More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0173 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  100 
 
 		 336 aa  643    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  96.73 
 
 		 337 aa  607  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  65.59 
 
 		 332 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0546  transport system permease protein  64.74 
 
 		 334 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  54.06 
 
 		 328 aa  286  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  43.71 
 
 		 336 aa  255  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3323  transport system permease protein  53.21 
 
 		 343 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  46.33 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  44.02 
 
 		 346 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  49.29 
 
 		 343 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  41.96 
 
 		 352 aa  228  9e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  48.32 
 
 		 346 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  48.01 
 
 		 352 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  47.52 
 
 		 346 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  48.01 
 
 		 352 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  47.52 
 
 		 346 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  48.01 
 
 		 371 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  44.12 
 
 		 345 aa  225  6e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  48.01 
 
 		 371 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  48.01 
 
 		 371 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  48.01 
 
 		 371 aa  225  7e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  48.01 
 
 		 371 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  48.38 
 
 		 366 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  39.88 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  48.57 
 
 		 343 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  47.29 
 
 		 346 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  44.22 
 
 		 347 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  41.03 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  43.26 
 
 		 336 aa  216  4e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  42.77 
 
 		 376 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  41.23 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  41.84 
 
 		 341 aa  206  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  44.33 
 
 		 347 aa  202  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  41.14 
 
 		 380 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  39.89 
 
 		 368 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  40.24 
 
 		 375 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  41.42 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  41.42 
 
 		 364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  41.42 
 
 		 385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  43.84 
 
 		 351 aa  197  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  41.42 
 
 		 347 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  41.88 
 
 		 382 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  41.23 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  42.64 
 
 		 349 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  40.18 
 
 		 367 aa  193  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  41.27 
 
 		 382 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  39.32 
 
 		 381 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  40.25 
 
 		 327 aa  190  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  38.81 
 
 		 328 aa  189  8e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3095  transport system permease protein  42.07 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838837  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  39.61 
 
 		 361 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5389  transport system permease protein  39.18 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0238432  normal  0.284357 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  42.86 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5101  transport system permease protein  38.56 
 
 		 346 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00326561  normal  0.03131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  41.92 
 
 		 340 aa  184  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  40.85 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  36.18 
 
 		 340 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3915  transport system permease protein  40.6 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2321  transport system permease protein  39.76 
 
 		 346 aa  182  7e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  39.2 
 
 		 348 aa  180  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  33.94 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3206  transport system permease protein  38.6 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4080  transport system permease protein  41.39 
 
 		 347 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  41.58 
 
 		 338 aa  179  4.999999999999999e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.48 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  40.14 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4371  transport system permease protein  41.78 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2600  transport system permease protein  39.81 
 
 		 346 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  37.27 
 
 		 370 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2274  transport system permease protein  39.62 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.687817  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3726  transport system permease protein  39.69 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  34.81 
 
 		 350 aa  169  5e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  38.33 
 
 		 381 aa  169  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  34.67 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1928  transport system permease protein  40.32 
 
 		 335 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0755913 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  34.49 
 
 		 362 aa  169  8e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3566  transport system permease protein  39.79 
 
 		 354 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  39.87 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  39.46 
 
 		 353 aa  168  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1316  transport system permease protein  38.25 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  30.92 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0704  iron compound ABC transporter, permease protein  39.81 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.21047  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  37.78 
 
 		 340 aa  166  4e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  37.22 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  37.04 
 
 		 360 aa  166  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  38.05 
 
 		 369 aa  165  9e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0442  transport system permease protein  40.99 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.168478 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  33.64 
 
 		 345 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0755  iron compound ABC transporter, permease protein  39.87 
 
 		 347 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.239373  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  33.23 
 
 		 348 aa  162  6e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  33.85 
 
 		 348 aa  162  9e-39  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1361  transport system permease protein  38.11 
 
 		 357 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  34.98 
 
 		 368 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  32.62 
 
 		 350 aa  161  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  33.14 
 
 		 348 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3306  transport system permease protein  38.46 
 
 		 354 aa  161  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.205104  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  36.99 
 
 		 356 aa  160  2e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  36.02 
 
 		 375 aa  160  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1137  transport system permease protein  40.4 
 
 		 342 aa  159  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3278  transport system permease protein  41.64 
 
 		 338 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>