More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0875 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  100 
 
 		 368 aa  719    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  70.11 
 
 		 380 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  69.41 
 
 		 364 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  69.12 
 
 		 385 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  69.41 
 
 		 364 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  69.17 
 
 		 375 aa  464  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  71.59 
 
 		 382 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  71.31 
 
 		 382 aa  450  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  70.34 
 
 		 381 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  66.57 
 
 		 376 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  62.13 
 
 		 345 aa  421  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  63.01 
 
 		 351 aa  419  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  59.78 
 
 		 347 aa  387  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  63.51 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  56.79 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  46.57 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  42.94 
 
 		 328 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  41.67 
 
 		 340 aa  242  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  43.57 
 
 		 340 aa  235  9e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  40.77 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  38.38 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  38.38 
 
 		 346 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  41.85 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  39.41 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  43.55 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  44.87 
 
 		 343 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  42.57 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  37.83 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  39.62 
 
 		 347 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  38.02 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  39.07 
 
 		 341 aa  198  2.0000000000000003e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  37.98 
 
 		 381 aa  195  1e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  38.5 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  36.31 
 
 		 335 aa  192  5e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  39.07 
 
 		 327 aa  192  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  33.24 
 
 		 362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  38.53 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  37.36 
 
 		 353 aa  189  9e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  42.22 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  33.7 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  39.89 
 
 		 336 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  33.15 
 
 		 331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  37.5 
 
 		 352 aa  183  4.0000000000000006e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  36.63 
 
 		 340 aa  182  6e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  36.24 
 
 		 348 aa  182  8.000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0546  transport system permease protein  38.72 
 
 		 334 aa  182  9.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.26 
 
 		 330 aa  182  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  36.07 
 
 		 346 aa  181  1e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  37.24 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  39.87 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  34.08 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  36.75 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  33.69 
 
 		 346 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  38.98 
 
 		 350 aa  180  4e-44  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  35.57 
 
 		 350 aa  179  4.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  35.49 
 
 		 348 aa  179  7e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  34.42 
 
 		 343 aa  179  9e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  37.14 
 
 		 367 aa  179  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.33 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  33.97 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  36.31 
 
 		 359 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  35.53 
 
 		 369 aa  177  3e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  34.79 
 
 		 371 aa  177  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  36.96 
 
 		 357 aa  177  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  37.84 
 
 		 375 aa  176  5e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3883  transport system permease protein  40.92 
 
 		 353 aa  176  7e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.807545  normal  0.268982 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  33.72 
 
 		 360 aa  176  7e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  41.16 
 
 		 340 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  37.09 
 
 		 348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  36.54 
 
 		 315 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  36.1 
 
 		 363 aa  173  5e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  38.82 
 
 		 363 aa  173  5e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  35.49 
 
 		 312 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3323  transport system permease protein  40.31 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  37.74 
 
 		 347 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  35.63 
 
 		 360 aa  172  5.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0650  hemin transport system permease protein HmuU  33.24 
 
 		 327 aa  172  6.999999999999999e-42  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150325  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  31.56 
 
 		 337 aa  172  1e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  37.23 
 
 		 361 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  36.39 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  34.97 
 
 		 356 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0447  transport system permease protein  33.51 
 
 		 340 aa  171  3e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.279756  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  38.36 
 
 		 338 aa  169  5e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  32.25 
 
 		 356 aa  169  6e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0456  hemin ABC transporter, permease protein  35.85 
 
 		 366 aa  169  7e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.288239  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  39.53 
 
 		 371 aa  169  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  39.2 
 
 		 366 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  36.45 
 
 		 346 aa  169  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  33.15 
 
 		 359 aa  169  9e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  34.35 
 
 		 349 aa  169  9e-41  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  37.79 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  37.79 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  39.2 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  33.12 
 
 		 315 aa  168  2e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  39.2 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  39.2 
 
 		 352 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  39.2 
 
 		 371 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  39.2 
 
 		 352 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  39.54 
 
 		 356 aa  168  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0039  transport system permease protein  30.67 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00235157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>