143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0601 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0601  PTS system fructose subfamily IIA component  100 
 
 
148 aa  298  1e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0297  PTS system fructose subfamily IIA component  73.29 
 
 
147 aa  220  4.9999999999999996e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0237  PTS system fructose subfamily IIA component  70.55 
 
 
147 aa  209  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.697863  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4898  PTS system fructose subfamily IIA component  69.33 
 
 
151 aa  196  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0295  PTS system fructose subfamily IIA component  64.43 
 
 
149 aa  188  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182968 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0290  PTS system fructose subfamily IIA component  64.43 
 
 
149 aa  187  5e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1280  PTS system fructose subfamily IIA component  63.7 
 
 
150 aa  182  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.696517  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0352  PTS system fructose subfamily IIA component  64.9 
 
 
150 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000331478 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0407  PTS system fructose subfamily IIA component  55.19 
 
 
179 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0323  PTS system, unknown pentitol phosphotransferase enzyme II component, putative  54.55 
 
 
156 aa  147  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.119677  normal  0.019889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1030  PTS system fructose subfamily IIA component  53.38 
 
 
151 aa  143  9e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0346  hypothetical protein  51.01 
 
 
169 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.55769  normal  0.700442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0295  PTS system fructose subfamily IIA component  50.34 
 
 
151 aa  135  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0244  PTS system fructose subfamily IIA component  49.66 
 
 
151 aa  129  9e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.533558  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0202  PTS system fructose subfamily IIA component  50.34 
 
 
151 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.262504  normal  0.29106 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0221  PTS system fructose subfamily IIA component  50.34 
 
 
151 aa  120  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000694463 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0411  PTS system, fructose-specific IIA component  48.85 
 
 
172 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.666556  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0441  PTS system fructose subfamily IIA component  46.51 
 
 
156 aa  111  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.624983  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3213  PTS system, fructose-specific IIA component  46.51 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0656  PTS system, fructose-specific IIA component  46.51 
 
 
219 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.719861  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4186  putative sugar transport PTS system IIA component  45 
 
 
186 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0187  PTS system, fructose-specific IIA component  46.51 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1405  PTS system, fructose-specific IIA component  46.51 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0472  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  46.51 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.108804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0491  PTS system mannose/fructose/sorbose (Man) family IIA subunit  46.51 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2832  PTS system, fructose-specific IIA component  46.51 
 
 
157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508767  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6191  PTS system fructose subfamily IIA component  45.74 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2248  PTS system fructose subfamily IIA component  45.74 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2917  PTS system fructose subfamily IIA component  46.51 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2862  PTS system fructose subfamily IIA component  45.74 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.454457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2873  PTS system fructose subfamily IIA component  45.74 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.534201  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2779  PTS system fructose subfamily IIA component  46.51 
 
 
156 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0260  PTS system fructose subfamily IIA component  45.74 
 
 
165 aa  108  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0529  PTS system fructose subfamily IIA component  43.57 
 
 
175 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.467487  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0469  PTS system fructose subfamily IIA component  40.32 
 
 
129 aa  91.3  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.482319  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  36.23 
 
 
140 aa  88.2  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0375  PTS system fructose subfamily IIA component  37.6 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.315145 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0218  PTS system fructose subfamily IIA component  40.8 
 
 
130 aa  87.8  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  37.59 
 
 
136 aa  86.3  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.376334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4082  PTS system fructose subfamily IIA component  40.16 
 
 
129 aa  82  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2412  pentitol phosphotransferase enzyme IIA component  39.06 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1658  PTS system fructose subfamily IIA component  34.06 
 
 
140 aa  77.8  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.780383 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0721  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
131 aa  70.5  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2628  PTS system fructose subfamily IIA component  32.85 
 
 
138 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.404863  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3020  PTS system, IIA component, putative  32.85 
 
 
138 aa  70.1  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0745  PTS system fructose subfamily IIA component  33.6 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2798  PTS system fructose subfamily IIA component  30 
 
 
135 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  33.09 
 
 
147 aa  63.2  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  33.33 
 
 
133 aa  61.2  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2131  PTS system fructose subfamily IIA component  31.06 
 
 
134 aa  60.5  0.000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.129231  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1926  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  32.28 
 
 
322 aa  58.2  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.684419  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0200  protein-N(pi)-phosphohistidine--sugar phosphotransferase  28.16 
 
 
329 aa  57.8  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000259121  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  31.07 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  32.11 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2219  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  32.28 
 
 
322 aa  57.4  0.00000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.854974  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1501  PTS system fructose subfamily IIA component  29.51 
 
 
145 aa  57  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.021335  hitchhiker  0.00841376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  30.39 
 
 
133 aa  57  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0873  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
131 aa  57  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0818  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  30.4 
 
 
326 aa  56.2  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
135 aa  55.8  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  31.4 
 
 
135 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  30.89 
 
 
172 aa  55.5  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3386  PTS system fructose subfamily IIA component  30.39 
 
 
131 aa  55.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0076  PTS system fructose subfamily IIA component  32.35 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0372  mannose PTS system component IIAB  33.94 
 
 
330 aa  55.1  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000136714  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0361  PTS system, mannose-specific IIAB components  32.73 
 
 
336 aa  53.9  0.0000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00370358  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
133 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  30.77 
 
 
133 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0609  protein-N(pi)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (phosphotransferase system mannose/fructose-specific IIA component)  31.25 
 
 
323 aa  53.9  0.0000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000226836  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
133 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  29.09 
 
 
133 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0804  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  31.73 
 
 
326 aa  53.5  0.0000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  29.09 
 
 
133 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1983  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  30.15 
 
 
318 aa  53.5  0.0000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
323 aa  53.5  0.0000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
322 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  31.5 
 
 
322 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  31.5 
 
 
322 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
322 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  31.5 
 
 
322 aa  53.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  31.37 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  33.02 
 
 
142 aa  52.8  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0464  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  30.77 
 
 
331 aa  52.8  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000451703  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  30.77 
 
 
163 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2813  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  30.08 
 
 
323 aa  52.4  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.047129 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  29.81 
 
 
133 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1863  phosphotransferase system, mannose/fructose-specific component IIA  31.82 
 
 
329 aa  51.2  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00596376  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0150  PTS system fructose subfamily IIA component  33.66 
 
 
141 aa  51.2  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  26.92 
 
 
133 aa  50.8  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  31.5 
 
 
320 aa  50.8  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  29.36 
 
 
133 aa  50.4  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02221  sugar transport protein  30.95 
 
 
130 aa  50.4  0.000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.201475  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>