permease  37.18 
 
 		 354 aa  151  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  34.21 
 
 		 361 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  36.87 
 
 		 385 aa  150  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4112  iron compound ABC transporter, permease  34.74 
 
 		 345 aa  149  5e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  38.76 
 
 		 337 aa  150  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  38.85 
 
 		 347 aa  150  5e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  36.87 
 
 		 364 aa  149  5e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  34.33 
 
 		 336 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  36.89 
 
 		 330 aa  149  7e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  36.13 
 
 		 363 aa  149  8e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  40.53 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4501  iron compound ABC transporter, permease protein  34.74 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  36.87 
 
 		 364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  37.46 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  35.37 
 
 		 351 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  33.05 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  37.14 
 
 		 347 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  30.25 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  36.08 
 
 		 376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  36.89 
 
 		 318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  38.04 
 
 		 382 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4407  transport system permease protein  36.16 
 
 		 376 aa  147  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.257397  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  36.09 
 
 		 346 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4264  iron compound ABC transporter permease  34.74 
 
 		 345 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4101  iron compound ABC transporter, permease  34.74 
 
 		 345 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  32.91 
 
 		 343 aa  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  37.73 
 
 		 382 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4449  iron compound ABC transporter, permease protein  34.74 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  37.74 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  37.74 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  37.86 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  39.09 
 
 		 327 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4596  iron compound ABC transporter permease protein  34.74 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4448  iron compound ABC transporter, permease protein  34.74 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2166  transport system permease protein  39.14 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.514643  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  38.59 
 
 		 370 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  37.74 
 
 		 334 aa  146  5e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  37.02 
 
 		 350 aa  146  5e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  33.97 
 
 		 368 aa  146  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4215  transport system permease protein  34.09 
 
 		 342 aa  146  6e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  36.36 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4487  iron compound ABC transporter, permease protein  35.06 
 
 		 342 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  36.29 
 
 		 381 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  34.6 
 
 		 353 aa  145  9e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  39 
 
 		 367 aa  145  9e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  35.06 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  35.06 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0162  transport system permease protein  34.39 
 
 		 359 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3251  transport system permease protein  36.31 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000970776  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  31.7 
 
 		 356 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  36.16 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  37.46 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0749  iron compound ABC transporter, permease protein  34.74 
 
 		 342 aa  145  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1094  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  30.92 
 
 		 373 aa  143  4e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0044816  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  35.19 
 
 		 348 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  33.12 
 
 		 336 aa  143  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  33.33 
 
 		 359 aa  142  6e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0845  transport system permease protein  31.44 
 
 		 322 aa  142  8e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  35.48 
 
 		 375 aa  142  8e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  32.84 
 
 		 315 aa  142  9e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  38.06 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  35.64 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  32.91 
 
 		 350 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0275  transport system permease protein  37.34 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395106  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  33.89 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  37.7 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  30.97 
 
 		 354 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>