More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2551 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2551  transport system permease protein  100 
 
 		 336 aa  613  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.484482  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1541  transport system permease protein  69.87 
 
 		 344 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0230541  normal  0.314426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2781  transport system permease protein  73.93 
 
 		 344 aa  350  2e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.149195 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2363  transport system permease protein  71 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1016  transport system permease protein  69.67 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1100  transport system permease protein  69.67 
 
 		 360 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4775  transport system permease protein  71.71 
 
 		 307 aa  311  6.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.486943 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2620  transport system permease protein  67.37 
 
 		 358 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0513  iron ABC transporter, permease protein  54.57 
 
 		 353 aa  264  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.132048  normal  0.109169 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2793  transport system permease protein  68.61 
 
 		 327 aa  262  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.473621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2663  transport system permease protein  62.75 
 
 		 335 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2306  Iron(III) dicitrate-binding protein  58.26 
 
 		 336 aa  228  8e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409919  normal  0.914913 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3078  transport system permease protein  47.51 
 
 		 347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0306769  normal  0.447072 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0230  transport system permease protein  45.75 
 
 		 352 aa  171  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2385  FecCD-family membrane transport protein  37.19 
 
 		 367 aa  170  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.567541  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0323  putative hemin ABC transporter, permease protein  38.06 
 
 		 343 aa  169  9e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00139931  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1465  transport system permease protein  40.97 
 
 		 357 aa  165  8e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0076  transport system permease protein  41.16 
 
 		 452 aa  166  8e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1420  transport system permease protein  39.37 
 
 		 361 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0852  transport system permease protein  38.74 
 
 		 337 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.822863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3203  transport system permease protein  37.24 
 
 		 350 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3271  transport system permease protein  38.46 
 
 		 370 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00536194 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0256  transport system permease protein  31.61 
 
 		 329 aa  159  8e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000493486  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2100  transport system permease protein  39.09 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0561  transport system permease protein  37.76 
 
 		 346 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3791  transport system permease protein  43.05 
 
 		 361 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0929474  normal  0.935471 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0039  transport system permease protein  32.45 
 
 		 336 aa  158  2e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00235157  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1165  putative vitamin B12 transport system permease protein BtuC  33.44 
 
 		 328 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.320828  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21270  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  40.89 
 
 		 367 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.709289  normal  0.431946 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00180  transport system permease protein  31.67 
 
 		 337 aa  156  5.0000000000000005e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000507964  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0966  transport system permease protein  39.16 
 
 		 369 aa  155  1e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0152  transport system permease protein  39 
 
 		 351 aa  155  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4112  iron compound ABC transporter, permease  34.73 
 
 		 345 aa  154  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4009  transport system permease protein  36.18 
 
 		 338 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0125  transport system permease protein  40.86 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0132273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1116  ABC transporter permease  30.75 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1738  transport system permease protein  40.07 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.922017  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3536  transport system permease protein  37.63 
 
 		 368 aa  154  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.764032  normal  0.443076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3381  transport system permease protein  37.63 
 
 		 351 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0557  transport system permease protein  36.21 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2061  transport system permease protein  35.22 
 
 		 337 aa  153  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0286946  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1392  transport system permease protein  39.76 
 
 		 340 aa  152  5e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.748601  normal  0.0461748 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3804  hemin ABC transporter, permease protein HmuU  39.09 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0647  hemin transport system permease HmuU  39.09 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.466649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3892  transport system permease protein  39.09 
 
 		 334 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4449  iron compound ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 342 aa  152  7e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0402  transport system permease protein  39.31 
 
 		 352 aa  152  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1297  iron chelate ABC transporter permease protein  31.73 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0147613  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4501  iron compound ABC transporter, permease protein  34.73 
 
 		 342 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4448  iron compound ABC transporter, permease protein  34.73 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2340  transport system permease protein  39.74 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4897  transport system permease protein  40.27 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357516  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4596  iron compound ABC transporter permease protein  34.73 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3774  transport system permease protein  42.91 
 
 		 348 aa  151  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4264  iron compound ABC transporter permease  34.73 
 
 		 345 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4101  iron compound ABC transporter, permease  34.73 
 
 		 345 aa  150  3e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4407  transport system permease protein  36.68 
 
 		 376 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.257397  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24450  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  33.92 
 
 		 350 aa  150  3e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1942  transport system permease protein  40.6 
 
 		 347 aa  149  6e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543931  normal  0.0358565 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0749  iron compound ABC transporter, permease protein  34.23 
 
 		 342 aa  149  6e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_589  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, permease component  37.81 
 
 		 363 aa  149  7e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0262833  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4487  iron compound ABC transporter, permease protein  34.43 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0591  transport system permease protein  41.2 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.26629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4215  transport system permease protein  35.46 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4241  transport system permease protein  40.42 
 
 		 381 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.2131 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0186  transport system permease protein  33.33 
 
 		 362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.129161  normal  0.828954 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2366  transport system permease protein  36.14 
 
 		 353 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1034  iron-compound ABC transporter, permease protein  37.79 
 
 		 380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0621  transport system permease protein  37.46 
 
 		 363 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.050627  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1194  transport system permease protein  36.15 
 
 		 357 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2962  transport system permease protein  37.09 
 
 		 375 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1625  vtamin B12-transporter permease  38.49 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001351  hemin ABC transporter permease protein  36.65 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000656529  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05240  ABC-type Fe3+-siderophore transporter permease  38.06 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1173  iron ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 356 aa  147  3e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0494  transport system permease protein  36.68 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.877978  normal  0.520418 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4564  transport system permease protein  38.51 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1153  hypothetical protein  33.61 
 
 		 375 aa  147  3e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0562  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  37.59 
 
 		 348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3915  transport system permease protein  42.66 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.045675  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04380  ABC-type Fe3+-siderophore transport system, permease component  42.81 
 
 		 389 aa  146  6e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1968  transport system permease protein  35.83 
 
 		 365 aa  146  6e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3808  iron chelate ABC transporter permease  37.68 
 
 		 330 aa  146  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0360927 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1473  transport system permease protein  34.88 
 
 		 359 aa  146  6e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.766975  normal  0.204191 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1133  transport system permease protein  34.6 
 
 		 354 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00204897  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5018  ABC transporter membrane spanning protein (iron (III))  41.1 
 
 		 327 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4865  ABC transporter, iron chelate uptake transporter (FeCT) family, permease protein  38.46 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.737377 
 
 
-
 
NC_002936  DET0651  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  37.46 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0685  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, permease component  37.46 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5563  hemin ABC transporter, permease protein, putative  38.81 
 
 		 346 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0976  transport system permease protein  36.88 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0815  transport system permease protein  35.96 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1377  hypothetical protein  33.77 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000118421  hitchhiker  0.00624005 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0297  transport system permease protein  30.42 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.256229  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3020  transport system permease protein  39.46 
 
 		 370 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1284  transport system permease protein  37.94 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.348049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1010  transport system permease protein  37.21 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3365  transport system permease protein  37.21 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2005  vtamin B12-transporter permease  40.85 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.509358 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0986  transport system permease protein  36.07 
 
 		 315 aa  144  3e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.991097  normal  0.212421 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>