More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1117 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1117  transport system permease protein  100 
 
 		 349 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  65.41 
 
 		 364 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  64.91 
 
 		 375 aa  419  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  65.41 
 
 		 364 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  65.2 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  63.76 
 
 		 380 aa  411  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0875  transport system permease protein  62.33 
 
 		 368 aa  411  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4085  transport system permease protein  65.85 
 
 		 345 aa  397  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.569301 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0841  transport system permease protein  66.38 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3181  transport system permease protein  66.67 
 
 		 382 aa  392  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3279  transport system permease protein  66.96 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3735  transport system permease protein  63.31 
 
 		 376 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.864655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  62.07 
 
 		 351 aa  386  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0713  transport system permease protein  63.22 
 
 		 347 aa  367  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0761  iron-compound ABC transporter, permease protein  59.94 
 
 		 347 aa  358  6e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2163  transport system permease protein  51.36 
 
 		 336 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  45.05 
 
 		 328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  49.07 
 
 		 340 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1140  transport system permease protein  43.49 
 
 		 340 aa  233  3e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  44.21 
 
 		 346 aa  229  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3575  transport system permease protein  46.13 
 
 		 332 aa  224  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.202731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  43.16 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5104  transport system permease protein  45.34 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2240  ABC transporter permease  45.59 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.513081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26360  putative permease of ABC transporter  46.15 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  43.9 
 
 		 348 aa  207  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  46.28 
 
 		 334 aa  207  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4830  transport system permease protein  41.11 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  38.65 
 
 		 352 aa  200  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  42.86 
 
 		 381 aa  199  5e-50  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1609  transport system permease protein  44.7 
 
 		 338 aa  199  6e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0190407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2707  transport system permease protein  41.82 
 
 		 340 aa  194  3e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1318  transport system permease protein  35.78 
 
 		 360 aa  193  4e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.398807  normal  0.0129823 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  37.77 
 
 		 362 aa  192  6e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  43.25 
 
 		 351 aa  192  8e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2770  transport system permease protein  40.92 
 
 		 328 aa  192  8e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.169159  normal  0.12894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0546  transport system permease protein  43.22 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0185  transport system permease protein  41.45 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0173  transport system permease protein  42.64 
 
 		 336 aa  190  4e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.498895  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  42.25 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1425  iron(III) ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 		 335 aa  189  7e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.01036  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1332  transport system permease protein  38.97 
 
 		 346 aa  189  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.200312 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4784  transport system permease protein  39.7 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1652  transport system permease protein  40.43 
 
 		 340 aa  187  3e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1290  hypothetical protein  39.17 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.385136 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4492  ABC Fe3+ siderophore transporter, inner membrane subunit  39.1 
 
 		 346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0869  transport system permease protein  39.26 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.911028  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1350  transport system permease protein  39.26 
 
 		 346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  41.64 
 
 		 357 aa  183  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1638  transport system permease protein  41.14 
 
 		 383 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.250999  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1415  iron compound ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 		 366 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3190  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.41 
 
 		 371 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3323  transport system permease protein  43.53 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.355798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1491  transport system permease protein  36.02 
 
 		 348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.105364  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2033  iron compound ABC transporter, permease protein  42.07 
 
 		 352 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.409984  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0881  iron chelate ABC transporter permease protein  42.07 
 
 		 371 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.626277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1895  iron chelate ABC transporter permease protein  42.07 
 
 		 352 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.273368  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2715  iron chelate ABC transporter permease protein  42.07 
 
 		 371 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3206  FecCD-family membrane transporter protein  42.07 
 
 		 371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3151  iron chelate ABC transporter permease protein  42.07 
 
 		 371 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0429  transport system permease protein  36.99 
 
 		 348 aa  179  5.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  35.78 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  41.35 
 
 		 361 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  38.24 
 
 		 354 aa  179  8e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0408  transport system permease protein  35.73 
 
 		 348 aa  179  8e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.586002  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1933  transport system permease protein  34.23 
 
 		 330 aa  178  1e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1871  iron(III) dicitrate transport system permease protein  38.25 
 
 		 356 aa  178  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.71238  normal  0.187048 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  34.95 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1089  hypothetical protein  38.16 
 
 		 355 aa  177  4e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0583  transport system permease protein  34.11 
 
 		 331 aa  176  4e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.777741  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2730  transport system permease protein  40 
 
 		 350 aa  176  4e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.524665  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0498  transport system permease protein  35.42 
 
 		 349 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0506043  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5059  transport system permease protein  43.38 
 
 		 358 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.213403  normal  0.344774 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  38.15 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  34.4 
 
 		 356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  39.29 
 
 		 361 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0247  transport system permease protein  38.44 
 
 		 359 aa  173  5e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0151644  normal  0.610007 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  36.89 
 
 		 370 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0250  transport system permease protein  36.34 
 
 		 340 aa  171  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5707  transport system permease protein  36.34 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  38.89 
 
 		 348 aa  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2099  transport system permease protein  37.14 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  36.7 
 
 		 357 aa  170  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2616  transport system permease protein  34.84 
 
 		 367 aa  170  4e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2981  transport system permease protein  38.79 
 
 		 353 aa  169  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.861253  normal  0.24381 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  38.79 
 
 		 367 aa  169  5e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4276  transport system permease protein  40.3 
 
 		 368 aa  169  8e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3257  iron ABC transporter, permease protein, putative  38.44 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0747445  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  37.97 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  39.38 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0252  transport system permease protein  38.79 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  39.38 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  39.38 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2425  transport system permease protein  37.23 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2330  transport system permease protein  38.98 
 
 		 370 aa  167  2e-40  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.970298  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  36.95 
 
 		 343 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  39.72 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4223  transport system permease protein  37.46 
 
 		 346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1048  ABC Fe3+-siderophore transporter, inner membrane subunit  38.2 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.522195  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0605  transport system permease protein  44.03 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>